python 根据文件“Molecular_Descriptor.xlsx”和“ERα_activity.xlsx”提供的数据,针对1974个化合物的729个分子描述符进行变量选择,根据变量对生物活性影响的重要性进行排序,并给出前20个对生物活性最具有显著影响的分子描述符(即变量),并请详细说明分子描述符筛选过程及其合理性。

时间: 2024-03-31 15:35:24 浏览: 25
好的,针对问题1,我们可以使用随机森林算法对分子描述符进行变量选择,并根据变量的重要性进行排序,找出对生物活性影响最显著的前20个分子描述符。 具体步骤如下: 1. 读取“Molecular_Descriptor.xlsx”和“ERα_activity.xlsx”中的数据,将它们合并为一个数据集。 2. 将数据集分为训练集和测试集,可以采取随机划分的方法,比如将数据集的80%作为训练集,20%作为测试集。 3. 对训练集中的分子描述符进行标准化处理,以便它们具有相同的尺度。标准化可以消除不同分子描述符之间的量纲差异,使得它们可以进行比较。可以使用sklearn库中的StandardScaler对训练集进行标准化处理,然后对测试集使用相同的标准化参数进行标准化。 4. 使用随机森林算法训练模型,并评估每个分子描述符的重要性。可以使用sklearn库中的RandomForestRegressor实现随机森林算法。 5. 根据分子描述符的重要性进行排序,并选择排名靠前的20个分子描述符作为变量。具体可以使用sklearn库中的feature_importances_属性获取每个分子描述符的重要性,并使用np.argsort()函数对重要性进行排序。 6. 最后,我们需要对变量选择过程进行评估和优化,以确保选择的变量具有一定的泛化能力和稳定性。可以使用交叉验证等方法评估变量选择的性能,并进行调参等操作。 分子描述符的筛选和排序过程是非常重要的,如果不合理可能会导致模型的预测性能下降。使用随机森林算法进行变量选择的原因是,随机森林算法不仅可以考虑每个分子描述符对生物活性的影响,还可以考虑分子描述符之间的相互作用和非线性关系。因此,随机森林算法可以比较全面地评估每个分子描述符的重要性,并找出对生物活性影响最显著的变量。

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python问题1. 根据文件“Molecular_Descriptor.xlsx”和“ERα_activity.xlsx”提供的数据,针对1974个化合物的729个分子描述符进行变量选择,根据变量对生物活性影响的重要性进行排序,并给出前20个对生物活性最具有显著影响的分子描述符(即变量),并请详细说明分子描述符筛选过程及其合理性。 问题2. 请结合问题1,选择不超过20个分子描述符变量,构建化合物对ERα生物活性的定量预测模型,请叙述建模过程。然后使用构建的预测模型,对文件“ERα_activity.xlsx”的test表中的50个化合物进行IC50值和对应的pIC50值预测,并将结果分别填入“ERα_activity.xlsx”的test表中的IC50_nM列及对应的pIC50列。 问题3. 请利用文件“Molecular_Descriptor.xlsx”提供的729个分子描述符,针对文件“ADMET.xlsx”中提供的1974个化合物的ADMET数据,从五个指标(Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN)中任选2个,分别构建其分类预测模型,并简要叙述建模过程。然后使用所构建的2个分类预测模型,对文件“ADMET.xlsx”的test表中的50个化合物进行相应的预测,并将结果填入“ADMET.xlsx”的test表中对应的Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN列。 问题4(选做). 寻找并阐述化合物的哪些分子描述符,以及这些分子描述符在什么取值或者处于什么取值范围时,能够使化合物对抑制ERα具有更好的生物活性,同时具有更好的ADMET性质(给定的五个ADMET性质中,至少三个性质较好)。

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