如何在R语言中用shiny库构建交互式应用程序,来预测肿瘤患者的未来2年生存概率和未来存活时间的具体代码和详细解释,要用到time和status
时间: 2024-03-11 16:43:50 浏览: 154
利用R对癌症数据进行生存分析
要用shiny库构建交互式应用程序来预测肿瘤患者的未来2年生存概率和未来存活时间,需要进行以下步骤:
1. 准备数据:需要使用包含时间(time)和事件状态(status)的数据进行生存分析模型的构建和预测。可以使用R中的survival库中的数据集(如lung、colon等)进行演示。
2. 构建生存分析模型:使用survival库中的函数(如coxph、survfit等)构建生存分析模型,其中coxph函数用于构建Cox比例风险模型,survfit函数用于利用构建好的模型进行预测。
3. 创建shiny应用程序:使用shiny库中的函数(如shinyApp、fluidPage、renderPlot、renderTable等)构建交互式应用程序。
下面是具体的代码和解释:
``` r
# 导入所需库
library(survival)
library(shiny)
# 准备数据
data(lung) # 使用survival库中的lung数据集进行演示
lung$status <- ifelse(lung$status == 1, "dead", "alive") # 将事件状态转换为字符型
lung$time <- as.numeric(lung$time) # 将时间转换为数值型
# 构建生存分析模型
fit <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog + wt.loss, data = lung) # 构建Cox比例风险模型
pred <- survfit(fit, newdata = lung, times = seq(0, 60, 1)) # 利用构建好的模型进行预测
# 创建shiny应用程序
ui <- fluidPage(
titlePanel("肺癌患者生存预测"),
sidebarLayout(
sidebarPanel(
sliderInput("age", "患者年龄", min = 30, max = 90, value = 60),
selectInput("sex", "患者性别", choices = c("male", "female")),
sliderInput("ph.ecog", "健康状况", min = 0, max = 4, value = 1),
sliderInput("wt.loss", "体重减轻", min = 0, max = 100, value = 10),
submitButton("预测")
),
mainPanel(
h4("患者生存概率:"),
plotOutput("survplot"),
h4("患者未来存活时间:"),
tableOutput("survtable")
)
)
)
server <- function(input, output) {
output$survplot <- renderPlot({
newdata <- data.frame(age = input$age, sex = input$sex, ph.ecog = input$ph.ecog, wt.loss = input$wt.loss)
pred_new <- survfit(fit, newdata = newdata, times = seq(0, 60, 1))
plot(pred_new, xlab = "时间", ylab = "生存概率")
})
output$survtable <- renderTable({
newdata <- data.frame(age = input$age, sex = input$sex, ph.ecog = input$ph.ecog, wt.loss = input$wt.loss)
pred_new <- predict(fit, newdata = newdata, type = "quantile", p = c(0.5))
data.frame(存活时间 = pred_new[1], 2年生存概率 = pred_new[2])
})
}
shinyApp(ui = ui, server = server)
```
在上述代码中,首先使用`data`函数导入lung数据集,并将事件状态转换为字符型、时间转换为数值型。然后,使用`coxph`函数构建Cox比例风险模型,并使用`survfit`函数利用构建好的模型进行预测。在创建shiny应用程序时,使用`fluidPage`函数创建页面布局,包括标题、边栏、主面板等。在边栏中使用`sliderInput`和`selectInput`函数创建用户输入控件,用于输入患者的年龄、性别、健康状况和体重减轻等信息。在主面板中使用`plotOutput`和`tableOutput`函数创建输出控件,用于显示患者生存概率和未来存活时间的预测值。在`server`函数中,使用`renderPlot`和`renderTable`函数进行输出控件的绑定和更新。具体地,`renderPlot`函数中使用`survfit`函数进行新数据的预测,并使用`plot`函数绘制生存曲线图;`renderTable`函数中使用`predict`函数进行新数据的预测,并返回存活时间和2年生存概率的预测值。最后,使用`shinyApp`函数将页面布局和服务器函数组合成一个交互式应用程序。
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