awk '/^>/{s=++d".fa"} {print > s}' JN_2023_subseq.fa,完善一下这行代码,要求输出的结果保存到/home/DuYD/0531list1/JN_2023/这里,同时文件以序列号命名
时间: 2023-12-07 20:02:15 浏览: 67
好的,根据您的要求,完善后的代码如下:
```
awk '/^>/{s="/home/DuYD/0531list1/JN_2023/"++d".fa"} {print > s}' JN_2023_subseq.fa
```
这行代码会将 JN_2023_subseq.fa 中以 '>' 开头的行作为分隔符,将每个序列保存到一个以序列号命名的文件中,并将这些文件保存到 /home/DuYD/0531list1/JN_2023/ 目录下。
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awk '/^>/{s=++d".fa"} {print > s}' JN_2023_subseq.fa,完善一下这行代码,要求输出的结果保存到/home/DuYD/0531list1/JN_2023/这里
好的,根据您的要求,完善后的代码如下:
```
awk '/^>/{s="/home/DuYD/0531list1/JN_2023/"++d".fa"} {print > s}' JN_2023_subseq.fa
```
这行代码会将 JN_2023_subseq.fa 中以 '>' 开头的行作为分隔符,将每个序列保存到一个以序列号命名的文件中,并将这些文件保存到 /home/DuYD/0531list1/JN_2023/ 目录下。
(base) [DuYD@node01 seqtk_fasta]$ awk '/^>/{s="/home/DuYD/0531list1/JN_2023/"substr($0,2) ".fa"} {print > s}' /home/DuYD/seqtk_fasta/JN_2023_subseq.fa awk: fatal: cannot open file `/home/DuYD/seqtk_fasta/JN_2023_subseq.fa' for reading (No such file or directory)怎么回事
这个错误提示说明你无法打开文件`/home/DuYD/seqtk_fasta/JN_2023_subseq.fa`,很可能是因为该文件不存在或者文件路径不正确。你在运行`awk`命令时指定了输出文件的路径为`/home/DuYD/0531list1/JN_2023/`,请先检查该路径下是否存在`JN_2023_subseq.fa`这个文件,或者检查文件路径是否正确。
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