sys.argv[1]提取文件路径
时间: 2023-05-04 07:06:15 浏览: 226
sys.argv[1]是Python中的一个命令行参数,用于从命令行中获取参数。在该命令行参数中,[1]的位置表示获取的参数的索引值,即获取命令行参数的第一个值。
以提取文件路径为例,可以在命令行中输入以下语句:
python filename.py path/to/file.txt
其中,filename.py为Python代码文件名,path/to/file.txt为要提取文件路径的文件名以及文件路径。
在Python代码中,使用sys.argv[1]即可获取文件路径,代码如下:
import sys
filepath = sys.argv[1]
print("文件路径:", filepath)
在命令行中运行该Python代码,即可输出文件路径。这样,我们就可以通过sys.argv[1]提取文件路径,在Python代码中方便地使用它进行后续操作。
相关问题
写一个python脚本,利用sys、pysam,输入txt文件和snoRNA的bed文件,按照snoRNA的位置在人类基因组文件hg38.fa中,提取txt文件中第一列——RNA基因的上游50bp序列,考虑正负链,输出fasta文件,格式为>RNA名称:
好的,这里是一个可以实现你要求的 Python 脚本:
```python
import os
import sys
import pysam
# 读取命令行参数
txt_file = sys.argv[1]
bed_file = sys.argv[2]
fa_file = sys.argv[3]
output_dir = sys.argv[4]
# 创建输出目录
os.makedirs(output_dir, exist_ok=True)
# 读取 snoRNA 的位置信息
bed = pysam.TabixFile(bed_file)
snoRNAs = {}
for line in bed:
cols = line.strip().split("\t")
chrom = cols[0]
start = int(cols[1])
end = int(cols[2])
strand = cols[5]
snoRNAs[(chrom, start, end, strand)] = True
# 提取上游序列并输出为 fasta 文件
with pysam.FastaFile(fa_file) as fa:
with open(txt_file) as txt:
for line in txt:
cols = line.strip().split("\t")
rna_name = cols[0]
chrom = cols[1]
pos = int(cols[2])
strand = cols[3]
if strand == "+":
start = pos - 50
end = pos - 1
else:
start = pos + 1
end = pos + 50
if (chrom, start, end, strand) in snoRNAs:
seq = fa.fetch(chrom, start, end)
output_file = os.path.join(output_dir, "{}.fa".format(rna_name))
with open(output_file, "w") as out:
out.write(">{}:\n".format(rna_name))
out.write(seq + "\n")
```
这个脚本和之前的脚本基本相同,主要的区别在于输出文件的命名方式。这里使用 `os.path.join` 函数将输出目录和文件名组合成完整的路径,然后将 RNA 名称作为 FASTA 文件中的注释行。注意,由于 RNA 名称中可能包含一些不能用于文件名的字符(比如空格),因此最好先对 RNA 名称进行一些处理,比如将空格替换为下划线或者删掉空格。
写一个python脚本,利用sys、pysam,输入一个txt文件和snoRNA的bed文件,按照snoRNA的位置在人类基因组文件hg38.fa中,提取txt文件中第一列——RNA基因的上游50bp序列,考虑正负链,输出fasta文件,格式为>RNA名称:
好的,以下是一个修改版的Python脚本,可以将输出的FASTA文件名格式改为`>RNA名称:`:
```python
import os
import sys
import pysam
# 读取命令行参数
txt_file = sys.argv[1]
bed_file = sys.argv[2]
fa_file = sys.argv[3]
output_dir = sys.argv[4]
# 确保输出目录存在
if not os.path.exists(output_dir):
os.makedirs(output_dir)
# 读取snoRNA位置信息
bed = pysam.TabixFile(bed_file)
snoRNAs = {}
for line in bed:
cols = line.split("\t")
chrom = cols[0]
start = int(cols[1])
end = int(cols[2])
strand = cols[5]
snoRNAs[(chrom, start, end, strand)] = True
# 提取上游序列
with pysam.FastaFile(fa_file) as fa:
with open(txt_file) as txt:
for line in txt:
cols = line.strip().split("\t")
rna_name = cols[0]
chrom = cols[1]
pos = int(cols[2])
strand = cols[3]
if strand == "+":
start = pos - 50
end = pos - 1
else:
start = pos + 1
end = pos + 50
if (chrom, start, end, strand) in snoRNAs:
seq = fa.fetch(chrom, start, end)
output_file = os.path.join(output_dir, "{}.fa".format(rna_name))
with open(output_file, "w") as out:
out.write(">{}:\n".format(rna_name))
out.write(seq + "\n")
```
这个脚本和之前的脚本基本相同,主要的区别在于输出文件的命名方式。这里使用`os.path.join`函数将输出目录和文件名组合成完整的路径,然后将RNA名称作为FASTA文件中的注释行。注意,由于RNA名称中可能包含一些不能用于文件名的字符(比如空格),因此最好先对RNA名称进行一些处理,比如将空格替换为下划线。