Progressive alignment 1/
时间: 2023-09-23 15:11:18 浏览: 47
这是一种序列比对的算法中的步骤,被称为“渐进式比对”(Progressive Alignment)。在这个步骤中,算法通过逐步添加序列来构建一个树形结构,树的叶子节点是输入序列。这个过程中,每次添加一个新的序列时,算法会选择一个最匹配的已有序列进行比对,并将其添加到树中。然后,这两个序列会被合并成一个新的序列,作为下一轮比对的输入。这个过程会一直重复,直到所有序列都被比对完毕,并且树的根节点就是所有序列的全局比对结果。
相关问题
Progressive alignment 1/2... STEP 801 / 1552 f Reallocating..done. *alloclen = 32159 STEP 901 / 1552 h
这似乎是一个程序运行时的输出,具体内容需要根据上下文来解释。但是我可以简单地解释一下Progressive Alignment的概念。
Progressive Alignment是一种用于比对多个序列的算法。它基于分治的思想,先将所有序列两两比对,得到一系列分数,再将分数进行聚类,并将聚类后的序列进行比对。这个过程不断迭代,直到所有序列比对完成。这样做的好处是可以避免全局比对时的计算量过大,同时可以更好地处理序列间的差异。
nthread = 0 nthreadpair = 0 nthreadtb = 0 ppenalty_ex = 0 stacksize: 8192 kb generating a scoring matrix for nucleotide (dist=200) ... done Gap Penalty = -1.53, +0.00, +0.00 Making a distance matrix .. There are 2627 ambiguous characters. 1501 / 1553 done. Constructing a UPGMA tree (efffree=0) ... 1550 / 1553 done. Progressive alignment 1/2... STEP 801 / 1552 f Reallocating..done. *alloclen = 32159 STEP 1001 / 1552 f
这段输出看起来是一个程序在运行时输出的信息。根据输出内容可以看出,程序正在进行一系列操作,包括生成核苷酸的评分矩阵(即计算不同核苷酸之间的匹配得分)、构建UPGMA(Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean)树、以及进行渐进比对(Progressive Alignment)等步骤。
其中,生成评分矩阵是进行序列比对的基础,UPGMA树则是用来构建序列之间的进化关系,而渐进比对是一种常用的序列比对算法,可以有效地处理多个序列之间的差异。具体的参数和运行过程需要根据程序的具体实现来解释。