jupyter与rdkit环境搭建

要在 Jupyter 中使用 RDKit，需要先安装 RDKit 库和 Jupyter Notebook。

以下是在 Anaconda 环境中搭建 Jupyter 和 RDKit 的步骤：

1. 安装 Anaconda。可以从官方网站下载适合自己操作系统的版本。

2. 创建一个名为 rdkit 的环境：

   conda create -n rdkit python=3.7

3. 激活环境：

   conda activate rdkit

4. 安装 RDKit：

   conda install -c conda-forge rdkit

5. 安装 Jupyter Notebook：

   conda install jupyter

6. 启动 Jupyter Notebook：

   jupyter notebook

7. 在 Jupyter Notebook 中创建一个新的 Notebbok 文件，并导入 RDKit 库：

   from rdkit import Chem

现在你就可以在 Jupyter Notebook 中使用 RDKit 库了。

相关问题

查看jupyter中rdkit中的SDF 文件

您可以使用RDKit库中的函数来读取SDF文件。首先导入RDKit库，然后使用以下代码读取SDF文件:

from rdkit import Chem

# 文件路径
file_path = "/path/to/sdf/file.sdf"

# 读取SDF文件
suppl = Chem.SDMolSupplier(file_path)

# 遍历每个分子
for mol in suppl:
    # 处理每个分子
    pass

请注意，以上代码适用于单个分子的SDF文件。如果您的SDF文件包含多个分子，则可以使用以下代码:

# 文件路径
file_path = "/path/to/sdf/file.sdf"

# 读取SDF文件
suppl = Chem.SDMolSupplier(file_path)

# 遍历每个分子
for i, mol in enumerate(suppl):
    # 处理每个分子
    pass

希望这可以帮助您读取SDF文件。

jupyter notebook安装rdkit

在安装完rdkit后，如果想要在jupyter notebook中使用rdkit，需要进行以下步骤：

1. 打开Anaconda Prompt并激活安装rdkit的环境（例如my-rdkit-env）。
2. 在激活的环境中安装ipykernel，命令为conda install -n my-rdkit-env ipykernel。
3. 在激活的环境中安装jupyter notebook，命令为conda install -n my-rdkit-env jupyter notebook。
4. 在激活的环境中安装notebook扩展，命令为conda install -n my-rdkit-env nb_conda_kernels。
5. 执行jupyter notebook，并在页面中选择kernel为my-rdkit-env。

这样就可以在jupyter notebook中使用rdkit了。