iplink_bond.c:924: 错误:初始值设定项里有未知的字段‘show’ iplink_bond.c:924: 警告:初始值设定周围缺少花括号 iplink_bond.c:924: 警告:(在‘ipstats_stat_desc_xstats_bond_lacp.desc.<anonymous>’的初始化附近) iplink_bond.c:924: 警告:从不兼容的指针类型初始化 iplink_bond.c:924: 错误:初始值设定项里有未知的字段‘pack’ iplink_bond.c:924: 警告:结构初始值设定项中有多余元素 iplink_bond.c:924: 警告:(在‘ipstats_stat_desc_xstats_bond_lacp.desc’的初始化附近) iplink_bond.c:940: 错误:初始值设定项里有未知的字段‘subs’ iplink_bond.c:940: 警告:初始值设定周围缺少花括号

时间: 2024-04-07 08:31:55 浏览: 22
这段错误信息提示了在iplink_bond.c文件的第924行和第940行存在语法错误。 第一条错误提示在结构体初始化中有未知的字段“show”,第二条警告提示初始值设定周围缺少花括号。这可能是因为结构体定义中没有名为“show”的成员,或者该结构体成员的类型与初始化器提供的值不匹配。 第三条警告提示从不兼容的指针类型初始化,这可能是因为初始化器中的指针类型与结构体定义中的类型不匹配。 第四条错误提示在结构体初始化中有未知的字段“pack”,第五条警告提示结构体初始值设定项中有多余元素。这也可能是因为结构体定义中没有名为“pack”的成员,或者该结构体成员的类型与初始化器提供的值不匹配。 最后一条错误提示在结构体初始化中有未知的字段“subs”,这可能是因为结构体定义中没有名为“subs”的成员,或者该结构体成员的类型与初始化器提供的值不匹配。
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Traceback (most recent call last): File "c_bond.py", line 19, in <module> m5_new = create_supercell_bond_pattern(m5) File "c_bond.py", line 15, in create_supercell_bond_pattern analysis.BondValenceModel.rebond(mol333, ignore_pbc=True) AttributeError: type object 'builtins.BondValenceModel' has no attribute 'rebond'

这个错误是因为 `BondValenceModel` 中的 `rebond` 方法已经被弃用了。可以改用 `BondDetector` 中的 `detect_bonds` 方法来创建键。下面是修改后的代码: ``` from spdkit import Molecule, analysis from spdkit.geometry import Symmetry import numpy as np def create_supercell_bond_pattern(mol: Molecule, supercell_size=(3,3,3)): # keep only C atoms remove = [] for (i, a) in mol.atoms(): if a.symbol != "C": remove.append(i) mol.remove_atoms(remove) # create a supercell mol_supercell = mol.supercell(*supercell_size) # create bonds using bond detector with kmeans clustering bd = analysis.BondDetector(mol_supercell) bd.detect_bonds() # use symmetry to reduce the size of the cell symm = Symmetry(mol_supercell) mol_symm = symm.reduce_cell() # center the molecule in the cell center = np.array([0.5, 0.5, 0.5]) mol_symm.translate(center - mol_symm.center_of_mass()) return mol_symm m5 = Molecule.from_file("Fe32C9/05_1/POSCAR") m5_new = create_supercell_bond_pattern(m5) ``` 这里我修改了以下几点: 1. 使用 `BondDetector` 中的 `detect_bonds` 方法来创建键,而不是使用 `BondValenceModel` 中的 `rebond` 方法。 2. 在创建键之前不需要删除铁原子。因为 `BondDetector` 会自动忽略非碳原子之间的键。 3. 保留了 `supercell_size` 参数。 4. 添加了对称性处理和分子中心移动的代码,与之前的代码相同。

java.lang.runtimeexception:invalid bond statement(not found)

这个错误是运行时异常,通常是由于编程错误导致的。它表明在代码中出现了一个无效的绑定语句。绑定语句通常用于将变量与特定的值或对象进行关联。要解决这个错误,你需要检查代码中的绑定语句是否正确,并确保所有变量都已经正确地绑定到相应的值或对象。如果你能提供更多的代码或错误信息,我可以帮助你更具体地解决这个问题。

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import argparse import numpy as np from openeye import oechem def clear_stereochemistry(mol): clear_atom_stereochemistry(mol) clear_bond_sterochemistry(mol) oechem.OESuppressHydrogens(mol, False, False, False) def clear_atom_stereochemistry(mol): for atom in mol.GetAtoms(): chiral = atom.IsChiral() stereo = oechem.OEAtomStereo_Undefined v = [] for nbr in atom.GetAtoms(): v.append(nbr) if atom.HasStereoSpecified(oechem.OEAtomStereo_Tetrahedral): stereo = atom.GetStereo(v, oechem.OEAtomStereo_Tetrahedral) if chiral or stereo != oechem.OEAtomStereo_Undefined: atom.SetStereo(v, oechem.OEAtomStereo_Tetrahedral, oechem.OEAtomStereo_Undefined) def clear_bond_sterochemistry(mol): for bond in mol.GetBonds(): if bond.HasStereoSpecified(oechem.OEBondStereo_CisTrans): for atomB in bond.GetBgn().GetAtoms(): if atomB == bond.GetEnd(): continue for atomE in bond.GetEnd().GetAtoms(): if atomE == bond.GetBgn(): continue v = [] v.append(atomB) v.append(atomE) stereo = bond.SetStereo(v, oechem.OEBondStereo_CisTrans, oechem.OEBondStereo_Undefined) def abs_smi(x): mol = oechem.OEGraphMol() if oechem.OESmilesToMol(mol, x): clear_stereochemistry(mol) return oechem.OEMolToSmiles(mol) else: return np.nan if __name__ == '__main__': parser = argparse.ArgumentParser(description="Remove stereochemistry from the input data set.") parser.add_argument("--in",dest="infile",help="whitespace-delimited input file",metavar="in.csv") parser.add_argument("--out", dest="outfile", help="output file", metavar="out.csv") args = parser.parse_args() n=0 with open(args.infile, 'r') as ifs: with open(args.outfile, 'w') as ofs: for line in ifs: if n==0: ofs.write(line) n=1 else: parsed = line.strip().split(',') if ('.' not in parsed[0]): ofs.write(f"{abs_smi(parsed[0])},{parsed[1]}\n")

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