反应性基因治疗：罕见疾病临床基因组检测解释和报告的经验

短文反应性基因治疗支持罕见疾病临床基因组检测的解释和报告：来自1,000多例病例图形摘要亮点d基因-疾病关系的评估对于变异解释d使用反应性基因治疗支持临床基因组检测的d严格的反应性基因治疗实现了稳健的临床决策作者阿曼达河Clause，Julie P. Taylor，Revathi Rajkumar，.，放大图片作者：Ryan J.作者：Perry，Alison J.科菲对应acoffey@illumina.com简言之Clause等人描述了临床实验室在这项工作表明，严格的，反应性基因策展有助于变异解释，并满足临床报告的关键需求。Clause等人，2023，细胞基因组学3，1002582023年2月8日-作者。https://doi.org/10.1016/j.xgen.2023.100258会会开放获取短文反应性基因治疗支持罕见疾病临床基因组检测的解释和报告：来自1,000多例病例的经验阿曼达河条款，1朱莉P。泰勒，1雷瓦蒂拉杰库马尔，1克里斯塔布鲁斯克，1马伦贝内特，1劳拉M。Amendola，1ICSL口译和报告小组1David R.本特利，1瑞安J塔夫脱，1丹尼斯L。Perry，1和Alison J. Coffey 1，2，*1医学基因组学研究，Illumina，Inc.，San Diego，CA 92122，美国2电极导线触点* 通讯地址：https://doi.org/10.1016/j.xgen.2023.100258acoffey@illumina.com总结临床遗传学的当前标准认识到需要建立基因-疾病关系的有效性，作为解释序列变异的第一步我们描述了我们的经验，将ClinGen基因-疾病临床有效性框架纳入我们的解释和报告工作流程，用于罕见和未确诊遗传疾病个体的临床基因组测序（cGS）测试这种我们证明，在临床实验室环境中，可以成功实施反应性基因治疗以支持cGS，从而实现稳健的临床决策，并允许充分和适当地考虑所有变体，并自信地解释其临床意义介绍临床基因组测序（cGS）是一种综合性基因检测，正在成为罕见和未确诊遗传病（RUGD）患者的第一级诊断工具。1除了确认疾病的遗传病因外，评估基因-疾病关系（GDR）证据的临床有效性7，8因此，基因治疗是强大的临床报告实践的关键部分。2017年，Strande et al. 9发表了临床基因组资源10（ClinGen）基因-疾病临床有效性框架，这是一种半定量方法，用于评估支持或反驳GDR的公开遗传和实验证据的强度。ClinGen和其他人11-18的基因策展努力主要采取了策展被提出与特定病症相关的基因的预定义列表的方法（“主动”基因策展）。截至2022年9月1日，ClinGen管理的1，480个独特基因已公开。19除了ClinGen的努力之外，PanelApp是一个采用众包的策展平台15，16，并且具有分配工作量的优势，以就哪些基因有足够的证据表明疾病相关性被纳入基因检测小组达成共识。这些大量GDR（基因和基因组实体）的截至2022年9月1日：Genomics England PanelApp，6，122;PanelApp Australia，5，548）目前在许多诊断实验室中使用。然而，即使有了这些共同的努力，预测为单基因疾病20的病因的超过10，000个基因也不太可能能够及时地主动管理。完全策展的基因组的缺乏产生了对临床实验室的基因策展的持续需求，特别是那些提供全面和无偏见的测试方法如GS的实验室，其询问整个基因组，并且对所有潜在感兴趣的基因的主动策展目前不可行。在本文中，我们描述了Illumina临床服务实验室（ICSL）与主动方法相比，“反应性”基因策展在基因的测试周转时间内完成，其中在主动病例分析期间鉴定出特定候选变体。我们证明，严格的，反应性的基因策展有助于分类，分类和报告cGS测试的变体，从而实现强大的临床决策，包括报告具有新证据的基因中的潜在相关发现。结果反应性基因策展支持RUGD的基因组测序测试反应性基因策展到临床工作流程中的实施在图1A中示出当基因组分析Cell Genomics3，100258，February 8，2023？作者。1这是一篇基于CC BY-NC-ND许可证的开放获取文章（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）。会开放获取短文2Cell Genomics3，100258，2023一B C图1. 反应性基因策展支持RUGD(A) 流程图概述了将反应性基因治疗纳入ICSL(B) 需要基因治疗的病例百分比(C) 相对于第一个分析病例（蓝色），需要基因治疗的病例百分比作为时间的函数，与通过ClinGen（橙色）公开的GDR分类的增长相比。先证者的基因序列（病例分析）确定了可能解释先证者全部或部分表型的候选变异，相关GDR在解释和报告窗口内反应性地管理，但先前由BabySeq项目、11 ClinGen或内部分类为强或确定性的使用ClinGen框架对先前未策划的GDR进行策划，并进行内部审查，最终GDR分类用于通知变体分类和报告决策。在29个月的时间里，ICSL完成了对1,037个无关家庭先证者的cGS分析对于总共286个GDR，28%的病例需要反应性基因治疗（图1B在不需要基因治疗的72%中，大约一半是阴性病例，没有鉴定出候选变异体（53%），一半在具有GDR的基因中鉴定出变异体，该变异体被错误地归类为强或确定性（47%）。尽管在同一时期，ClinGen的基因-疾病临床有效性的公共知识库有相当大的增长我们的测试人群包括疑似RUGD的个体，这些个体通常是多系统的。评估反应性和主动性基因策展方法之间结果的一致性在我们实验室中观察到的和反应性策展的临床表现和生物学机制的相当大的多样性中（图S1），我们评估了我们的GDR分类和现在从ClinGen公开获得的断言之间的一致性，这在我们最初策展时是不可用的我们发现了高度的一致性。在ClinGen发表的58例相同疾病分类的GDR中，48例完全一致（表S1）。对于其余9份GDR中的6份，差异可能归因于策展时可用证据的差异。对于3个GDR，差异在确定性和强性之间，无临床意义。只有一个涉及LAMA 4基因的GDR是真正不一致的（没有已知的疾病关系[NKDR]-仅动物模型[ICSL]与有限的[ClinGen]），因为我们在这种情况下对病例数据进行评分的方法更保守。支持RUGD GDR的遗传和实验证据ClinGen框架考虑了遗传和实验证据。证据的分布Cell Genomics3，100258，2023年2月8日3短文会开放获取图2A中示出了具有有限或以上分类的274个GDR在192个GDR中，有148个被归类为强有力或明确的（77%），最多获得12分（pts）遗传证据23%的患者获得了少于12例的遗传证据14个被归类为有限或以上的GDR缺乏实验证据。这些GDR涵盖了所有分类，从有限到确定。对于另外23个GDR，%0.5患者实验证据被授予;该证据通常反映了与疾病一致的生化功能或表达模式实验证据表明，在47个被归类为中度的GDR中，40%的GDR从有限的升级。在 反 应 性 治 疗 期 间 ， 动 物 模 型 的 治 疗 是 优 先 考 虑 的21elegans，很少有其他动物，如大鼠、雪貂、狗、猪、小牛、鸡和酵母。为79%的GDR策划动物模型（图2B）。然而，其中12%没有得分。未评分的原因包括与策划疾病的分子机制不匹配，未进一步研究的胚胎致死性，以及人类和模式生物基因之间缺乏同源性。小鼠模型是迄今为止评分的最常见的生物体，并且更经常地强烈概括了在人类患者中观察到的特征（图2C）。在多代家族中具有疾病表型的变体的共分离为GDR提供了额外的支持。在该框架内，分离可以作为遗传证据进行评分（%3分）。32%的GDR（图2D）中有隔离证据，但只有一半得到了分数。在其余病例中，估计或作者报告的LOD评分未达到框架通 过 配 对 网 络 和 工 具 （ 如 GeneMatcher24 和 MatchmakerExchange25）确定的大型队列研究在确定新的GDR方面发挥着越来越大的作用。这种类型的基因型优先方法可能对RUGD和其他可疑的遗传性疾病特别有影响，这些疾病根据表现尚不能在临床上识别。15%（n = 42）的策划GDR包括描述通过GeneMatcher协调的病例系列的出版物（图2E）。对于其中18个GDR，GeneMatcher促进的合作产生的出版物是策展中包含的所有病例数据的来源，对于14个GDR，仅GeneMatcher检索就提供了足够的数据来对分配给遗传证据的最大值进行评分，从而实现了强有 力 或 明 确 的 GDR 分 类 。 在 确 定 性 分 类 的 情 况 下 ，GeneMatcher出版物涉及多个机构的合作，通常是国际性的，并满足框架基因策展对变异解释和报告的影响GDR分类在变体分类和报告决策中的使用如图3A所示所建议根据美国医学遗传学和基因组学学院（ACMG）的研究，7具有中等GDR的基因中的变体的分类GDR分类为有限、NKDR、仅NKDR-动物模型、有争议和被驳回的基因中的变体的分类以不确定意义的变体（VUS）为上限。具有NKDR的GDR分类的基因中的变异，有争议的，或反驳的通常不报告，尽管在罕见的情况下，具有NKDR GDR的基因中的变异可以报告为研究的候选者如果先证者、变异体和基因符合内部标准，则具有有限或NKDR（有或没有动物模型）GDR分类的基因26在286例GDR中，83%（n = 238）被归类为中度、重度或确定性，因此有足够的证据支持将变异报告为潜在的分子诊断结果。17%（n = 47）被归类为有限的、NKDR或仅NKDR-动物模型，并被认为具有不确定的临床意义（图3B和3C）。只有一个GDR 被 归 类 为 有 争 议 的 ;进 行 该 策 展 是 为 了 评 估 一 个 基 因（SAMHD 1）中的杂合变体与常染色体隐性遗传病的关系。总共报告了379种反应性策划的GDR变体（图3D）。对于确定性GDR，报告的归类为LP或致病性（P）的变异数量超过归类为VUS的变异数量应用临床判断将具有中度GDR的基因中的三种变体分类为P，尽管推荐的上限为LP：对于所有三种GDR，先证者中鉴定的变体已在大量甚至所有已发表的疾病病例中报告。80%的策划GDR仅报告一次。在56例复发性GDR中，至少有2例不相关先证者报告了变异体，仅10例报告了3次或3次以上（图3E;表S2）。大多数复发性GDR（84%）被归类为强烈或明确。与我们队列中常见的非特异性表型相关的GDR，或与表达率可变或表达率降低的临床表现相关的GDR，可能很难排除与先证者在RUGD证据有限的情况下策划GDR虽然基因组的目的主要是询问与给定表型有既定联系的基因，但cGS除了充分表征的关系外，还包括分析新的遗传病因因此，可以鉴定具有很少或新出现的证据来表明与前带的潜在关联和/或相关性的基因中的变体如果有有效证据表明GDR与先证者的表型相关并支持变异致病性，则缺乏与疾病的既定关系的基因变异作为研究我们认为GDR分类为有限、NKDR和NKDR-动物模型仅 为 “ 临 床 意 义 不 确 定 的 47 例 GDR 中 有 29 例 报 告 了 VUS（62%）。大多数情况下，决定报告是由于引人注目的重叠表型4Cell Genomics3，100258，2023会开放获取短文A BCDE图2. 支持罕见病(A) 在274个策划的GDR中，遗传和实验证据被授予有限和以上的分类每一行代表一个GDR。垂直虚线显示受限和中度（7例患者）与中度和强/确定性（12例患者）之间的边界。(B) 为其策划和评分动物模型的GDR百分比。(C) 根据表型重演程度和物种绘制的策划模型数量(D) 隔离证据得到整理和评分的GDR的百分比。(E) 通过GeneMatcher组织队列研究的GDR百分比。Cell Genomics3，100258，2023年2月8日5短文会开放获取一BDCE图3.反应性基因治疗支持RUGD cGS检测的临床报告(A) 在变异分类和报告中使用GDR分类。(B) 用于临床报告的GDR分类（占所策划的GDR总数的百分比）被列为有争议的民主德国没有被描绘出来。(C) 每个基因-疾病有效性分类内的策划GDR数量。(D) 根据变体和GDR分类分层的策展GDR报告的变体数量。* 基于临床判断，对于中度GDR，变体报告为P。(E) 在多个不相关先证者中报告变异的复发性GDR。先证者和先前报告的病例之间的差异（表1和S3）。变异结果与疾病机制的一致性以及变异遗传与家族史的一致性也是关键因素。在仅被归类为NKDR动物模型的三个GDR中，尚未在人类中报告该基因的变体，但前带的表型和动物模型之间的强烈重叠对于其余18个GDR，对证据的仔细检查导致未报告变体在许多情况下，策展发现了在变异分类时未被重视的证据，使得能够随后有信心地排除变异。不报告的原因包括与报告的患者和/或动物模型的表型重叠有限或不完全;由于文献报告不令人信服或证据相互矛盾，GDR的证据不足;在先证者中发现的变异证据不足，例如与拟定的疾病机制不一致;以及发现了另一种证据更强的变异。6Cell Genomics3，100258，2023会开放获取短文表1. 临床意义不确定的GDR子集的临床报告决策基因疾病报告原理报道AQP11a多囊肾病（MONDO：0020642）复合杂合罕见错义变异的先证者，高度特异性表型，与小鼠模型DDR2Warburg-Cinotti综合征（MIM：618175）与先前报告的一例先证者中的变体相同，表型重叠ENTPD 1遗传性痉挛性截瘫64（MIM：615683）复合杂合变体（移码和剪接区与先前报告的病例SYPX连锁智力残疾（MIM：300802）受影响兄弟中的半合子罕见错义变异表型与先前报告的病例TSHZ1先天性外耳道闭锁（MIM：607842）杂合子罕见起始丢失变异在一个具有高度特异性表型与先前报告的病例UNC13 A先天性神经系统疾病（MONDO：0002320）1例先证者新发罕见错义变异，表型重叠以前报告的病例未报告COL12A1Bethlem肌病（MIM：616471）新发罕见错义变体预测损害未报告，表型重叠不明确/不充分KCND2复合神经发育障碍（MONDO：0100038）由于部分/不完全表型重叠，未报告先证者中不存在于单亲中的高度保守变异LAMA4是一种扩张型心肌病（MONDO：0014095），罕见的必需剪接变异体，遗传自一名未受影响的父母，先证者具有表型重叠，但由于GDR证据不足而未报告先证者的可用父母中不存在TGM6脊髓小脑共济失调（MIM：613908）在GDRTNIK智力残疾（MIM：617028）复合杂合错义变异未报告，原因是有限的表型重叠和GDRTUBB 1巨血小板减少症（MIM：613112）遗传性移码变异，由于遗传而未报告，与拟定疾病机制另见表S3。除非另有说明，否则GDR被归类为有限。仅NKDR动物模型。对于归类为NKDR的大多数GDR，多份已发表的病例报告均断言存在相关性，但由于变异致病性证据不足，未对病例进行评分。进一步的专家审查可能会使其中一些重新归类为有争议的。临床判断导致报告了3个基因中的VUS，其中GDR被归类为NKDR（表S3）。在每一个案件中，报告的决定都是基于证据，正式纳入ClinGen框架，导致分类低于预期。这包括两例病例的GeneMatcher中未发表的病例水平证据，以及第三例由于涉及目标基因以外的遗传物质而无法对报告的变异进行评分。复发GDR的影响我们重新计算了26个GDR，其中4个最初被归类为有限，10个为中度，12个为强。初始治疗和重新评估之间的中位时间为24.5个月（范围6-35个复治导致77%的患者重新分类，19例GDR升级（限于中度，n = 2;中度至重度/明确，n = 6;重度至明确，n =11）（图S2A;表S4）。从最初的策展到新证据的可用性之间所经过的时间从1到31个月（中位10个月），不包括在复治时尚未发表新证据的7例GDR（图S2B）。讨论本研究介绍了我们的临床实验室将ClinGen框架纳入临床解释和报告过程符合GDR原则性评价的需求，这对于提供严格和一致的变体评价我们的队列跨越了一系列年龄，种族，地理区域和测试适应症，这可能与其他临床实验室中看到的不同，但说明了基因治疗在不同人群中的普遍适用性。我们已经证明了将反应性基因治疗纳入临床试验的病例分析的可行性，并概述了可能使其他人采用类似方法的策略。许多ClinGen基因治疗专家小组专注于一个单一的感兴趣的条件，留下了一个缺口，在强大的评估，公开可用的GDR分类的可用性，为许多会开放获取短文Cell Genomics3，100258，2023年2月8日7在这项研究中发现的多系统疾病虽然多系统疾病通常是个别罕见的，并显示出可变的表现，外显子组和基因组测序更有可能被推荐，并越来越多地用于早期诊断评估的患者与复杂的介绍。27这种多样性需要一种独特的专家-通才方法，其中策展人在应用框架和对支持性证据进行批判性评估方面经验丰富，而不是特定疾病领域的专家该框架在疾病领域的广泛适用性，正如基因治疗专家小组的多样性以及我们自己的治疗所说明的那样，证明了该框架的优势，并通过专家通才方法实现了一致和准确的治疗。在ClinGen内部，成立了综合征性疾病基因治疗专家小组28，以解决多系统GDR，并采用了专家通才方法。然而，需要进一步的社区努力来满足及时管理所有多系统GDR的需求。关注最有影响力的证据是实施反应性基因治疗的有效策略，同时适应临床解释和报告工作流程的时间限制。通过优先考虑病例数据和高影响力的实验证据（如动物模型），可以更快地达到可靠的临床有效性分类。综合实验证据策展在能够解决边界分类时最有影响力。我们的分类与ClinGen的分类之间的高度一致性表明，这些策略不会损害GDR分类，并验证了我们在测试周转时间内实施的反应性基因管理。基因治疗数据的公共共享对于减少临床工作流程中所需的反应性基因治疗的数量至关重要。例如，BabySeq项目策划的1，500个GDR，11，29是在新生儿中实施GS的关键步骤，为减少RUGD的治疗负担提供了基础知识库，特别是对于儿科病例。尽管如此，我们只看到基因治疗负担的适度下降，约2.5年，尽管公共知识库有所增长，基因-疾病有效性这种对基因的基本稳定的需求治疗可能反映了RUGD的GDR复发率相对较低，新疾病基因发现的快速步伐，20以及社区基因治疗工作缺乏对我们队列中观察到的疾病类型的关注。然而，最近启动的GenCC，30我们是其中的一个贡献成员，通过汇集和协调来自全球各地团体的GDR评估，无论方法如何，都导致了公共GDR知识库的数量级增长共享还可以识别和解决分类中的冲突，正如PanelApp在英国和澳大利亚的努力所证明的那样15我们试用了GenCC数据，发现它们在4个月内消除了13个基因治疗的需要基因策展对所有GDR都有价值，但可以说基因策展的最大影响是在报告不确定意义基因（GUS）中发现的变异的虽然这些变体必然是VUS，但它们可以被认为是研究候选人，强调可能的新诊断，或作为未来重新分析的标志在全球临床遗传学界，目前对GUS中VUS的报告缺乏共识，来自医学基因组计划31的美国建议在GUS中VUS被认为是强有力的候选者时报告GUS，来自欧洲人类遗传学学会32的指南建议不应在临床上报告此类结果，而是仅限于单独的研究报告。虽然证据较少的GDR可能并不总是适合纳入基因检测组7，8，因此可以1，2，5GUS中VUS的报告，其中存在有限但有效的重要性建议，对RUGD患者特别有对于超罕见疾病，在具有潜在临床意义时，有必要返回GUS中的VUS。对这些GDR的原则性考虑可以防止候选变异被不必要地排除，但关键的是，可以防止在没有与疾病因果关系的证据的情况下，在基因中返回VUS的伤害。此外，GDR的强度也指导了变异分类，根据GDR的证据水平适当限制了致病性的断言。7重要的是要监测新的支持性或矛盾性证据、其他疾病断言或影响与单个基因相关的多个独特疾病实体认定的数据的发表，这可能导致GDR的复发。然而，临床实验室内的资源限制可能会基于自动文献检索或活动病例中GDR复发的反应性复发，而不是预定义的时间尺度，可能是一种有效的方法。在临床环境中，在开始复治之前，初步评估新发表的证据是否会导致GDR分类的变化，以及变体重新分类和修订报告，可以进一步针对资源分配，对患者更有影响。新的基因疾病发现的快速增长，包括那些来自像GeneMatcher这样的大型合作努力的发现，是人类遗传学中令人兴奋的发展。[33]这些说明书通常包含大量的案例数据，使GDR能够在没有大量实验数据的情况下迅速被归类为强有力的或确定的应鼓励在不需要实验支持的情况下优先考虑和允许发表聚合病例，以允许更快速地共享新生GDR，这有利于候选变体的分类和管理，并有助于增加患者及其家属获得潜在信息发现的机会虽然完全管理的基因组仍然需要基因管理，但这ClinGen、PanelApp和GenCC利用社区共同努力的力量然而，在个体基因的层面上，加速基因治疗的努力需要会开放获取短文8Cell Genomics3，100258，2023开发软件和自动化工具，以汇总公开可用的数据并识别相关文献，这是一个耗时的过程，因此馆长可以专注于证据解释而不是收集。严格的基因策展对于跨变异分诊、分类和报告决策的准确和一致的临床解释是必要的。一套完整的人类基因组GDR将是临床解释GS数据的巨大资产，提高基因组的标准化和一致性，7，34，35并可能提高诊断率。36我们已经证明，在我们有一个完全策划的基因组之前，集中的反应性基因策划，无论方法学如何，都可以实现以满足临床报告的关键需求。限制的的研究反应性基因治疗旨在提供准确和最新的GDR临床有效性评估，以支持变异解释和报告。然而，ClinGen框架限制了对公开可用证据的考虑，这可能导致低估GDR的强度，并在某些情况下可能导致变异致病性。ClinGen框架还设计用于单基因孟德尔疾病。 因此，它不会解决临床实验室在解释遗传学结果期间可能遇到的所有情况，例如风险因素。我们在特定疾病领域作为通才而不是专家实施了该框架，虽然我们的一致性分析支持这种方法的合法性，但在某些情况下，专家的意见可能会影响证据的解释和评分。实施反应性基因治疗，特别是使用像ClinGen框架这样的严格方法，需要对人员培训和程序进行投资，以确保一致性。虽然这可能会对采用构成障碍，但我们发现变异分类、策展和解释所需的技能可转移到基因水平分析，并认为无论使用何种方法，反应性基因治疗都是有价值的最后，本研究反映了单个临床实验室的经验;由于患者人群、人员经验和专业知识以及资源的差异，采用类似方法的其他实验室的经验可能会有所不同。财团国际空间法委员会解释和报告小组：Carolyn Brown，MatthewP. Brown ， Amanda Buchanan ， Brendan Burns ， Nicole J.Burns ， Anjana Bagrasekhar ， Aditi Chawla ， Katie Golden-Grant，Akanchha Kesari，Alka Malhotra，Becky Milewski，Samin A.作者：Sarah Schmidt，Brittany Thomas，Erin Thorpe.STAR+方法本文件的在线版本提供了详细的方法，包括以下内容：d关键资源表d资源可用性B电极导线触点B材料供应情况B数据和代码可用性d实验模型和子系统d方法样本B基因组测序、分析和解释B基因治疗和临床报告B重新评估策划的GDRB数据分析补充信息补 充 信 息 可 以 在 www.example.com 上 找 到 https://doi.org/10.1016/j 。xgen.2023.100258。致谢感谢J。阿韦西利亚河谷拉詹湾Juan和S.Ajay的计算支持和J. Belmont的深思熟虑的审查。作者贡献概念化，A.R.C.，JPT R.R.，K.B.，医学博士，洛杉矶，DRB 和A.J.C.调查，A.R. C JPT R.R.，K.B.，国际空间法委员会口译和报告小组和A.J.C.;项目管理硕士R. R.;监督D.L.P. DRB RJT和A.J.C.写作编辑A.R.C. JPT洛杉矶，DLP RJT还有AJC申报利益所有作者均为Illumina，Inc.的员工和股东。包容性和多样性我们支持包容，多样和公平的研究行为。投稿时间：2022 - 06修订日期：2022接受日期：2023发布时间：2023引用1. 莱昂内尔，AC，Costain，G.，Monfared，N.，Walker，S.，M.S.，Hosseini，S.M.，Thiruvahindrapuram，B.，Merico，D.，乔布林河，Nalpathamkalam，T.，等（2018）。与靶向基因测序板相比，诊断率的提高表明全基因组测序作为第一级基因检测的作用。Genet. Med.20，435-443. https://doi.org/10.1038/gim.2017.119.2. Scocchia，A.，Wigby，K.M.，Masser-Frye，D.，Del Campo，M.，加拉雷塔，CI，Thorpe，E.，McEachern，J.，Robinson，K.，格罗斯，A.，等;ICSL解释和报告团队（2019）。临床全基因组测序作为墨西哥资源 有 限 的 畸 形 诊 所 的 第 一 层 测 试 。 NPJ Genom. Med.4 ， 5.https://doi.org/10.1038/s41525-018-0076-1网站。3. Turro ， E. ， Astle ， W.J. ， Megy ， K. ， Graüf ， S. ， Greene ， D. ，Shamardina ，O. ，艾 伦， H. L. ，Sanchis-Juan ，A.， Frontini ，M. ，Thys，C.，等（2020年）。国家卫生系统罕见病患者的全基因组测序Nature583，96-102. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2434-2网站。4. Bertoli-Avella ， 上 午 ， Beetz ， C. ， Ameziane ， N. ， 罗 查 法 医Guatibonza ， P. ， 佩 雷 拉角 ， 卡 尔 沃 ，M. ，Herrera-Ordonez ， N.，Segura-Castel，M.，Diego-Al- varez，D.，等人（2021年）。基因组测序 在 诊 断 环 境 中 的 成 功 应 用 EUR. J. 哈 姆 。 Genet. 29 ， 141-153.https://doi.org/10.1038/s41431-020-00713-9.会开放获取短文Cell Genomics3，100258，2023年2月8日95. NICUSeq研究组; Krantz，I.D.，梅德尼湖Weatherly，J.M.，怀尔德，K.T.比斯瓦斯，S.，Devkota，B.，Hartman，T.， 布鲁内利湖Fishler，K.P.， 等（2021年）。全基因组测序对疑似遗传性疾病的急性病婴儿临床管理的影响：一项随机临床试验JAMA Pediatr. 175，1218-1226。https://doi.org/10.1001/ja-mapiatrics.2021.3496.6. Incerti，D.，徐×- M.，周，J.W.，Gonzaludo，N.，贝尔蒙特，J.W.，和Schroeder，B.E.（2022年）。基因组测序用于诊断罕见遗传病患者的成本效益。Genet.Med.24，109-118。https://doi.org/10.1016/j.gim.2021.08.015网站。7. Bean，L.J.H.，Funke，B.，Carlston，C.M.，Gannon，J.L.，Kantarci，S.，Krock，B.L.，Zhang，S.，（1991），中国农业科学院，Bayrak-Toydemir，P.; ACMG实验室质量保证委员会（2020）。诊断基因测序板：从设计到报告-美国医学遗传学和基因组学学会（ACMG）的技术标准。Genet. Med.22 ，453-461 。网址：//doi. org/10.1038/s41436-019-0666-z。8. Thaxton，C.，很好法医DiStefano，M.T.，Luo，X.，Andersen，E.F.，索尔兰，E.，Berg，J.，Martin，C.L.，H.L.，里格斯急诊室等人（2022年）。利用ClinGen基因-疾病有效性和剂量敏感性治疗来告知变异分类。Hum.穆塔43，1031-1040。网址：//doi. org/10.1002/humu.24291。9. 纽约州斯特兰德里格斯急诊室布坎南，A.H.，杰伊汉-比尔索伊岛，DiStefano，M.，德怀特，S. S.，Goldstein，J.，戈什河，塞弗特，文学士，Sneddon，T.P.，等（2017）。评估基因-疾病关联的临床有效性：临床基因组资源开发的循证框架。Am. J.哈姆。Genet. 100，895-906.https://doi.org/10.1016/j的网站。ajhg.2017.04.015网站。10. H.L.，Berg，J.S.，Brooks，L.D.，哥伦比亚特区布斯塔曼特埃文斯，J.P.，兰德朗姆酒，M.J.，莱德贝特，D. H.，Maglott，D.R.，Martin，C.L.，Nussbaum，R.L.，等（2015年）。临床基因组资源。N. Engl.J.Med.372，2235-2242。https://doi.org/10.1056/NEJMsr1406261网站。11. 洛杉矶霍尔姆Agrawal，P.B.，杰伊汉-比尔索伊岛，Christensen，K.D.，Fayer，S.，洛杉矶弗兰克尔杰内蒂，CA，Krier，J.B.，La May，R.C.，Levy，H. L.，等（2018）。The BabySeq project：implementinggenomicsequencinginnew-batch.BMC儿科18225https://doi.org/10.1186/s12887-018-1200-1.12. Farwell Hagman，K. D.，Shinde，D.N.，Mroske，C.，史密斯，E.，Radtke，K.，沙赫米尔扎迪湖El-Khechen，D.，Powis，Z.，Chao，E.C.，Alcaraz，WA， 等（2017）。临床报告的诊断性基因标准：诊断性外显子组测序在8%的未确诊疾病患者中鉴定出改变的候选基因。Genet.19，224-235。网址：//doi. org/10.1038/gim.2016.95。13. Adler ， A. ， Novelli ， V. ， Amin ， A.S. ， Abiusi ， E. ， 关 心 ， M. ，Nannenberg，E.A.，Feilotter，H.，Amenta，S.，Mazza，D.，Bikker，H.，等（2020年）。一项国际性、多中心、循证的对先天性长QT综合征致 病 基 因 的 重 新 评 估 Circulation141 ， 418-428. 网 址 ： http ：//doi.org/10.1161/CIRCULATIONAHA.119.04313214. Hosseini ， S.M. ， 金 ， R. ， Udupa ， S. ， Costain ， G. ， 乔 布 林 河 ，Liston，E.，Ja- mal，S. M.，Szybowska，M.，Morel，C.F.，Bowdin，S.，等（2018）。报告的猝死基因的重新发现：brugada综合征基因有效性的循证评估Circulation138，1195https://doi.org/10.1161/CIRCULATIONAHA.118.035070网站。15. 斯塔克，Z.，Foulger，R. E.，Williams，E.，汤普森，文学士，帕特尔角 ， Lunke ， S. ， 斯 诺 ， C. ， 梁 ， I.U.S. ， Puzriakova ， A. ，Daughterton，L.C.，等（2021年）。通过协作方法解决不一致性，扩大虚拟基因组治疗的国家和国际改进Am. J.哈姆。Genet. 108，1551-1557.https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2021.06.020网站。16. 马丁，A.R.，Williams，E.，Foulger，R. E.，Leigh，S.，Daughterton，L.C.，Ni- block，O.，梁，I.U.S.，史密斯，K.R.，Gerasimenko，O.，Haraldsdottir，E.，等（2019）。PanelApp众包专家知识以建立共识诊断基 因 组 。 Nat.Genet.51 ， 1560-1565 。 网 址 ： http ：//doi.org/10.1038/s41588-019-0528-217. Thormann，A.，Halachev，M.，麦克拉伦，W.，Moore，D.J.，Svinti，V.，坎普-贝尔，A.，Kerr，S.M.，Tischkowitz，M.，亨特，S. E.，邓洛普，M.G.，等人（2019年）。会开放获取短文10Cell Genomics3，100258，2023使用G2P和Ensembl VEP对基因组变体进行灵活和可扩展的诊断过滤。国家通信10，2373。https://doi.org/10.1038/s41467-019-10016-3.18. 转化遗传医学倡 议（TGMI）基因 2表型。https://www.ebi.ac.uk/gene2phenotype网站。19. ClinGen基因-疾病有效性治疗（2022）。https://search.clinicalgenome.org/kb/gene-validity?page=1&size=25& search=.20. Bamshad ， M.J. ， 尼 克 森 ， 地 方 检 察 官 ， 和 Chong ， J.X. （ 2019年）。孟德尔基因的发现：快速和愤怒，看不到尽头。Am. J.哈姆。Genet. 105，448-455。https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2019.07.011网站。21. Adamson，K.I.，Sheridan，E.，Grierson，A.J.（2018）.利用斑马鱼模 型 研 究 罕 见 的 人 类 疾 病 。 医 学 遗 传 学 杂 志 55 ， 641-649 。https://doi.org/10.1136/jmedgenet-2018-105358网站。22. Hmeljak，J.，Justice，M.J.（2019）。从基因到治疗：通过模型系统支 持 罕 见 疾 病 转 化 研 究 。 Dis. 型 号 机 械 12 ， dmm039271 。https://doi.org/10.1242/dmm.039271网站。23. 布朗，S.D.M.（2021年）。人类疾病研究中的小鼠遗传学进展Hum.摩尔Genet.30，R274-R284。https://doi.org/10.1093/hmg/www.example.com24. Sobreira，N.，Schiettecatte，F.，Valle，D.，和Hamosh，A.（2015年）。基因匹配器：一种匹配工具，用于连接对同一基因感兴趣的研究人员。Hum.穆塔36，928-930。https://doi.org/10.1002/humu.22844.25. Philippakis，A.A.，Azzariti，D.R.