R语言基因名转id

可以使用biomaRt包来进行基因名转id的操作。以下是一个示例代码：

library(biomaRt)

# 连接ENSEMBL数据库
ensembl <- useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")

# 设定基因名和id的类型
gene_name_type <- "hgnc_symbol"
gene_id_type <- "entrezgene"

# 设定需要转换的基因名
gene_names <- c("TP53", "BRCA1", "BRCA2")

# 使用getBM函数进行转换
gene_ids <- getBM(attributes = gene_id_type, filters = gene_name_type, values = gene_names, mart = ensembl)

# 打印转换结果
print(gene_ids)

这段代码会将基因名"TP53"、"BRCA1"和"BRCA2"转换成对应的Entrez Gene ID。其中，"hgnc_symbol"和"entrezgene"分别代表基因名和Entrez Gene ID的类型，可以根据需要进行修改。