$UKFpath --numThreads 60 --numTensor 2 --dwiFile DTI_LR_x.nrrd --seedsFile mask.nrrd --maskFile mask.nrrd --tracts UKF2T_x.vtk --seedsPerVoxel 2 --seedingThreshold 0.10 --stoppingFA 0.08 --stoppingThreshold 0.06

这是一个运行UKF Tractography算法的命令，用于分析DTI（Diffusion Tensor Imaging）数据，并生成脑白质纤维束的三维可视化结果。

具体来说，这个命令的参数含义如下：

- `--numThreads 60`：指定使用60个线程来运行算法，以加快计算速度。
- `--numTensor 2`：指定使用二阶张量模型来分析数据。
- `--dwiFile DTI_LR_x.nrrd`：指定DTI数据的文件路径和文件名。
- `--seedsFile mask.nrrd`：指定种子点（即起始点）的文件路径和文件名。
- `--maskFile mask.nrrd`：指定感兴趣区域（即探测区域）的文件路径和文件名。
- `--tracts UKF2T_x.vtk`：指定生成的脑白质纤维束的文件路径和文件名。
- `--seedsPerVoxel 2`：指定每个体素的种子点数量，这里设置为2。
- `--seedingThreshold 0.10`：指定种子点的阈值，用于确定哪些体素中的所有种子点将被用于计算纤维束。
- `--stoppingFA 0.08`：指定FA（Fractional Anisotropy）的阈值，当FA小于该值时，算法将停止生长纤维束。
- `--stoppingThreshold 0.06`：指定阈值，用于控制纤维束的生长速度。

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翻译代码############# new the scripts for alignments ,change format and show the alignments ############ if (($MappingSoft eq "mummer") or ($MappingSoft eq "nucmer")) { #mummer-4.0.0/bin/nucmer --mum --mincluster 500 -t 30 Ref.AAfa RefBB.fa -p OUT #mummer-4.0.0/bin/delta-filter -1 -i 90 -l 2000 OUT.delta > OUT.filter1.delta #mummer-4.0.0/bin/show-coords -c -r OUT.filter1.delta > OUT.filter1.coords if ($MappingPara eq "") {$MappingPara = "--mum --mincluster 500 ";} open (OUTSH,">$OutPrefix.mapping.sh") || die "input file can't open $!"; print OUTSH "$nucmer $MappingPara -t $NumThreads $OutPrefix.A.fa $OutPrefix.B.fa -p $OutPrefix \n"; print OUTSH "$deltaFilter -1 -i 90 -l $MinAlnLen $OutPrefix.delta > $OutPrefix.filter.delta \n"; print OUTSH "$showcoords -c -r $OutPrefix.filter.delta > $OutPrefix.filter.coords\n"; print OUTSH "perl $0 Coords2Link $OutPrefix.filter.coords $MinAlnLen $OutPrefix.link \n"; print OUTSH "$NGenomeSyn -InConf $OutPrefix.conf -OutPut $OutPrefix.svg \n"; close OUTSH; system ("sh $OutPrefix.mapping.sh "); } else { if ($MappingPara eq "") {$MappingPara = " -x asm5 "; } open (OUTSH,">$OutPrefix.mapping.sh") || die "input file can't open $!"; print OUTSH "$minimap2 $MappingPara -t $NumThreads $OutPrefix.B.fa $OutPrefix.A.fa > $OutPrefix.paf \n"; print OUTSH "perl $0 Paf2Link $OutPrefix.paf $MinAlnLen $OutPrefix.link \n"; print OUTSH "$NGenomeSyn -InConf $OutPrefix.conf -OutPut $OutPrefix.svg \n"; close OUTSH ; system ("sh $OutPrefix.mapping.sh "); } print "\tALL done, see the xxx.png . you can optimized drawing by [NGenomeSyn] software\n"; print "\t optimized: [Filter] and [Merge] small syn blocks to big syn block\n\n";

这段代码是一个 Perl 脚本，用于进行基因组比对分析。如果 MappingSoft 变量的值为 "mummer" 或 "nucmer"，则执行以下步骤：调用 mummer-4.0.0/bin/nucmer 命令对两个基因组进行比对，并生成 .delta 文件；使用 mummer-4.0.0/bin/delta-filter 命令对 .delta 文件进行过滤，生成 .filter1.delta 文件；使用 mummer-4.0.0/bin/show-coords 命令对 .filter1.delta 文件进行格式转换，生成 .filter1.coords 文件；将 .filter1.coords 文件作为参数调用脚本本身（$0）并传递参数 Coords2Link、$MinAlnLen、$OutPrefix.link，生成比对结果的可视化图形；最后使用 NGenomeSyn 软件对比对结果进行优化绘图，并输出 .svg 文件。

如果 MappingSoft 变量的值为其他字符串，则执行以下步骤：调用 minimap2 命令对两个基因组进行比对，并生成 .paf 文件；将 .paf 文件作为参数调用脚本本身（$0）并传递参数 Paf2Link、$MinAlnLen、$OutPrefix.link，生成比对结果的可视化图形；最后使用 NGenomeSyn 软件对比对结果进行优化绘图，并输出 .svg 文件。

最后输出提示信息，告知比对分析完成，并生成了对应的可视化图形文件。同时提示用户可以使用 NGenomeSyn 软件对绘图进行优化。

翻译代码 ################### Coords2Link function,mummer out format 2 link ##################### sub Coords2Link { my $coords=shift; my $MinAlnLen=shift; my $syn=shift; open (CS,"$coords") || die "input file can't open $!"; open (OUTSYN,">$syn") || die "input file can't open $!"; <CS>;<CS>;<CS>;<CS>;<CS>; while(<CS>) { chomp ; my @inf=split ; next if ($inf[6]<90); next if ((abs($inf[1]-$inf[0])<$MinAlnLen) && (abs($inf[4]-$inf[3])<$MinAlnLen)); print OUTSYN "$inf[-2]\t$inf[0]\t$inf[1]\t$inf[-1]\t$inf[3]\t$inf[4]\n"; } close OUTSYN; close CS; } if($#ARGV<0) { usage ;exit(1) ; } if (($ARGV[0] eq "Paf2Link") || ($ARGV[0] eq "Paf2Syn" )) { Paf2Link($ARGV[1],$ARGV[2],$ARGV[3]); exit(0); } if (($ARGV[0] eq "Coords2Link") || ($ARGV[0] eq "Coords2Syn") ) { Coords2Link($ARGV[1],$ARGV[2],$ARGV[3]); exit(0); } my $InGenomeA; my $InGenomeB; my $help; my $OutPrefix; my $MinLenA; my $MinLenB; my $BinDir; my $MinAlnLen; my $MappingSoft="mummer"; my $NumThreads=6; my $MappingPara=""; foreach my $k (0..$#ARGV) { if ($ARGV[$k] eq "-MappingPara") { $MappingPara=$ARGV[$k+1]; splice(@ARGV,$k,2); last ; } } GetOptions( "InGenomeA:s"=>\$InGenomeA, "InGenomeB:s"=>\$InGenomeB, "OutPrefix:s"=>\$OutPrefix, "MinLenA:s"=>\$MinLenA, "MinLenB:s"=>\$MinLenB, "BinDir:s"=>\$BinDir, "MinAlnLen:s"=>\$MinAlnLen, "MinAlgLen:s"=>\$MinAlnLen, "MappingBin:s"=>\$MappingSoft, "NumThreads:s"=>\$NumThreads, "help"=>\$help, );

这是一个 Perl 代码，主要是用于将 MUMmer 输出的比对结果转化为链接格式的输出。其中包括两个子程序：Paf2Link 和 Coords2Link。Paf2Link 子程序用于将 PAF 格式的比对结果转化为链接格式的输出，Coords2Link 子程序用于将 coords 格式的比对结果转化为链接格式的输出。该代码还包括一些参数，如 InGenomeA、InGenomeB、OutPrefix、MinLenA、MinLenB、BinDir、MinAlnLen、MappingSoft、NumThreads 等。其中，“-MappingPara”是一个可选参数，用于指定映射参数。代码使用了 GetOptions 函数来处理命令行参数。