编写一个Python函数,使得给定一个DNA序列,该函数可检测该序列中是否存在大小为k的重复子序列(其中k应作为参数传递给函数)。结果是一个字典,以子序列作为键,以它们的频率作为值。
时间: 2024-10-07 15:08:29 浏览: 28
Python针对给定字符串求解所有子序列是否为回文序列的方法
你可以编写一个名为`find_k_length_repeated_sequences`的函数,使用滑动窗口的概念来解决这个问题。这里是一个简单的Python函数实现:
```python
def find_k_length_repeated_sequences(dna_sequence, k):
if len(dna_sequence) < k:
return {}
sequence_dict = {}
window = dna_sequence[:k]
for i in range(len(dna_sequence) - k + 1):
if dna_sequence[i:i+k] == window:
if window in sequence_dict:
sequence_dict[window] += 1
else:
sequence_dict[window] = 1
else:
# 如果窗口变化,移除旧的窗口并添加新的
if window in sequence_dict:
sequence_dict.pop(window)
window = dna_sequence[i:i+k]
return sequence_dict
# 示例用法
dna_seq = "ATCGTAGTCGTAC"
k = 4
result = find_k_length_repeated_sequences(dna_seq, k)
print(result)
```
这个函数首先检查输入的DNA序列是否足够长以包含长度为k的子序列。然后,它遍历整个序列,每次移动一个大小为k的窗口,并检查窗口内的子序列是否与当前窗口匹配。如果匹配,就更新字典中的计数;如果不匹配,则删除旧的窗口并在下一个位置开始。
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