有16S rDNA测序的OTU的绝对序列数据，要如何用R计算出阿尔法多样性指数，请用代码计算Shannon指数、Simpson指数、chao指数、ace指数、PD_whole_tree指数，并将其导出为cvs格式的excel表格。

首先，需要将OTU的绝对序列数据转换为相对丰度。假设OTU数据保存在一个名为"otu_table.txt"的文件中，可以使用以下代码进行转换：

library(vegan)

# 读取OTU数据
otu_table <- read.table("otu_table.txt", header = TRUE, row.names = 1)

# 计算相对丰度
otu_relab <- decostand(otu_table, "total", na.rm = TRUE)

# 将结果保存为csv文件
write.csv(otu_relab, "otu_relab.csv")

接下来，可以使用"vegan"包中的函数计算多样性指数。以下是计算Shannon指数、Simpson指数、chao指数、ace指数、PD_whole_tree指数的代码：

# 读取相对丰度数据
otu_relab <- read.table("otu_relab.csv", header = TRUE, row.names = 1)

# 计算Shannon指数
shannon <- diversity(otu_relab, index = "shannon")

# 计算Simpson指数
simpson <- diversity(otu_relab, index = "simpson")

# 计算chao指数
chao <- estimateR(otu_table, method="chao")

# 计算ace指数
ace <- estimateR(otu_table, method="ace")

# 计算PD_whole_tree指数
pd <- pd(otu_table)

# 将结果保存为csv文件
diversity_table <- data.frame(shannon, simpson, chao, ace, pd)
write.csv(diversity_table, "diversity_table.csv")

以上代码将计算出的多样性指数保存在一个名为"diversity_table.csv"的文件中，可以使用Excel等软件打开。