会开放获取Q A与作者见面:JoakimLundenberg和Eva Gracia VillacampaJoakim Lundeberg和Eva Gracia Villacampa分别是“福尔马林固定组织中的全基因组空间表达谱”的高级和第一作者,这在Cell Genomics的采访中,作者讨论了他们开发的一种程序,用于在FFPE固定的组织切片中进行mRNA的全基因组空间分析。若阿金·伦德贝格KTH皇家理工Joakim Lundeberg是分子生物技术教授,在瑞典斯德哥尔摩皇家理工学院生命科学实验室。他的实验室目前的重点是开发实验和生物信息学的原型,以研究组织切片中的组学数据。Eva Gracia Villacampa 是斯 德哥 尔摩KTH皇家理工学院基因技术部门JoakimLunde- berg实验室的博士她的主要研究领域是空间转录组学方法开发及其在生物医学研究中的应用。伊娃·格拉西亚·比利亚坎帕KTH皇家理工学院是什么促使你成为一名科学家?JL:好吧!在我的职业生涯中,我的兴趣范围很广,最初专注于克隆,然后是基因测序,现在是基因的空间定位和理解健康和疾病中的分子生态系统EGV:我有很多不同的兴趣,但最终,我选择了科学的职业道路,目的是通过技术和医学发展来扩展我们的知识和提高生活质量此外,在科学的职业生涯给你一个机会,给社会带来积极的变化,而它伊娃,是什么促使你加入乔基姆EGV:我在完成医学硕士学位后就加入了Joakim卡尔生物技术在KTH皇家理工学院在2017年。当时,空间转录组学(ST)是一项相对较新的技术。我发现了高水平的专业知识 ,对 开 发 这些 新 技术 的 兴 奋, 以 及Joakim实验室的良好氛围请告诉我们您开发的技术以及它与其他方法的EGV:我们开发了一种适应性ST,使其与甲醛固定的组织相容.其目的是使用空间条形码寡核苷酸(dT)探针捕获组织切片中mRNA分子的30端,结合高分辨率成像,对mRNA进行无偏的全基因组空间分析 。 它 现 在 还 涉 及 到 几 个 月 前 由 10xGenomics发布的福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样品的商业解决方案,但在这种情况下,他们使用针对整个转录组的探针,而不是直接polyA捕获。这个概念是如何这项技术开发工作起源于?为什么你觉得这值得在你的实验室里进行?EGV:我相信这是非常直接的,主要是由于对它的明显需求。ST首次发表后,许多人联系Joakim询问与FFPE样品的兼容性,因为FFPE是最广泛的组织保存方法。然而,FFPE样品的ST方法的发展受到技术挑战的限制Cell Genomics1,100068,2021年12月8日1会开放访问问答通过福尔马林诱导的mRNA分子的交联和降解。我们希望通过基于商用平台调整协议来应对这一挑战。您认为您的方法将在哪些方面对生物医学研究产生最重大的影响?EGV:首先,这些方法将允许对生物库样品的丰富资源进行空间转录组学分析,其中新鲜冷冻样品是临床样品储存的标准。这将促进对存档生物样本的研究,并允许对生物学过程、生物标志物分布、疾病进展、免疫应答和器官发育进行ST知情的回顾性和纵向研究。 这方法将也带来在新鲜冷冻样本供应不足的地区,包括罕见疾病研究和涉及甲醛处理灭活病原体的研究,产生积极影响。目前单细胞研究的优先事项还有哪些技术挑战?JL:在单个组织切片中集成其他模式-实验和计算。多模态已经证明了它对单细胞的影响,现在空间平台的新结果正在出现。这将是令人兴奋的探索是否同样适用于空间数据的单细胞。已经清楚的是,抗体染色可以提供关于细胞类型的额外信息,以简化细胞分割和鉴定。尽管如此,如果蛋白质和RNA数据可以提供更高层次的组织结构,可以通过计算手段去卷积,那么这种能力将被结合起来。如果没有预算或技术限制,你梦想进行什么样的单细胞研究当前需要克服哪些挑战?JL:我梦想着同时对活体组织进行成像,数据时间方面将提供一个重要的新维度,实验挑战是在不破坏组织的情况下捕获高含量的分子组学数据。事实上,我们已经显示出在空间上研究ALS疾病的时间变化的巨大价值。上下文(Maniatis等人,2019年)。在该研究中,我们在形态学变化之前鉴定了基因表达变化,实验仅可能使用破坏样品的多个时间终点分析。也有一些承诺,成像可以连续进行,实时对生活组织,到提供在不影响组织的情况下空间提取的RNA数据。使用显微操作的研究表明,一部分细胞质RNA可以被检索从一细胞,它可以继续分裂和增殖。这给了希望,这样的过程可以被用作活组织中的成像和空间分析的基础。https://doi.org/10.1016/j.xgen.2021.1000682Cell Genomics1,100068,2021年