def CF_find_alpha(seq): """Find all likely alpha helices in sequence. Returns a list of [start,end] pairs for the alpha helices.""" start = 0 results = [],修改这个脚本
时间: 2023-06-17 21:06:32 浏览: 41
def CF_find_alpha(seq):
"""Find all likely alpha helices in sequence. Returns a list of [start, end] pairs for the alpha helices."""
start = 0
results = []
for i in range(len(seq)-3):
# check if the 4 amino acids form a helix
if seq[i:i+4] == "AAAA" or seq[i:i+4] == "EEEE":
# extend helix until it breaks
j = i+4
while j < len(seq)-3 and seq[j:j+4] in ["AAAA", "EEEE"]:
j += 4
# save helix if it's long enough
if j-i >= 12:
results.append([i+1, j])
return results
# 修改的部分是在原来的基础上添加了一个循环,判断每个四个氨基酸片段是否为 alpha 螺旋,并且判断是否连续,达到12个以上,并将结果存入 results 列表中。
相关问题
def CF_find_alpha(seq): """Find all likely alpha helices in sequence. Returns a list of [start,end] pairs for the alpha helices.""" start = 0 results = [] # Try each window while (start + 6 < len(seq)): # Count the number of "good" amino acids (those likely to be # in an alpha helix). numgood = 0 for i in range(start, start+6): if (Pa[seq[i]] > 100): numgood = numgood + 1 if (numgood >= 4): [estart,end] = CF_extend_alpha(seq, start, start+6) #print "Exploring potential alpha " + str(estart) + ":" + str(end) #if (CF_good_alpha(seq[estart:end])): if [estart,end] not in results: results.append([estart,end]) # Go on to the next frame start = start + 1 # That's it, we're done return results修改这个脚本
这这是这是一个这是一个函数这是一个函数,这是一个函数,名这是一个函数,名为这是一个函数,名为CF这是一个函数,名为CF_find这是一个函数,名为CF_find_alpha这是一个函数,名为CF_find_alpha,这是一个函数,名为CF_find_alpha,用这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用列表这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用列表变这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用列表变量这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用列表变量results这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用列表变量results存这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用列表变量results存储这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用列表变量results存储α这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用列表变量results存储α-这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用列表变量results存储α-螺这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用列表变量results存储α-螺旋这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用列表变量results存储α-螺旋结这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用列表变量results存储α-螺旋结构这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用列表变量results存储α-螺旋结构的这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用列表变量results存储α-螺旋结构的起这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用列表变量results存储α-螺旋结构的起点这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用列表变量results存储α-螺旋结构的起点和这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用列表变量results存储α-螺旋结构的起点和终这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用列表变量results存储α-螺旋结构的起点和终点这是一个函数,名为CF_find_alpha,用于在一个蛋白质序列中寻找可能的α-螺旋结构,并返回它们的起点和终点,返回结果为一个列表变量。函数的主体部分包含起点start的初始化和使用列表变量results存储α-螺旋结构的起点和终点。
class Dog6: def __init__(self, initial_name): self._name = initial_name def get_self(self): return self def __str__(self): # # Implement this! # return __ def __repr__(self): return "<Dog named '" + self._name + "'>" def test_inside_a_method_self_refers_to_the_containing_object(self): fido = self.Dog6("Fido") self.assertEqual(__, fido.get_self()) # Not a string! def test_str_provides_a_string_version_of_the_object(self): fido = self.Dog6("Fido") self.assertEqual("Fido", str(fido)) def test_str_is_used_explicitly_in_string_interpolation(self): fido = self.Dog6("Fido") self.assertEqual(__, "My dog is " + str(fido)) def test_repr_provides_a_more_complete_string_version(self): fido = self.Dog6("Fido") self.assertEqual(__, repr(fido)) def test_all_objects_support_str_and_repr(self): seq = [1, 2, 3] self.assertEqual(__, str(seq)) self.assertEqual(__, repr(seq)) self.assertEqual(__, str("STRING")) self.assertEqual(__, repr("STRING"))
Here is the completed code with the missing parts:
```
class Dog6:
def __init__(self, initial_name):
self._name = initial_name
def get_self(self):
return self
def __str__(self):
return self._name
def __repr__(self):
return "<Dog named '" + self._name + "'>"
def test_inside_a_method_self_refers_to_the_containing_object(self):
fido = Dog6("Fido")
self.assertEqual(fido, fido.get_self()) # Not a string!
def test_str_provides_a_string_version_of_the_object(self):
fido = Dog6("Fido")
self.assertEqual("Fido", str(fido))
def test_str_is_used_explicitly_in_string_interpolation(self):
fido = Dog6("Fido")
self.assertEqual("My dog is Fido", "My dog is " + str(fido))
def test_repr_provides_a_more_complete_string_version(self):
fido = Dog6("Fido")
self.assertEqual("<Dog named 'Fido'>", repr(fido))
def test_all_objects_support_str_and_repr(self):
seq = [1, 2, 3]
self.assertEqual("[1, 2, 3]", str(seq))
self.assertEqual("[1, 2, 3]", repr(seq))
self.assertEqual("STRING", str("STRING"))
self.assertEqual("'STRING'", repr("STRING"))
```
Note that in `test_str_is_used_explicitly_in_string_interpolation`, the expected output is `"My dog is Fido"` instead of `"My dog is <Dog named 'Fido'>"` because the `+` operator implicitly calls `str` on the object being concatenated.