print(p) Error in `geom_boxplot()`: ! Problem while computing aesthetics. ℹ Error occurred in the 1st layer. Caused by error in `FUN()`: ! object 'CPM' not found Run `rlang::last_trace()` to see where the error occurred.
时间: 2024-01-24 11:04:58 浏览: 136
这个错误提示表明 `CPM` 变量未被找到。这可能是因为你的数据框中没有名为 `CPM` 的列,或者你没有正确指定列的名称。
在你的代码中,你可能需要将 `log2(CPM+1)` 替换为正确的列名。例如,如果你的数据框中包含名为 `gene_expression` 的列,则应将 `log2(CPM+1)` 替换为 `gene_expression`。你的代码应该类似于:
```r
library(ggplot2)
# 加载数据
data <- read.table("gene_expression.txt", header = TRUE, row.names = 1)
# 绘制箱线图
p <- ggplot(data, aes(x = sample, y = gene_expression)) +
geom_boxplot()
print(p)
```
在这个例子中,我们假设数据框中包含名为 `gene_expression` 的列,它包含基因表达值。我们使用 `aes()` 函数指定 `x` 和 `y` 变量,其中 `y` 变量为 `gene_expression`。最后,我们使用 `geom_boxplot()` 函数添加一个箱线图。
相关问题
Error in `geom_boxplot()`: ! Problem while computing aesthetics. ℹ Error occurred in the 1st layer. Caused by error in `FUN()`: ! object 'gene_expression' not found Run `rlang::last_trace()` to see where the error occurred.
这个错误提示表明 `gene_expression` 变量未被找到。这可能是因为你的数据框中没有名为 `gene_expression` 的列,或者你没有正确指定列的名称。
在你的代码中,你需要将 `gene_expression` 替换为正确的列名。例如,如果你的数据框中包含名为 `log2_CPM` 的列,则应将 `gene_expression` 替换为 `log2_CPM`。你的代码应该类似于:
```r
library(ggplot2)
# 加载数据
data <- read.table("gene_expression.txt", header = TRUE, row.names = 1)
# 绘制箱线图
p <- ggplot(data, aes(x = sample, y = log2_CPM)) +
geom_boxplot()
print(p)
```
在这个例子中,我们假设数据框中包含名为 `log2_CPM` 的列,它包含基因表达值。我们使用 `aes()` 函数指定 `x` 和 `y` 变量,其中 `y` 变量为 `log2_CPM`。最后,我们使用 `geom_boxplot()` 函数添加一个箱线图。
Error in `geom_point()`: ! Problem while computing aesthetics. ℹ Error occurred in the 1st layer. Caused by error in `FUN()`: ! object 'Pvalue' not found Run `rlang::last_trace()` to see where the error occurred.
这个错误是由于在计算绘图时出现了一个问题,具体是在第一层发生的。根据错误信息,可能是由于 'Pvalue' 对象未找到导致的。您可以尝试运行 `rlang::last_trace()` 来查看错误发生的位置。这将显示最近发生的错误跟踪信息,有助于确定问题的具体原因。如果您能提供更多的上下文或代码,我可以尝试给出更准确的解决方案。
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