def process_protein_data(protein_data, max_len): # 定义氨基酸字典 amino_acids = 'ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY' aa_dict = {} for i, aa in enumerate(amino_acids): aa_dict[aa] = i + 1 # 将氨基酸序列转换为数字序列 protein_data = [[aa_dict[aa] for aa in seq] for seq in protein_data] # 对序列进行截断/填充 protein_data = pad_sequence([torch.tensor(seq) for seq in protein_data], batch_first=True, padding_value=0)[max_len] # 对序列进行标准化 scaler = StandardScaler() protein_data = scaler.fit_transform(protein_data) protein_data = torch.tensor(protein_data, dtype=torch.float32) return protein_data给我举数据例子,解释上面这段代码
时间: 2023-11-22 19:55:40 浏览: 195
假设我们有一个氨基酸序列的数据集,其中每个序列都是字符串形式,如下:
```
['AGCTYFLKDSWRNMQE', 'MNKGVFLACDQPEWRY', 'YFGRNMTDWKVLESCA']
```
这个函数 `process_protein_data` 的作用是将每个氨基酸序列转换为数字序列,并且进行截断/填充、标准化等操作,最终返回一个处理好的张量。
下面是代码的解释:
- `amino_acids = 'ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'`:定义了氨基酸字典,即每个氨基酸对应的数字序号。
- `aa_dict = {}`:创建一个空字典,用于存储氨基酸对应的数字序号。
- `for i, aa in enumerate(amino_acids):`:遍历氨基酸字典,将每个氨基酸对应的数字序号存储到字典中。
- `protein_data = [[aa_dict[aa] for aa in seq] for seq in protein_data]`:将氨基酸序列转换为数字序列。这里使用了列表推导式,遍历每个氨基酸序列,将其中每个氨基酸根据字典转换为对应的数字,最终得到一个数字序列的列表。
- `protein_data = pad_sequence([torch.tensor(seq) for seq in protein_data], batch_first=True, padding_value=0)[max_len]`:对序列进行截断/填充。`pad_sequence` 函数将一个序列列表转换为一个填充后的张量,其中 `batch_first=True` 表示第一个维度是批次数,`padding_value=0` 表示用 0 进行填充。`[max_len]` 表示只保留前 `max_len` 个氨基酸,如果不足 `max_len`,则进行填充。
- `scaler = StandardScaler()`:创建一个标准化对象。
- `protein_data = scaler.fit_transform(protein_data)`:对序列进行标准化处理,即将数据按照均值为 0,方差为 1 进行缩放。
- `protein_data = torch.tensor(protein_data, dtype=torch.float32)`:将处理好的序列数据转换为张量,并且指定数据类型为 `float32`。
- `return protein_data`:返回处理好的张量。
举个例子,如果 `max_len` 为 10,那么对于第一个氨基酸序列 `'AGCTYFLKDSWRNMQE'`,它将被转换为数字序列 `[1, 3, 4, 20, 17, 13, 11, 10, 16, 14, 18, 12, 15, 5, 2, 6]`,然后截取前 10 个数字并进行填充,得到长度为 10 的数字序列 `[1, 3, 4, 20, 17, 13, 11, 10, 16, 14]`,最后进行标准化处理得到一个张量。
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