抗辐射不动杆菌脂肪酶的抑制剂研究

信息学在医学解锁10（2018）126葡萄香兰素：一种抗辐射不动杆菌脂肪酶的有效抑制剂Krishna Kant Guptaa，Raju Mandala，Sharmili Jagtapb，Krishna Ramadasa，*a印度本地治里大学生物信息学中心b印度本地治里大学微生物学系A R T I C L E I N F O关键词：CD光谱荧光光谱对接葡萄糖香草醛脂酶油酸A B S T R A C T已知抗辐射不动杆菌可引起医院感染。细菌脂肪酶侵入并破坏宿主组织，引起多种感染。很少有有效的细菌脂肪酶抑制剂在我们的研究中，我们检索脂肪酶序列从不动杆菌radioresistens蛋白质组，建模和验证其结构，并最终模拟了50 ns？最小化的结构被认为是对接研究与天然苦味化合物以及已知的脂肪酶抑制剂。对苦味化合物进行了药物相似性筛选选择过滤的化合物进行对接研究。与标准抑制剂油酸（-6.3kcal/mol）相比，化合物葡糖香草醛显示出最佳的对接评分（-9.1kcal/mol）。脂肪酶测定表明，与油酸（4.1U/ml）相比，葡萄糖香草醛（1.5U/ml）的脂肪酶活性急剧降低。葡萄糖香草醛和油酸的IC 50分别计算为13和27 mM。两种复合物均模拟50 ns，并获得稳定性本研究利用圆二色光谱和荧光光谱研究了抗辐射不动杆菌PR 8脂肪酶的二级结构变化通过分子对接、模拟和相互作用研究，发现葡萄糖香草醛类化合物是一种有效的脂肪酶抑制剂1. 介绍耐辐射不动杆菌是引起医院感染的主要病原菌 这就是所谓的医院感染。它是一种革兰氏阴性细菌。它的致病性与外膜囊泡（OMV）有关，这些囊泡是由外膜（OM）隆起形成的[1]。已知这些外膜囊泡在抗辐射不动杆菌的发病机制中起非常重要的作用，因为它含有周质蛋白、磷脂、脂多糖（LPS）、酶（脂肪酶、蛋白酶）、遗传物质（DNA、RNA）以及毒素和其他毒力相关因子[2]。在最近的一项研究中，发现放射抗性不动杆菌由于插入序列（IS）介导的内源性OXA-23过表达而对碳青霉烯类耐药[3]。健康人的皮肤[4]和肉类[5]被发现严重感染了抗辐射不动杆菌。尽管如此，关于OMV的产生，对耐辐射不动杆菌的研究较少在不动杆菌属中发现了许多药物靶点它们有的是细胞表面的一部分，有的是分泌系统的一部分药物靶点包括脂寡糖、糖蛋白、荚膜、菌毛、II型分泌物、自身转运蛋白、VI型分泌物、外膜囊泡[6]。脂肪酶是属于II型分泌的酶，它们与细菌的毒力有关。不动杆菌属细菌脂肪酶是杀菌脂质[7]。 它还干扰宿主粒细胞功能[8]。 在深部感染性败血症中，发现了高脂肪酶活性[9]。皮肤上的脂肪酸分泌也促进脂肪酶介导的感染[10]。生物膜的形成也与脂肪酶有关[11]。很少有关于耐辐射不动杆菌脂肪酶抑制剂的报道[12][13]，但在皮特不动杆菌、鲍曼不动杆菌、产钙不动杆菌和琼氏不动杆菌中发现了II型分泌系统（T2SS）。据报道，不动杆菌需要一个II型分泌系统作为毒力因子的EX端口据报道，EX细胞外细菌和真菌脂肪酶是毒力因子[14][15]。在以植物为基础的医疗系统中，嗜食植物在控制重大疾病方面发挥着至关重要的作用。苦味化合物已经在许多疾病中显示出其治疗潜力[16]。在草药中显示出苦味的特性[17]。在我们目前的研究中，我们从不动杆菌抗辐射蛋白质组中检索脂肪酶序列，模拟其结构，验证其结构，并最终模拟50ns？最小化的结构被认为是对接研究与天然苦味化合物。 对苦味化合物进行了药物相似性筛选。选择过滤的化合物进行对接研究。化合物葡萄糖香草醛表现出* 通讯作者。电子邮件地址：krishna@bicpu.edu.in（K. Ramadas）。https://doi.org/10.1016/j.imu.2018.01.002接收日期：2017年11月25日;接收日期：2018年1月17日;接受日期：2018年1月21日2018年2月28日在线提供2352-9148/©2018由Elsevier Ltd.发布这是一篇基于CC BY-NC-ND许可证的开放获取文章（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）。目录可在ScienceDirect医学信息学期刊主页：www.elsevier.com/locate/imuK.K. Gupta等人信息学在医学解锁10（2018）126127与标准化合物油酸相比，最好的对接分数两种复合物均模拟50 ns，并获得稳定性选择来自抗辐射不动杆菌PR 8的纯化脂肪酶蛋白进行抑制研究以及与油酸和葡萄香兰素的相互作用研究葡萄糖香草醛和油酸的结构描绘于图1中。 1 A和B。用圆二色谱和荧光光谱研究了蛋白质的二级结构变化和相互作用引起的内源荧光猝灭。2. 材料和方法2.1. 脂肪酶二级结构预测从NCBI检索具有蛋白质ID WP_005026281.1的脂肪酶序列脂肪酶的二级结构分析通过SOPMA（具有比对的自优化预测方法）进行[18]。2.2. 模型建立及其验证将全长脂肪酶序列提交给Robetta服务器[19]。服务器实现ROSETTA，该ROSETTA通过构象空间考虑蒙特卡罗方法以获得最小能量构象[20]。Rosetta通过交换扭转角来研究结构图 1. （ A ） 葡 萄 糖 香 草 醛 和 （ B ） 油 酸 的 结 构 （ 来 源 ： Pubchem ：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/）。在所获得的模型中的片段和已知的结构片段之间。该方法为每种蛋白质构建了五个模型。每种结构都通过使用Galaxyrefine进一步细化[21]。最终结构由Rampage [22]和Erratplot [23]验证。2.3. 活性部位预测通过将模型结构与模板结构比对，预测水解活性的重要残基（PDBID：1EX9）。使用COACH metaserver [24]预测活性位点，其预测蛋白质中的配体结合位点找到了脂肪酶的催化位点，并围绕这些重要残基制作了网格2.4. 天然蛋白质使用GROMACS v 5.0.2 [25]实施GROMOS 96 43a1全原子力场对脂肪酶的建模三维结构进行模拟，以了解分子稳定性。将蛋白质包含在立方体中，并施加尺寸延伸至1.50 nm的周期体。 水分子被钠离子中和了。使用最速下降算法对系统进行50，000步的能量最小化，然后通过共轭梯度法进行最小化。然后将最小化的系统在NVT（恒定数量的颗粒、体积和温度）和NPT（恒定数量的颗粒、压力和温度）下平衡100 ps以进行位置限制。 使用LINCS算法[26]约束所有键角，而使用SETTLE算法约束水分子的几何形状。通过使用V-rescale弱耦合方法调节系统的温度（在310 K下），并通过使用Parrinello-Rahman方法设定压力（在1 atm下）[ 27 ]。然后将平衡的系统设置为50 ns的模拟运行，时间步长为2 fs（fs）。保存每2ps的结构坐标，并使用GROMACS包中可用的合适工具进行分析。最小能量脂肪酶结构检索。2.5. 配体文库从文献和Merck索引（化学化合物和药物的知识库和专著）的BitterDB数据库中收集680种苦味化合物 这些化合物与25种人类苦味受体相关[28]。使用Discovery Studio v 3.1的Prepareligand模块制备这些化合物对于配体制备，考虑以下属性：改变电离-真，生成互变异构体-真，生成异构体-真，FiX坏价态 使用Lipinski [29]和veber规则[30]过滤化合物的药物相似性。2.6. 脂肪酶与过滤苦味化合物过滤的苦味化合物用于与脂肪酶的对接研究。Discovery Studiov3.1软件用于苦味化合物的虚拟筛选通过使用 PYRX 软件 （ 网址 ：http://pyrx.sourceforge.net/downloads）进一步重新对接前十个化合物。基于对接得分，选择最佳化合物和已知抑制剂进行模拟研究。2.7. 复合物的模拟使用GROMACS v 5.0.2进行分子动力学模拟，使用GROMOS 9643a1全原子力场，以了解模拟的复合物三维结构的分子稳定性。构建了蛋白质和配体拓扑结构PRODRG服务器[31]用于生成配体拓扑结构。将蛋白质配体浸泡在尺寸延伸至1.50 nm的立方体在各个方向上都采用了周期性边界系统。通过用钠离子取代水分子来中和溶剂化体系。的K.K. Gupta等人信息学在医学解锁10（2018）126128---其 余 程 序 与 第 2.3 节 所 述 相 同 。 保 存 每 2ps 的 结 构 坐 标 ， 并 使 用GROMACS包中可用的合适工具进行分析用RMSD、RMSF、氢键和回转半径比较了最小能量络合物结构复合物在0 ns、10 ns、20 ns、30ns、40 ns和50 ns处的六个帧作为PDB文件从MD轨迹中检索并分析它们以了解哪些氢键在模拟中保持稳定此外，在模拟期间参考0ns计算配体在10ns、20ns、30ns、40ns和50ns处的RMSD，以指示其在活性位点中的稳定性。2.8. 脂肪酶检测试剂盒通过滴定法[32]和分光光度测定法[33]估计脂肪酶活性使用来自抗辐射不动杆菌PR 8（Genbank登录ID：MF 073322和MF 073323）的纯化 脂 肪 酶 （ 1 mg/ml ） [34] 。 & 配 体 油 酸 和 葡 糖 香 草 醛 购 自 TCIChemicals（India）Pvt.Ltd和Ark Pharm，Inc（USA）。将脂肪酶与各种浓度的葡萄糖香草醛和油酸（1 mM、5 mM、10 mM、15mM、20 mM、25 mM、30 mM）一起孵育1小时。计算有和没有配体的酶活性计算葡萄糖香草醛和油酸的IC50IC50可以定义为将酶活性降低至50%的抑制剂浓度2.9. 圆二色性测量圆二色性（CD）光谱用于估计给定蛋白质中的二级结构元素[35]。脂肪酶浓度为185.79μ M，并在油酸和葡萄糖香草醛浓度（2 mM）下以各种蛋白质和配体比例记录光谱所考虑的6种不同的蛋白质：配体比例为1：0、0.875 ： 0.125 、 0.75 ： 0.25 、 0.625 ： 0.375 、 0.5 ： 0.5 、 0.375 ：0.625。用Jasco-810分光光度计（JASCO，Tokyo，Japan）在1.0mm光程长度的池中将温度设定在22 ℃在22° C下从190至250 nm每个光谱累积两次扫描选择Yang的蛋白质二级结构预测参考文献，以检查不同配体浓度下的二级结构变化。2.10. 荧光光谱来自黄芩的黄酮类化合物是众所周知的脂肪酶抑制剂。荧光猝灭研究强烈支持了阿伐他汀的猝灭效应[36]。研究了葡萄糖香草醛和油酸对纯化脂肪酶的荧光猝灭作用脂肪酶从抗辐射不动PR8中纯化 用50 mM磷酸盐缓冲液（pH 7.5）制备0、1.0、2.0、3.0、4.0、5.0 × 10 - 5M葡萄糖香草醛和油酸。从A.将1.0 × 10 - 5M的放射抗性蛋白PR8与不同浓度的配体在22 ℃孵育1h。在280 nm的激发波长下记录荧光发射光谱。将其记录在Fluorolog（HoribaScienti fic， Singapore）上的1 cm石英池中。选择5nm的激发和发射带宽从360至675 nm扫描发射光谱。3. 结果3.1. 二级结构分析结果表明，螺旋、无规卷曲、延伸链和转角的氨基酸残基含量分别为36.22%、35.60%、19.50%和8.67%结果表明，α螺旋占据了蛋白质的最大部分，其次是无规卷曲、延伸链和β转角，使蛋白质稳定。3.2. 模型建立及其验证将脂肪酶的靶序列与铜绿假单胞菌脂肪酶（PDB：1EX9）的晶体结构进行比对 查询覆盖率为88%，同一性为52%。建立并完善了脂肪酶模型。有利区296个（92.5%），允许区21 个（6.6%），异常区3个（0.9%），误差质量因子为Ramachandran Z评分为-3.838。3.3. 活性部位预测通过与模板骨架（PDB ID：1EX9）比较并基于COACH服务器结果，在HIS 289周围发现催化位点 其它对脂解活性重要的残基是TRP 287、TYR 311、HIS 119、ASP 267、MET 50、ALA 242、SER 120和HIS 289。网格大小X轴、Y轴、Z轴和直径（φ）的平均值分别为44.6223、47.5545、53.8365和11.12。3.4. 天然蛋白质进行了50 ns时间尺度的MD模拟，以理解和验证脂肪酶的建模结构的稳定性。最小化的结构检索在10ns的时间尺度？脂肪酶的骨架RMSD曲线表明，蛋白质在大约10 ns后达到平衡，最大RMS偏差为0.6 nm，并能够保持平衡，直到最终生产MD（图1）。 2 A）。还评估了蛋白质的RMSF特征，以解释结构内的可降解区域（图11）。2 B）。脂肪酶蛋白质中存在三个可降解区域：区域I（10-0.14和0.4 nm;区域III（240-在这些区域中的亲合性归因于甘氨酸残基的存在从回转半径分析，我们发现脂肪酶结构的紧凑性和折叠性在模拟过程中得到了保持（图1）。 2 C）。3.5. 配体文库Lipinski的五个规则预测可能成为口服药物的化合物veber规则评价化合物的药物相似性在680个配体中，有562个配体遵循Lipinski的五规则和Veber规则。3.6. 脂肪酶与过滤苦味化合物所制备的配体在脂肪酶的活性位点进行了虚拟筛选从562个配体中筛选出208个配体。基于Discovery Studio中的libdock得分的前十个配体如表1所示。葡萄糖香草醛的libdock评分为142.16。脂肪酶的标准抑制剂是油酸、抗坏血酸、月桂酸、N-月桂酰肌氨酸、EDTA、n-十二烷基三甲基铵和奥利司他[37]。发现脂肪酶的最佳抑制剂是来自Discovery Studio和PyRX软件的葡萄香草醛（图2）（表2和3）。葡萄糖香草醛的对接分数（9.1 kcal/mol）（图 3 A）远远优于油酸（6.3千卡/摩尔）（图3A）。 3B）和奥利司他（5.4kcal/mol），一种众所周知的脂肪酶抑制剂（表3）。与油酸相比，葡萄糖香草醛对脂肪酶的高亲和力归因于具有最佳对接分数的六个氢键的存在3.7. 配合物的模拟与分析通过分析脂肪酶-油酸和脂肪酶-葡萄糖香草醛复合物的骨架RMSD来监测50 ns时间尺度的MD方案，这表明复合物在25 ns后稳定，并保持直到生产MD运行结束，具有最大RMSDK.K. Gupta等人信息学在医学解锁10（2018）126129图2. 天然脂肪酶蛋白及其复合物的分子动力学结果。(A)脂肪酶（黑线）、脂肪酶-葡萄糖香草醛复合物（绿线）和脂肪酶-油酸（红线）在50 ns？(B)脂肪酶、脂肪酶-葡萄糖香草醛复合物和脂肪酶-油酸在50 ns？(C)回转半径（R g）的脂肪酶，脂肪酶葡萄糖香草醛复合物和脂肪酶油酸在50 ns？(D)分子间氢键、脂肪酶-葡萄糖香草醛复合物（平均4个氢键）、脂肪酶-油酸复合物（平均3个氢键）。(For关于此图例中颜色的解释，请读者参阅本文的Web版本。）表1脂肪酶活性部位562个苦味化合物的筛选具有良好libdock评分的前十种化合物如下所示。通用名称Libdock评分葡萄糖香草醛142.165，50亚甲基二硫代水杨酸140.11苯丙氨酸色氨酸138.87高圣草素138.4烟肼134.99盐酸维吉地尔134.31根皮素b129.38苦藏红花素，苦马豆素129.23杜鹃素129.1前精氨酸125.63表2来自discovery studio的前十种化合物使用PyRX软件进一步重新对接。具有良好粘合能力的前五种化合物如下所示抑制剂结合亲和力（Kcal/mol）葡萄香草醛-9.15，50-亚甲基二辛酸7盐酸维奎地尔苯丙氨酸色氨酸6高圣草酚c-5.9脂肪酶-油酸复合物中的波动为0.6 nm，脂肪酶-葡萄糖香草醛复合物中的波动为0.5 nm（图 2 A）。分子间氢键的稳定性也分析了整个MD模拟，并显示3个氢表3具有对接评分的脂肪酶的参比抑制剂参比抑制剂结合亲和力（Kcal/mol）油酸-6.3抗坏血酸-6.2月桂酸-6.1N-月桂酰肌氨酸6EDTA-5.8正十二烷基三甲铵-5.6奥利司他-5.4在脂肪酶-油酸复合物中，4氢键在脂肪酶-葡萄糖香草醛复合物中得到很好的保持和稳定（图1B）。 2 D）。观察到氢键模式的这种差异是由于复合物的固有性质及其随后的构象变化后观察到的复合物形成。脂肪酶-葡萄糖香草醛复合物的紧密度大于脂肪酶-油酸复合物，这表明葡萄糖香草醛对脂肪酶的亲和力最好（图11）。 2 C）。 根据RMSF结果，在TRP 287、TYR 311、HIS 119、ASP 267、MET 50、ALA 242、SER 120和HIS 289处没有显示高度稳定的复合物的可降解区域（图11）。 1 B）。在脂肪酶-葡萄糖香草醛复合物的模拟过程中保守的H-键是ASP 267和HIS 289。类似地，在脂肪酶-油酸复合物中模拟期间保守的H-键与TRP 287（表4）。葡萄糖香草醛和油酸在脂肪酶活性位点的最大RMSD分别为1.27 mM和3.2 mM（表5）。因此，脂肪酶和葡萄糖香草醛复合物在复合物稳定性中起重要K.K. Gupta等人信息学在医学解锁10（2018）126130¼图三. 脂肪酶与参比物质及抑制剂的分子对接研究。(A)具有六个分子间H键（蓝色;虚线）的脂肪酶-葡萄糖香草醛复合物的对接姿态与距离（λ）。(B)脂肪酶-油酸复合物与两个分子间氢键（蓝色;虚线）的对接姿势，距离（π）。(For关于本图图例中颜色的解释，请参考本文的Web版本。）3.8. 脂肪酶检测试剂盒来自抗辐射不动杆菌PR 8的纯化脂肪酶见补充图。 1. 脂肪酶活性，葡萄糖香草醛和油酸的IC50见表4。在不加配体、油酸和葡萄糖的情况下，最大酶活性分别为5 U/ml、4.1U/ml和1.5U/ml，表4脂肪酶-葡萄糖香草醛和脂肪酶-油酸复合物模拟过程中的氢键葡萄糖香草醛。葡萄糖香草醛和油酸的IC50估计分别为13和27 mM（表6）。该测定显示葡萄糖香草醛的抑制潜力。3.9. CD光谱研究在天然蛋白质的CD谱中，α螺旋（31.3%）和无规卷曲（38.4%）占据了蛋白质的最大部分，其次是β转角（30.3%），这使得蛋白质稳定。据报道，α螺旋的减少导致米黑根毛霉中脂肪酶活性的丧失[38]。在脂肪酶-葡萄糖香草醛复合物中，发现α螺旋的百分比从31.3%降低至3.1%，伴随β折叠的增加（19.9-因此，CD光谱结果清楚地表明葡萄糖香草醛与脂肪酶的结合引起构象变化，这些构象变化导致与参考化合物油酸的结合相比更多的酶活性损失3.10. 荧光光谱在λex280nm和37℃下，葡萄糖香草醛对脂肪酶荧光强度的淬灭作用通过荧光强度随葡萄糖香草醛浓度增加而降低来表示（图11）。但是与葡萄糖香草醛相比，油酸对脂肪酶的淬灭作用较小（图4A）。 4 B）。色氨酸使蛋白质具有内在荧光[39]。对TRP287的更好的淬灭作用也确保了葡萄糖香草醛作为脂肪酶抑制剂的效力。 在同等浓度的葡萄糖香草醛和油酸下，当与葡萄糖香草醛结合时，荧光强度降低至100000 CPS（每秒计数），而当与葡萄糖香草醛结合时，降低的荧光强度为250000 CPS表5脂肪酶-葡萄糖香草醛和脂肪酶-油酸复合物模拟过程中配体的RMSD葡萄糖香草醛RMSD（单位）0 ns1.190 ns-20 ns0.960 ns1.270 ns1.160 ns0.94油酸RMSD（单位）0 ns1.960 ns-20 ns1.760 ns2.40 ns3.20 ns2.9脂肪酶-葡萄糖香草醛复合物ASP267MET 50ALA242GLY241HIS119HIS2890ns是的是的是的是的是的是的10ns是的没有是的是的没有是的20ns是的是的是的是的没有是的30NS是的是的是的是的没有是的40NS是的是的是的是的是的是的50ns是的没有是的是的是的是的脂肪酶-油酸复合物HIS119TYR311TYR285THR238HIS289TRP2870ns没有是的没有没有没有是的10ns没有没有是的是的是的是的20ns没有没有是的没有是的是的30NS是的没有没有没有是的是的40NS是的没有没有没有是的是的50ns是的没有没有没有是的是的K.K. Gupta等人信息学在医学解锁10（2018）126131×××××××× ×××× ×××表6根据酶活性与浓度的对数回归估计油酸和葡萄糖香草醛与脂肪酶的IC501.2零点零三0.6零点零一0.45零点零三5 3.8 0.0410 3.2 0.0115 2.9 0.0220 2.5 0.0325 2.1 0.0130 1.9 0.03注：所有脂肪酶测定均以一式三份的方式进行，并报告了SE。表7不同浓度葡萄糖香草醛抑制剂对脂肪酶构象的影响。二级结构元素预测β片（%）α螺旋（%）转数（%）随机（%）脂肪酶（1：0）031.330.338.4脂肪酶/葡萄糖香草醛19.99.323.547.3（0.875：0.125）脂肪酶/葡萄糖香草醛19.79.025.146.2(0.75（0.25）脂肪酶/葡萄糖香草醛22.88.022.646.6（0.625：0.375）脂肪酶/葡萄糖香草醛16.07.824.851.3(0.5：0.5）脂肪酶/葡萄糖香草醛17.96.228.047.8（0.375：0.625）脂肪酶/葡萄糖香草醛23.93.123.249.9(0.25（0.75）表8脂肪酶在不同浓度的参考抑制剂油酸下的构象变化。二级结构元素预测β片（%）α螺旋（%）转数（%）随机（%）脂肪酶（1：0）031.330.338.4脂肪酶/油酸035.1064.9（0.875：0.125）脂肪酶/油酸031.4068.6(0.75（0.25）脂肪酶/油酸029.4070.6（0.625：0.375）脂肪酶/油酸（0.5：0.5）027.0073.0脂肪酶/油酸016.411.971.8（0.375：0.625）脂肪酶/油酸11.213.522.852.5(0.25（0.75）与油酸。这表明葡萄糖青霉素与脂肪酶的高亲和力相互作用4. 讨论不动杆菌属脂肪酶大多数是低分子量、冷活性、高度稳定和碱性的[40]。这些特征使其成为医院获得性感染的有效治疗靶点这种脂肪酶通过侵入宿主组织引起感染，并在突破第一道防线方面发挥重要作用。耐辐射不动杆菌作为一种机会性病原体引起HIV感染[41]。目前还没有关于抗辐射不动杆菌脂肪酶的强效抑制剂的报道。 金属离子Co2+、Fe3+、Sn2+对芽孢杆菌脂肪酶有抑制作用图4. 葡萄糖香草醛和油酸对辐射抗性不动杆菌PR8脂肪酶活性的淬灭作用。(A)脂肪酶的浓度为1.0 × 10- 5 M。葡萄糖香兰素浓度不同，因为，1.010-5 M（黑色线），2.010-5 M（绿线），3.010-5 M（红线），4.010-5 M（蓝线），5.010- 5 M（青色线），8.010- 5 M（粉红线）和10.010-5 M（灰线）。随着葡萄糖香草醛酸浓度的增加，荧光强度迅速下降（B）类似地，油酸浓度变化，指示为1.0 × 10- 5 M（黑线）、2.0 × 10- 5 M（绿线）、3.0 ×10- 5M（绿线）、3.0 × 10 - 5 M（绿线）和1.0 × 10 - 5 M（绿线）。10-5 M（红线），4.010-5 M（蓝线），5.010-5 M（青色线），8.010-5 M（粉红线），以及10.0 10-5M（灰线）。荧光强度缓慢下降随着油酸浓度的增加。(For有关此图例中颜色的解释，请参考本文的Web版本。）cereus[42]. 油酸也被报道为来自皱褶假丝酵母的脂肪酶抑制剂[43]。油酸占脂肪酸释放的70%，这些脂肪酸对脂肪酶活性具有抑制作用[44]。十二烷酸是来自不动杆菌属的脂肪酶抑制剂OPA55抑制橄榄油水解[45]。因此，我们将脂肪酶作为抗辐射不动杆菌的治疗靶点。苦味化合物具有物理化学性质。它们中的一些具有药用价值，一些在自然界中是有害的[46]。苦味化合物在支气管扩张作用中发挥重要作用[47]。自古以来，苦草药就被用于治疗各种疾病[48]。因此，在目前的工作中，检查了苦味化合物的药物相似性，并进一步筛选以找到有效的脂肪酶抑制剂。发现了控制细胞功能的分子机制，配体浓度（mM）酶活性（U/ml）IC50（mM）无配体葡萄糖香兰素01510155.0零点零一1.5零点零二0.8零点零一13油酸20253010.5零点零一0.4零点零五4.1零点零五27K.K. Gupta等人信息学在医学解锁10（2018）126132--结构生物学的一个重要方面是结构大分子与合适的伴侣相互作用最初，我们关于它们功能作用的想法是基于蛋白质是刚性结构的假设 分子动力学的概念探索了原子的内部运动，并强调了调节其功能作用的构象变化。利用多尺度分子动力学模拟研究了来自嗜冷绵毛嗜热菌的嗜冷脂肪酶M37在不同界面的构象动力学[49]。最近，通过分子对接结合分子动力学模拟，提出了十种针对胰脂肪酶的植物化学物质作为有效抑制剂[50]。Yang的参考文献[51]通常用于确定蛋白质中的二级结构变化。相互作用研究清楚地表明，由于抑制分子的存在，酶的二级结构发生了变化。在小麦胚芽中报道了α螺旋对脂肪酶活性的重要性，α螺旋的破坏导致脂肪酶活性降低70%[52]。类似地，脂肪酶中α螺旋构象的稳定性对于底物结合非常重要[53]。这些结果与新分离的芽孢杆菌属热稳定脂肪酶密切相关[54]。基于荧光的研究被广泛应用于研究基于酶的反应[55]，包括脂肪酶[56]。脂肪酶的内在荧光是由于胰蛋白酶的存在。在葡萄糖香草醛的情况下，内在荧光的淬灭大于油酸，这表明其作为脂肪酶抑制剂的效力相互作用研究清楚地显示了葡萄糖-香草醛对来自抗辐射不动杆菌PR8的脂肪酶的抑制潜力5. 结论根据我们的计算机模拟和体外研究，我们提出葡萄糖香草醛作为抗辐射不动杆菌脂肪酶的有效抑制剂。 到目前为止，已经提出了许多脂肪酶抑制剂，但与已知的抑制剂相比，葡萄糖香草醛具有良好的治疗潜力。发现与标 准 抑 制 剂 油 酸 （ -6.3 kcal/mol ） 和 药 物 分 子 奥 利 司 他 （ 5.4kcal/mol）相比，Glu- covanillin与six氢键具有良好的结合亲和力（9.3 kcal/mol）。脂肪酶-葡萄糖香草醛复合物在整个模拟过程中是稳定和紧凑葡萄糖香草醛和油酸的IC50分别计算为13和27 mM。圆二色光谱和荧光猝灭研究表明，葡萄香草醛与脂肪酶结合后，脂肪酶的构象发生了剧烈变化，荧光强度降低。因此，葡萄糖青霉素在重大疾病的治疗和管理中发挥着关键作用利益冲突没有。确认Ramadas Krishna非常感谢印度本地治里大学生物信息中心和中央仪器设施（CIF）为研究工作提供分析仪器这项研究没有得到任何资助机 构 的 资 助 Krishna Kant Gupta 感 谢 DBT 提 供 研 究 奖 学 金（DBT/2016/Pondi-U/ 524）。附录A. 补充数据与本文相关的补充数据可以在https：//doi找到。org/10.1016/j.imu.2018.01.002。引用[1] [10] Fulsundar S，Kulkarni HM，Jagannadham MV，Nair R，Keerthi S，SantP，et al. 不动杆菌外膜囊泡的分子特征放射抵抗素及其在发病机制中的潜在作用。微生物病原学2015;83- 84：12 - 22.[2] 作者：J.J. 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