解释这段代码:similarity_matrix_1 = pdist(data1);
时间: 2023-06-27 13:05:44 浏览: 219
这段代码使用了Python中的scipy库中的pdist函数,用于计算一个矩阵中每两个向量之间的距离。具体来说,这里的data1是一个矩阵,其中每一行表示一个向量,pdist函数会计算出data1中每两个向量之间的距离,并将这些距离存储在一个向量中,即similarity_matrix_1。这里的距离指的是向量之间的欧几里得距离,也可以根据需要使用其他距离度量方式。
相关问题
解释% 以下是生成多个视图的数据,共有3个数据集,每个数据集有2个特征data1 = [rand(5,1), rand(5,1); rand(5,1), rand(5,1)];data2 = [rand(5,1), rand(5,1); rand(5,1), rand(5,1)];data3 = [rand(5,1), rand(5,1); rand(5,1), rand(5,1)];% 以下是计算每个数据集的相似度矩阵similarity_matrix_1 = pdist(data1);similarity_matrix_2 = pdist(data2);similarity_matrix_3 = pdist(data3);% 以下是计算每个相似度矩阵的权重矩阵W1 = squareform(similarity_matrix_1);W1(W1 < median(W1(:))) = 0;W1(W1 > 0) = 1;W2 = squareform(similarity_matrix_2);W2(W2 < median(W2(:))) = 0;W2(W2 > 0) = 1;W3 = squareform(similarity_matrix_3);W3(W3 < median(W3(:))) = 0;W3(W3 > 0) = 1;% 以下是合并权重矩阵W = zeros(size(W1,1), size(W1,2), 3);W(:,:,1) = W1;W(:,:,2) = W2;W(:,:,3) = W3;% 以下是计算Laplacian矩阵L = zeros(size(W1,1), size(W1,2), 3);for i = 1:3 D = diag(sum(W(:,:,i),2)); L(:,:,i) = D - W(:,:,i);end% 以下是计算多视图相似度矩阵S = zeros(size(W1,1), size(W1,2), 3);for i = 1:3 S(:,:,i) = inv(eye(size(W1,1)) + L(:,:,i));end% 以下是计算多视图相似度矩阵的加权平均S_mean = mean(S,3);% 以下是对多视图相似度矩阵进行谱聚类[U,~] = eigs(S_mean,2,'LM');idx = kmeans(U,2);% 以下是绘制聚类结果figure;scatter(data1(:,1),data1(:,2),[],idx(1:5),'filled');hold on;scatter(data1(:,1),data1(:,2),[],idx(6:10),'filled');scatter(data2(:,1),data2(:,2),[],idx(11:15),'filled');scatter(data2(:,1),data2(:,2),[],idx(16:20),'filled');scatter(data3(:,1),data3(:,2),[],idx(21:25),'filled');scatter(data3(:,1),data3(:,2),[],idx(26:30),'filled');title('Multi-view Spectral Clustering');
这段代码实现了基于多视图相似度矩阵的谱聚类算法。首先,生成了三个数据集,每个数据集有两个特征。然后,分别计算了每个数据集的相似度矩阵,并根据中位数对相似度矩阵进行了二值化处理,得到了三个权重矩阵。接着,将三个权重矩阵合并成一个三维数组,计算出每个数据集的Laplacian矩阵,并通过多视图相似度矩阵的加权平均得到一个总的多视图相似度矩阵。最后,对多视图相似度矩阵进行谱聚类,并将聚类结果可视化。
代码:# 随机生成数据集 X, y = make_classification(n_samples=100, n_features=10, n_classes=3, n_clusters_per_class=1, random_state=42) # 构建图 G = nx.complete_graph(len(X)) # 计算相似度 similarity_matrix = np.zeros((len(X), len(X))) for i in range(len(X)): for j in range(len(X)): if i != j: similarity_matrix[i][j] = np.dot(X[i], X[j]) / (np.linalg.norm(X[i]) * np.linalg.norm(X[j])) # 图坍缩 for i in range(len(X)): neighbors = sorted(G.neighbors(i), key=lambda x: similarity_matrix[i][x], reverse=True) for j in neighbors: if i != j: G = nx.contracted_edge(G, (i, j)) 报错:KeyError: 1 The above exception was the direct cause of the following exception: Traceback (most recent call last): File "E:/403/myworld/GraphNet.py", line 23, in <module> neighbors = sorted(G.neighbors(i), key=lambda x: similarity_matrix[i][x], reverse=True) File "D:\code\myworld\lib\site-packages\networkx\classes\graph.py", line 1356, in neighbors raise NetworkXError(f"The node {n} is not in the graph.") from err networkx.exception.NetworkXError: The node 1 is not in the graph. 进程已结束,退出代码1 如何修改
这个错误可能是因为你的图 `G` 中没有节点 `1`。建议在计算相似度矩阵时,将对角线上的元素设置为0,以避免出现自环。另外,你也可以尝试在使用 `sorted` 函数前,先检查一下节点 `i` 是否存在于图中,例如:
```python
for i in range(len(X)):
if not G.has_node(i):
continue
neighbors = sorted(G.neighbors(i), key=lambda x: similarity_matrix[i][x], reverse=True)
for j in neighbors:
if i != j and G.has_node(j):
G = nx.contracted_edge(G, (i, j))
```
这里我们增加了 `if not G.has_node(i): continue` 和 `if i != j and G.has_node(j):` 条件语句,以确保只有存在于图中的节点才会被处理。
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