帮我按行详细解释这段代码 GTV_indexes = [] GTVs_sum = np.zeros((512,512)) # Find the cuts containning GTV contours minXY = 600 maxXY = -1 for time in times: path = folder+patient+'\\'+str(int(time)) # Find the filenames starting with CT minXY1,maxXY1,GTV_index = findContours(path,isPlot=False) GTV_indexes=np.append(GTV_indexes,GTV_index) if minXY>minXY1: minXY = minXY1 elif maxXY<maxXY1: maxXY = maxXY1 print('minXY={}'.format(minXY),'maxXY={}'.format(maxXY)) GTV_indexes = np.array(GTV_indexes) GTV_indexes = np.unique(GTV_indexes).astype(int) print('Cuts including GTVs: {}'.format(GTV_indexes)) writeToFile(GTV_indexes,folder+patient+'\\GTV_indexs.txt') #将DICOM文件的拍摄时间与呼吸曲线对应 #CT scanning time # 由vxp文件获取开始扫描的时刻 vxpPath = folder+patient+'\\0006863819_20200730_090003.vxp' injectTime = getInjectionTime(vxpPath) print('Initial injection time of CT from vxp file:{}'.format(injectTime)) # 得到GTV cut的扫描时刻 scanTimes = np.ones((len(times),len(cuts))) print('scan time of each phase CT') for i,time in enumerate(times,start=0): for j,cut in enumerate(cuts,start=0): filename = folder+patient+'\\'+str(int(time))+'\\CT.{}'.format(patient)+'.Image {}.dcm'.format(int(cut)) scanTime = getScanTime(filename) scanTimes[i,j] = scanTime scanTimes = scanTimes-scanTimes.min()+injectTime # 画出呼吸曲线,并得到相应的呼吸幅度 amplitudes = getBreathingCurve(vxpPath,scanTimes,isplot=1) writeToFile(scanTimes,folder+patient+'\\scanTimes.txt') writeToFile(amplitudes,folder+patient+'\\amplitudes.txt')
时间: 2023-12-27 14:03:13 浏览: 22
这段代码主要是用于从 DICOM 文件中获取包含特定区域(GTV,Gross Tumor Volume)的 CT 切片,并将这些切片的扫描时间与呼吸曲线对应。
- `GTV_indexes = []`:初始化 GTV 切片索引列表。
- `GTVs_sum = np.zeros((512,512))`:初始化 GTV 切片的像素值之和为零。
- `minXY` 和 `maxXY`:分别初始化为 600 和 -1。它们将被用于记录包含 GTV 轮廓的 CT 切片的最小和最大 XY 坐标。
- `for time in times:`:遍历所有 CT 扫描的时间。
- `path = folder+patient+'\\'+str(int(time))`:构建包含 CT 切片文件的路径。
- `minXY1,maxXY1,GTV_index = findContours(path,isPlot=False)`:在当前 CT 切片中查找包含 GTV 轮廓的切片,并返回该切片的最小和最大 XY 坐标以及切片索引。
- `GTV_indexes=np.append(GTV_indexes,GTV_index)`:将当前 GTV 切片的索引添加到 GTV 切片索引列表中。
- `if minXY>minXY1: minXY = minXY1` 和 `elif maxXY<maxXY1: maxXY = maxXY1`:更新包含 GTV 轮廓的 CT 切片的最小和最大 XY 坐标。
- `GTV_indexes = np.array(GTV_indexes)`:将 GTV 切片索引列表转换为 NumPy 数组。
- `GTV_indexes = np.unique(GTV_indexes).astype(int)`:去重并将 GTV 切片索引转换为整数类型。
- `print('Cuts including GTVs: {}'.format(GTV_indexes))`:输出包含 GTV 轮廓的 CT 切片的索引。
- `writeToFile(GTV_indexes,folder+patient+'\\GTV_indexs.txt')`:将包含 GTV 轮廓的 CT 切片的索引写入文件。
- `vxpPath = folder+patient+'\\0006863819_20200730_090003.vxp'`:构建代表呼吸曲线的 .vxp 文件的路径。
- `injectTime = getInjectionTime(vxpPath)`:从 .vxp 文件中获取 CT 扫描的开始时间。
- `print('Initial injection time of CT from vxp file:{}'.format(injectTime))`:输出 CT 扫描的开始时间。
- `scanTimes = np.ones((len(times),len(cuts)))`:初始化 CT 切片的扫描时间矩阵为 1。
- `for i,time in enumerate(times,start=0):` 和 `for j,cut in enumerate(cuts,start=0):`:遍历所有 CT 扫描的时间和所有 CT 切片。
- `filename = folder+patient+'\\'+str(int(time))+'\\CT.{}'.format(patient)+'.Image {}.dcm'.format(int(cut))`:构建当前 CT 切片文件的路径。
- `scanTime = getScanTime(filename)`:从当前 CT 切片文件中获取扫描时间。
- `scanTimes[i,j] = scanTime`:将当前 CT 切片的扫描时间添加到扫描时间矩阵中。
- `scanTimes = scanTimes-scanTimes.min()+injectTime`:从扫描时间矩阵中减去最小值并加上 CT 扫描的开始时间,以得到每个 CT 切片的扫描时间。
- `amplitudes = getBreathingCurve(vxpPath,scanTimes,isplot=1)`:从 .vxp 文件中获取呼吸曲线,并绘制该曲线。同时,返回相应的呼吸幅度。
- `writeToFile(scanTimes,folder+patient+'\\scanTimes.txt')` 和 `writeToFile(amplitudes,folder+patient+'\\amplitudes.txt')`:将 CT 切片的扫描时间和呼吸幅度分别写入文件。