沉浸式任务驱动的分子数据探索和分析以及内容迈克尔·特雷莱引用此版本：迈克尔·特雷莱。沉浸式任务驱动的分子数据探索和分析以及内容的语义建模。其他[cs.OH]。巴黎萨克雷大学（COmUE），2015年。法语。NNT：2015年SACLS262。电话：01269634HAL ID：电话：01269634https://theses.hal.science/tel-01269634提交日期：2016年HAL是一个多学科的开放存取档案馆，用于存放和传播科学研究论文，无论它们是否被公开。论文可以来自法国或国外的教学和研究机构，也可以来自公共或私人研究中心。L’archive ouverte pluridisciplinaireNNT编号：2015SACLS262巴黎萨克雷大学博士论文专业：信息学提交人：迈克尔·特雷莱要获得的等级巴黎萨克雷大学博士论文题目：任务驱动的分子数据的沉浸式探索和分析以及内容的语义建模2015年12月18日（星期五）在评审团面前进行了辩护，评审团成员包括：英迪拉·图韦宁HDR/UMR 7253 Heudiasyc讲师研究员报告员塞尔日·佩雷斯CNRS/ UMR 5063 DMP名誉研究总监报告员亚历山大·邦万乌得勒支大学/Bijvoet中心教授检查员尼古拉斯·萨布雷 CNRS教授/LIMSI审查员/总裁帕特里克·布尔多CNRS/ LIMSI研究总监论文指导马克·巴登CNRS/ LBT研究总监论文指导尼古拉斯·弗雷南巴黎大学/LIMSI高级讲师共同监督威尼斯有限公司-CNRS集团BP. 13391403法国奥赛塞德克斯LBTIBPC-CNRS皮埃尔和玛丽·居里75005法国巴黎谢谢你Co nclureplu uursmisdetravaid a m a n u s r i t，c o m e p ar a p h e d e p l u u u r s an n n é e s d工作，应该是一个稍微轻松的时刻和一个容易的练习后，所有这些写的页面。这个感恩的时刻似乎会变得更加困难。什么计划! 在你读到这一点之前发生的34个流行语变化就证明了这一点。由于我在过去的几个月里学到了组织的重要性，而且这个概念对我来说非常重要，我决定不把它应用到这一部分，让我们把重点放在实质上，而不是形式上。 既然我现在有权利从最后开始，我已经向我将在这篇小小的奉献中省略的人道歉了，你们每天、每周或每半年都与我擦肩而过，你们显然对我作为一名研究者生命中这一伟大阶段的实现意义重大!很自然，我的同事们，很快就变成了同志，现在又变成了朋友。 我不打算马上感谢他们，但首先要真诚地道歉。 在短暂而模糊的清醒时刻，我想我已经意识到在办公室里工作是多么的累人，无论是对耳朵还是对注意力。我设计了超过3个小时的工作，没有一个小的放松休息，在一篇关于新的透明虚拟现实耳机或苹果购买最新的嗅觉跟踪技术的文章的转折这些交流的时刻 所以皮埃尔，加布里埃尔，雷米，维亚，由二和泽维尔，对不起! 好吧，所以我可以把这些名字从我的名单上划掉，一个很好的组合镜头开始...!严格来说，我还没有感谢他们 你要道歉吗？事实上，感谢他们并不难 谢谢你们（是的，你们会注意到VR遭受的明显性别歧视...） 感谢你的耐心，也感谢你的帮助，感谢你对我每天的几句双关语的笑声（强迫或不强迫）! 我会提出魏雅，从来没有一个打滑告诉我们闭嘴或冷静下来，总是在听，甚至准时幽默，像一个狙击手，谁设法绊倒（双关语非常无意）最悲伤的同事。 在另一边，我们发现泽维尔，不那么准时，更经常在他的干预，但我们必须能够告诉142个节目的空，6个赛季的卡梅洛特和19张专辑的尚塔尔戈雅。我不知道我们的兼容性分数会是多少，如果我们打电话给3618兼容性，但我们可以毫不犹豫地说，这是很自然的去亚历山大!我们 几次乘坐Xsara轿跑车/敞篷车的旅行证实了我，如果我有任何怀疑的话，我们的讨论直到Juvisy车站的标志照亮了汽车的前挡风玻璃时才结束。 我认为，只有从比达特营地到2014年比亚里茨房车暑期学校的自行车之旅才能切断我们有趣的地缘政治交流。4R感谢顺便说一句，这是对皮埃尔的一个友好的想法，他比我早一年半完成了他的论文，在泽维尔之前，他是我的同事! 我唯一能和他谈一谈我们共同的激情到目前为止，我一直呆在巴黎南部，我显然没有忘记我在巴黎的同事和朋友! 所以我不能发誓他们都记得我，因为在过去的几个月里，我很少来看他们。 但这句谚语并没有说谎，他们可能是短暂的，他们往往是激烈的，我发现我的第一个下班后围绕轻鸡尾酒不含酒精在一些酒吧附近的Jussieu大学在这些场合。亚历克斯·特克爵士（Sir Alex Tek）、约安（Yoann），然后是伯努瓦（Benoist）和塞缪尔（Samuel），他们是GLIC的专家，如果我没记错的话，他们也是LBT非常任理事国的院长，最重要的是，两个父亲在家庭和科学之间周旋，就像GLIC玩弄它的水分子一样，以一种相当efficace的方式!我也是最近的父亲，我不能不感谢马克，他的项目和动机把我带回了法国，与他的专业或非专业交流总是丰富! 他的冷静和他的教学法将仍然是我在未来的职业生涯中试图激励自己的榜样，因为我知道这些不是我最好的品质...当我们谈论孩子的时候什么人!在家里照顾三个孩子远不是一件容易的事，但当你有第四个孩子在工作时...... 我向一个人表示敬意，他只是让这3年零几个月的时间以一项我认为我会感到自豪的工作结束，他克服重重困难，总是在你有点松懈的时候散发出他无限的乐观，但他也知道如何在你认为你已经解决了费马定理的时候把你的脚带回地面，而你刚刚明白为什么你的投影矩阵从一开始就是错误的。一个每秒有10个想法的人，一个晚上有8个想法的人，一个灵感的来源，当你想到你在一周内工作得太多，你意识到你刚刚完成了他所做的一半。 谢谢你，尼科，你现在是，将来也会是我卑微作品的主要大师之一，你的名字也会出现在第一页上，我会更加自豪。我们又回到了奥赛，情况并 第二个尼科，按外观和远离出生地的顺序（：p），有点老大哥，乐队中唯一的博士后，他在烤箱和磨坊里，所以夏娃的一切都很顺利，上帝知道，当它开始的时候，计算机可以反复无常... 所以谢谢你的奉献，秤-1会回报你也许有一天!我亲爱的让-马克， 我认为你是一种不明飞行物，一种在《黑客帝国》中迷失自我的弗朗索瓦·特鲁夫奥特，就像《布鲁斯-万能》中的金凯瑞，你在生活中没有回头，除了看看你的袋鼠的复古，如果泽维尔仍然牢牢地抓住你衣柜的带子，这些带子是在某所克里斯托利亚大学的地下室里通过某种马基雅维利式的策略找到的...... 在我看来，很少有七十多岁的人像你一样年轻和新鲜，我毫不犹豫地说，我们每天围绕着神圣不可侵犯的咖啡的交流，毫不犹豫地，从我在LIMSI最美好的时刻开始。我经常期待着用你的好奇心和知识来修剪围兜（除了至少滑一两个不朽的废话一样多，听我们评论你的敏锐的眼睛最新感谢所有这些时刻和你传奇般的好心情，很高兴有一个人在一天中的任何时候都可以交谈R感谢5帕特里克，论文主任和威尼斯号帆船的船长，我们不能说你是用勺子的背面去的，这样你/我们的船就不会沉没! 尽管Jean-Marc很冷静，但你不会花几秒钟的时间从我们办公室之间的走廊上经过的一句幽默的话或一个双关语中跳出来。我们的科学交流总是有非常感谢你同意冒险招募一位年轻的生物信息学家，在你宝贵的虚拟天堂角落进化，回答甜蜜的名字夏娃...我你们都允许我在工作中茁壮成长，但是，即使有世界上最好的意愿，当你的私生活不是最好的时候，你也很难充分享受你的工作对我来说幸运的是，情况 没有名字会太长，但感谢你们所有人，我知道你们会认出自己，首先是因为你们读了这几行，其次是因为我想与你们分享完成这个博士学位的喜悦!我不能继续没有一个简短的，但深刻的想法，我的前同事，现在我的朋友，荷兰船员，因为我喜欢叫他们。我没有和你一起完成我的论文，首先是因为你比我先完成，但也是因为在我决定来这里的时候，新鲜的法国空气是不可抗拒的。然而，你们都在我决定接受论文挑战的过程中发挥了重要作用，受到了你们奇妙经历的启发我永远不会后悔，所以谢谢你阿德里安，亚历克斯，查琳，埃兹吉，吉多，若昂，马克，帕诺斯告诉我正确的方式和分享，直到今天，这么多的美好时光在一起!你的例子是，在科学内外，我不能再珍惜我们所拥有的债券了;）好吧，因为我是我，因为从心底里感谢你!!材料表感谢3导言111结构生物学的背景、用途和问题171.1分子生物学的参与者和过程191.1.1生物分子是细胞机制的核心201.1.1.1L’ADN1.1.1.2L’ARN1.1.1.3蛋白质221.1.1.4多糖251.1.1.5脂质251.1.2从1.1.2.1从DNA到RNA的转录1.1.2.2翻译，从1.1.2.3蛋白质功能的成熟和获得281.2结构生物学的方法与工具291.2.1实验301.2.1.1X射线晶体学或放射晶体学301.2.1.2核磁共振光谱-NMR321.2.1.3冷冻电子显微镜-Cryo-EM331.2.1.4使用X射线-SAXS341.2.1.5蛋白质结构库351.2.2建模和仿真361.2.2.1生物分子的理论模型371.2.2.2分子模拟411.2.2.3分子折叠或三级结构预测451.2.2.4分子对接或蛋白质-蛋白质对接451.2.2.5理论结果的评价461.2.2.6分子模拟后分析471.2.3分子表示和可视化481.2.3.1分子表征的演变481.2.3.2当代分子可视化551.2.3.3分子可视化的前景581.3结论591.3.1结构生物学的前景和新用途591.3.2捐款608T目录2虚拟现实与分子生物学：用途与前景2.1虚拟现实632.1.1沉浸式632.1.1.1视觉效果642.1.1.2听觉692.1.2相互作用702.1.2.1用于交互的跟踪设备2.1.2.2感觉运动界面712.1.2.3手势交互712.1.3导航712.1.3.172的定义2.1.3.2模拟器病或网络病732.1.3.3在逼真的虚拟场景中导航732.2虚拟现实在结构生物学中的贡献和应用772.2.1L’immersion dédiée à la visualisation moléculaire2.2.2多模态交互772.2.3有形分子界面和增强现实792.2.4交互式分子模拟802.2.5工具和应用程序812.2.6限制和前景812.2.7使用评估和专家任务822.3结论833沉浸式分子数据的交互式探索853.1分子复合物探索的导航范例3.1.1分子对称性和显著的轴作为视觉锚893.1.2增强用户空间意识的稳定视觉线索3.1.3引导式探索903.1.4重复区域的路径优化913.1.5寻找最佳视角923.1.5.1密集环境中的最佳视点算法3.1.5.2实现最佳视图953.1.5.3大原子密度963.1.6通过HTA方法对任务进行分层分析进行评估。973.1.7....................................... 结论993.2自适应可视化服务于分子可视化1003.2.1让专家更接近3.2.2L’évolution des méthodes de communication du monde scientifique3.2.3在移动设备上实现沉浸式体验1013.2.3.1通过以下方式在移动设备上提供深度感知自适应可视化1013.2.3.2在移动设备上实现真正的沉浸式体验1023.2.3.3资产负债表1023.3结论104目录94分子生物学中的视觉分析和语义方法1054.1可视化分析：定义、工具和应用。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...1074.1.1定义。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...1084.1.2工具和技术。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...1104.1.3在结构生物学中的应用... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...1124.2知识的表示。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...1134.2.1形式主义的选择。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...1134.2.1.1语义网络。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...1134.2.1.2概念图。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...1134.2.1.3经典逻辑。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...1144.2.1.4描述逻辑。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...1144.2.2生物学中的逻辑和本体论。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...1154.2.3分子数据语义表示的形式主义视觉分析中的图像。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...1164.3语义网和基于图形的形式。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...1164.3.1 RDF模型、格式和语言。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...1174.3.2 RDF模式。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...1213.3猫头鹰。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...1214.3.4SPARQL。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...... ... ... ... ... ... ...1224.3.5实施和工具。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...1234.4结论。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...1245用于沉浸式环境的分子视觉分析1275.1可视化分析知识表示的概念化1295.1.1从异构数据到链接数据1295.1.2结构生物学概念建模的本体1305.1.3分子事实基础1325.1.4直接交互的请求和查询5.2语音命令解释的操作方法5.2.1使用Sphinx134识别业务关键字5.2.2关键词分类1355.2.2.1行动1365.2.2.2组件1365.2.2.3标识符1365.2.2.4财产1365.2.2.5代表性1375.2.2.6从关键字语音控制到应用程序控制1375.3软件实现1405.3.1RDF140数据库的创建5.3.2RDF数据管理和SPARQL查询1445.3.33D分子数据可视化1445.3.42D分析结果的可视化5.3.5半自动分析1465.3.6同步1485.3.7作为使用示例的5.3.8通过HTA方法对任务进行分层分析进行评估。1535.4.......................................总结和结论15610T目录一般结论和展望159附件A从2D场景生成的3D渲染示例165附件B移动应用程序的屏幕截图167附录C相关出版物169表171符号和表达式175参考书目177可视化解析模拟实验性模型化简介背景和问题结构生物学和分子结构的理论研究可以分为三个主要活动，根据以下顺序过程组织：（1）实验，（2）分子建模，和（3）三维结构的分子模拟。这些步骤中的每一个都涉及可视化和分析工具，以研究生成的数据，为后续步骤解释数据，并最终产生新的知识和建立新的科学假设。为了表征分子复合物在其环境中起作用的机制，需要该过程的多次迭代，每个新过程将分析前一过程的数据产生的结果的一部分作为输入。图1-结构生物学中分子结构研究的不同阶段的示意图。三个主要步骤用蓝色表示，整个过程中的可视化和分析工具在这一过程中，计算机计算工具性能的提高目前正在滞后于大量数据的生成，特别是因此，所研究的分子复合物模型要大得多，并且具有越来越精确和详细的结果的特征今天，分子数值模拟程序的效率不断提高，导致了分子轨迹数据的产生，这是一套描述分子结构时间演变的三维模型，可以达到数百万个原子精度的与此同时，分子操作和可视化工具的性能并没有显著提高到足够高的水平12I内导管专用于分子模拟的可视化阶段并不是计算手段改进的唯一受害者。在EFF和EFF中，模拟工具的这种不断增长的灵活性并没有被分析手段的健康增长所抵消，并且生成的数据量通常远远超过科学专家可以处理的同样，计算能力早已超过了存储能力尽管存储能力本身也在强劲增长。因此，可视化、建模和分析非常大的分子复合物已经成为分子生物学中的一个关键问题。最后，数据的大小直接影响数据中心和生物实验室之间数据交换的速度和速度最大限度地减少需要交换、存储和分析的数据量是实验室面临的一个重要问题。所谓的原位方法通过将图形渲染和分析步骤转移到计算中心来解决最后一个问题[ 98，107 ]。然而，这种方法需要提供理解这一现象所需的分析和视觉表示然后，专家在数据中心对模拟结果、视觉表示和轨迹分析结果进行然而，这种方法很难付诸实践，因为所需分析的选择取决于专家通过选择可视化方法来可视化的模拟结果，这些可视化方法也特定于所研究的每种因此，规划分析和图形渲染在技术上可以解决海量数据的存储和传输问题，但不符合专家必须在过程的每一步进行干预的领域中的使用和限制。因此，为了最大限度地减少交换的数据，这是 一 个 将 模 拟 、 可 视 化 和 分 析 阶 段 结合 在 一 起 的 问 题 ， 同 时 允 许 专 家 在 模 拟 现 场 按 需 执 行 可 视 化 和 分 析 。结构生物学一直能够在其每个阶段整合信息科学和技术领域的成果从实验方法中使用的信号处理到三维结构的可视化，计算机科学的技术进步一直在迅速融入来自虚拟现实的概念，如立体视觉，已被迅速应用于更好地理解固有的三维分子内容[173，165，124，77]。虚拟现实还与一个非常大的工作空间相关联，具有动态和自适应的视角，便于探索大分子复合物。最后，用于交互和感知分子系统中起作用的力的3D交互设备，以前是保密的，现在被使用并集成到分子生物学的使用和工具中。因此，我们可以预期，分子生物学领域将继续将新的虚拟现实技术和设备纳入其用途，特别是经济上非常负担得起的设备，使专家能够在工作场所获得高质量的沉浸感。然而，在在沉浸式设备中导航抽象数据是第一个障碍。模拟器损伤通常由在逼真的沉浸式虚拟场景中的导航活动引起，并且在探索诸如科学数据之类的抽象数据时被放大，降低了用户体验，特别是在诸如HMD之类的最近的沉浸式消费者设备中。适应分子内容的导航范例13I内导管摘要和专家任务是将沉浸式学习融入分子生物学的先决条件。此外，沉浸式环境中的交互不能通过鼠标和键盘等传统设备来介导。为了与通过手势和/或语音命令呈现的虚拟对象进行直接交互，它们被搁置一边。此外，沉浸式环境提供了一个独特的、无缝的交互环境，具有一个无窗口的工作空间。 为了满足沉浸式环境的这些特定限制，并使其可用于分子生物学领域，目标是通过促进直接交互，将模拟、可视化和分析的步骤集中在一个单一的交互环境中。一般方法由于结构生物学领域缺乏特定的导航范式，我们的第一个工作重点是开发结构生物学中基于内容和任务的沉浸式导航方法。这些方法和范式的然而，我们的方法并不局限于对称的分子复合物，因为在分子中发现的任何特定结构都允许我们建立我们的导航范例。在我们的paradigms中，在他的整个探索过程中，用户1）在他的复合体上保持一个受控的视点，2）具有固定的空间标记以在场景中定位自己，3）可以使用基于所观察对象的性质的优先路径，并且尊重前两个条件来移动以到达感兴趣这些贡献分别解决了由于以下原因可能感觉到的模拟器损伤问题：1）用户相对于其视觉目标的方向变化太快，2）用户在其场景中的空间意识的3）太多的步骤或太多的时间来到达感兴趣的区域，同时仍然保持对虚拟场景的良好空间意识。通过限制运动方向和摄像机方向，围绕符合探索目标的路径限制导航同样，我们通过提供自动化某些被认为是分子探索中常见的位移的范例来预测某些探索任务由于沉浸感可能会逐渐融入到使用中，我们希望在开发专用沉浸式导航范例的同时，利用移动设备的民主化，以并行的方式设计可视化解决方案，减少沉浸感，并感知分子内容的深度。此外，为了解决与数据量相关的问题，我们一直致力于一种新的方法，通过语义建模将可视化和分析空间分组到一个同质的交互环境中，以缩短分子模拟数据的研究循环，并应对分子生物学的新挑战和沉浸式环境的限制。 我们受到了视觉分析技术的启发，这些技术旨在提供一个现象或其分析的多个表示之间的交互性14I内导管以便于专家进行相关性[ 94 ]以及可视化和分析结果的 为此，我们的方法基于实现一个抽象层，该抽象层描述通常由该领域的专家处理的数据。 这个抽象层可以通过构建在分子结构的可视化和分析过程中所涉及的概念的语义描述来实现。这一描述是本体论定义的主题，通过整合分子生物学科学专家所拥有的知识，将工作会议期间处理的所有概念形式化[ 17 ]。 这种语义表示使我们能够在以不同模态呈现的感兴趣对象的不同分析或科学表示之间建立交互式链接。手稿计划由于我们的工作是在分子生物学和计算机科学之间的边界上，我们特别注意向读者介绍不同领域的章节，希望清晰简洁，这些领域不一定是读者专业领域的一部分。 我们将通过五个不同的章节来讨论我们所有的贡献和它们所处的环境，第一章可以被熟悉分子生物学的读者快速阅读，第二章可以被熟悉虚拟现实的读者快速阅读。第一章将通过结构生物学的定义、用途和挑战来回顾我们的应用领域首先，我们将确定分子生物学领域的参与者和过程，主要关注遗传信息转化为活细胞功能参与者的核心。这将引导我们理解结构生物学在分子生物学中的地位然后将列出表征结构生物学的各种方法和工具，以最终阐明其局限性并预测其未来用途。第二章将讨论虚拟现实背后的用户沉浸感概念。首先，我们将通过三个主轴来定义这个领域：沉浸、互动和导航。然后将讨论其对结构生物学的贡献，并最终确定其在结构生物学中应用的当前局限性。在第三章中，我们将发展我们的贡献，将沉浸式维度带入结构生物学的三个重要活动的核心：致力于分子复合物研究的探索和导航，三维结构社区内的扩散，以及分子数值模拟状态的快速控制。第四章将致力于提出科学途径，可以为目前在结构生物学中使用虚拟现实的局限性提供具体的答案。 在这些途径中，一种类似于可视化分析的方法联合调动了从知识表示和人机交互中借用的几种方法和技术。我们将强调它更具体地说，我们将介绍如何通过创建一个同质的语义框架来实现这两个异构任务之间的交互。最后，第五章将专门讨论设计和实施的方法实现15I内导管在相同的交互式环境中 我们将展示来自语义网的工具如何通过对分子内容和这些内容上可能的交互进行联合建模来支持分析和可视化阶段的近似。第一章结构生物学的背景、用途和问题本章通过结构生物学在生物学世界中的地位、结构生物学的研究领域以及结构生物学在实验和理论领域中所使用的工具和技术，阐述了结构生物学的基础对我们的应用领域的这一定义 通过这些，我们将看到虚拟现实和沉浸式技术如何为结构生物学专家提供互补和相关的方法。摘要1.1分子生物学的参与者和过程。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...191.1.1生物分子是细胞机制的核心。. . . . . . . . . ...201.1.1.1... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...211.1.1.2... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...211.1.1.3蛋白质。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...221.1.1.4多糖。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...251.1.1.5脂质。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...251.1.2从... ... ... ... ... ... ... ... ... ...261.1.2.1转录，从... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...261.1.2.2翻译，从. . . . . . . . . . . . ...271.1.2.3蛋白质功能的成熟和获得。... ... ... ... ... ...281.2结构生物学的方法和工具。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...291.2.1实验。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...301.2.1.1X射线晶体学或放射晶体学。... ... ... ... ...301.2.1.2共振光谱学-NMR。... ...321.2.1.3冷冻电子显微镜-冷冻EM。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...331.2.1.4使用X射线-SAXS。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...341.2.1.5蛋白质结构库。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...351.2.2建模和仿真。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...361.2.2.1生物分子理论模型。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...371.2.2.2分子模拟。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...411.2.2.3分子折叠或三级结构预测。... ... ...451.2.2.4分子对接或蛋白质-蛋白质对接。. . . . ...451.2.2.5对理论结果的评估。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...461.2.2.6分子模拟后分析。... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ...47
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