entrezid转为gene symbol
时间: 2023-11-24 11:05:53 浏览: 339
Entrez Gene Parser in Perl-开源
以下是使用R语言中的biomaRt包将entrezid转化为gene symbol的例子:
```R
# 安装和加载biomaRt包
install.packages("biomaRt")
library(biomaRt)
# 选择要查询的数据库和数据集
ensembl = useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
# 输入entrezid
entrezid = c("1017", "1018", "1019")
# 使用getBM函数将entrezid转化为gene symbol
gene_symbol = getBM(attributes = c("entrezgene_id", "hgnc_symbol"),
filters = "entrezgene_id",
values = entrezid,
mart = ensembl)
# 输出结果
gene_symbol
```
输出结果为:
```
entrezgene_id hgnc_symbol
1 1017 CDK2
2 1018 CDK3
3 1019 CDK4
```
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