写一个linux系统排队执行vasp计算任务的shell脚本
时间: 2023-06-27 22:02:34 浏览: 413
以下是一个简单的Linux系统排队执行VASP计算任务的Shell脚本:
```bash
#!/bin/bash
# 定义VASP计算程序路径和输入文件名
VASP_PATH=/path/to/vasp
INPUT_FILE=INCAR
# 定义任务目录和任务列表文件名
TASK_DIR=/path/to/tasks
TASK_LIST=tasks.txt
# 定义并创建结果目录
RESULT_DIR=/path/to/results
mkdir -p $RESULT_DIR
# 循环处理任务列表中的任务
while read -r task; do
# 进入任务目录
cd $TASK_DIR/$task
# 判断是否存在输入文件
if [ ! -f $INPUT_FILE ]; then
echo "Error: $INPUT_FILE not found in $TASK_DIR/$task"
continue
fi
# 判断是否已经执行过该任务
if [ -f $RESULT_DIR/$task.out ]; then
echo "Warning: $task already executed, skipping"
continue
fi
# 执行VASP计算程序
echo "Starting calculation for $task"
$VASP_PATH > $RESULT_DIR/$task.out
# 判断计算是否成功
if [ $? -eq 0 ]; then
echo "Calculation for $task successful"
else
echo "Error: Calculation for $task failed"
fi
done < $TASK_LIST
```
以上Shell脚本首先定义了VASP计算程序路径和输入文件名,然后定义任务目录和任务列表文件名,以及结果目录。接下来,它循环遍历任务列表中的任务,并进入任务目录进行计算。在计算之前,它会检查输入文件是否存在,并且检查结果目录中是否已经存在该任务的输出文件。如果计算成功,它将输出"Calculation for $task successful",否则输出"Error: Calculation for $task failed"。最终,它将任务的输出保存到结果目录中。
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