给jupyter notebook添加RDKIT
时间: 2023-12-03 12:04:40 浏览: 229
为了在Jupyter Notebook中使用RDKit,需要进行以下步骤:
1. 安装RDKit:可以使用conda或pip安装。在Anaconda Prompt中输入以下命令:
```
conda install -c conda-forge rdkit
```
2. 安装ipykernel:在Anaconda Prompt中输入以下命令:
```
conda install ipykernel
```
3. 添加RDKit内核:在Anaconda Prompt中输入以下命令:
```
python -m ipykernel install --user --name my-rdkit-env --display-name "Python (RDKit)"
```
其中,my-rdkit-env是你的环境名称,可以根据实际情况进行修改。
4. 启动Jupyter Notebook:在Anaconda Prompt中输入以下命令:
```
jupyter notebook
```
5. 在Jupyter Notebook中选择RDKit内核:在Jupyter Notebook中新建一个Notebook,点击上方菜单栏的Kernel -> Change kernel,选择Python (RDKit)即可。
相关问题
jupyter notebook安装rdkit
在安装完rdkit后,如果想要在jupyter notebook中使用rdkit,需要进行以下步骤:
1. 打开Anaconda Prompt并激活安装rdkit的环境(例如my-rdkit-env)。
2. 在激活的环境中安装ipykernel,命令为conda install -n my-rdkit-env ipykernel。
3. 在激活的环境中安装jupyter notebook,命令为conda install -n my-rdkit-env jupyter notebook。
4. 在激活的环境中安装notebook扩展,命令为conda install -n my-rdkit-env nb_conda_kernels。
5. 执行jupyter notebook,并在页面中选择kernel为my-rdkit-env。
这样就可以在jupyter notebook中使用rdkit了。
改变jupyter Notebook中rdkit的版本
要改变Jupyter Notebook中RDKit的版本,可以按照以下步骤进行操作:
1. 确定当前安装的RDKit版本。在Jupyter Notebook中运行以下代码:
```python
import rdkit
print(rdkit.__version__)
```
2. 卸载当前版本的RDKit。在终端中运行以下命令:
```bash
pip uninstall rdkit
```
3. 安装另一个版本的RDKit。在终端中运行以下命令:
```bash
pip install rdkit==x.x.x
```
将“x.x.x”替换为要安装的RDKit版本号。可以在https://pypi.org/project/rdkit/#history中找到所有可用版本。
4. 重新启动Jupyter Notebook,然后再次运行第1步中的代码,确保已安装所需版本的RDKit。
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