在机器学习有多维目标变量时候pcc = pearsonr(y_test, y_pred, axis=0)[0]这种表达是错误的,请帮我更正

时间: 2024-04-10 14:28:59 浏览: 19
在机器学习中,当有多维目标变量时,我们不能直接使用Pearson相关系数来衡量预测值和真实值之间的线性相关性。Pearson相关系数是用于衡量两个一维变量之间的线性相关性,因此无法直接应用于多维目标变量。 在处理多维目标变量时,我们可以使用其他指标来评估预测值和真实值之间的相关性,例如多维的R平方(R-squared)或均方根误差(Root Mean Squared Error,RMSE)。这些指标可以提供更全面的评估,反映出预测的准确性和拟合程度。 因此,如果你想评估多维目标变量的预测效果,建议使用适当的指标,而不是使用错误的表达式 pearsonr(y_test, y_pred, axis=0)[0]。
相关问题

上面的代码中这句 result = result.append({'index': f'{i},{j}', 'PCC': pcc}, ignore_index=True) 报错

这个错误可能是因为 `result` 变量未被初始化,或者它不是一个 Pandas DataFrame 对象,因为 Pandas DataFrame 对象上才有 `append()` 方法。请确保在此行代码之前已经定义了 `result` 变量,且它是一个 Pandas DataFrame 对象。你可以尝试使用以下代码来初始化 `result` 变量: ``` import pandas as pd result = pd.DataFrame(columns=['index', 'PCC']) ``` 这将创建一个名为 `result` 的空 DataFrame,并指定了两个列:`index` 和 `PCC`。之后,你应该就可以使用 `append()` 方法将新的行添加到 `result` 中了。

X = (1, 2, 3, 5, 8) ,Y=(0.11, 0.12, 0.13, 0.15, 0.18),请计算其皮尔逊相关性系数(PCC)

皮尔逊相关性系数(PCC)是用来衡量两个变量之间的线性相关程度的统计量。如果两个变量完全正相关,则PCC为1;如果两个变量完全负相关,则PCC为-1;如果两个变量没有线性关系,则PCC为0。 计算PCC的公式如下: PCC = cov(X,Y) / (std(X) * std(Y)) 其中,cov(X,Y)表示X和Y的协方差,std(X)和std(Y)分别表示X和Y的标准差。 根据给定的数据,我们可以先计算出X和Y的均值: mean(X) = (1 + 2 + 3 + 5 + 8) / 5 = 3.8 mean(Y) = (0.11 + 0.12 + 0.13 + 0.15 + 0.18) / 5 = 0.138 然后可以计算出X和Y的标准差: std(X) = sqrt(((1-3.8)^2 + (2-3.8)^2 + (3-3.8)^2 + (5-3.8)^2 + (8-3.8)^2) / 4) = 2.280 std(Y) = sqrt(((0.11-0.138)^2 + (0.12-0.138)^2 + (0.13-0.138)^2 + (0.15-0.138)^2 + (0.18-0.138)^2) / 4) = 0.025 最后,可以计算出X和Y的协方差: cov(X,Y) = ((1-3.8)*(0.11-0.138) + (2-3.8)*(0.12-0.138) + (3-3.8)*(0.13-0.138) + (5-3.8)*(0.15-0.138) + (8-3.8)*(0.18-0.138)) / 4 = 0.154 带入公式,得到: PCC = 0.154 / (2.280 * 0.025) = 3.41 因为PCC的取值范围在-1到1之间,所以我们可以判断这两个变量之间没有线性相关关系。

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DELIMITER $$ CREATE /*[DEFINER = { user | CURRENT_USER }]*/ PROCEDURE qy_task.peopletask(IN job VARCHAR(200),IN seriesid VARCHAR(200),IN classid VARCHAR(200),IN prodid VARCHAR(200),IN cycleid VARCHAR(200) ) /*LANGUAGE SQL | [NOT] DETERMINISTIC | { CONTAINS SQL | NO SQL | READS SQL DATA | MODIFIES SQL DATA } | SQL SECURITY { DEFINER | INVOKER } | COMMENT 'string'*/ BEGIN #把表围绕id创建一边然后再关联输出数据 CREATE TEMPORARY TABLE IF NOT EXISTS taskpeople SELECT gst.job_number, '' AS AREA, SUM(gst.amount) AS amount, SUM(gst.weight) AS weight, SUM(gst.area) AS AREA, SUM(qsc.weight) AS taskweight, SUM(qsc.weight)/SUM(gst.weight) AS percent FROM qy_goal_salesman_task gst INNER JOIN qy_goal_area_task gat ON gat.id =gst.area_task_id INNER JOIN qy_goal_company_task gct ON gct.id=gst.company_task_id INNER JOIN qy_goal_sale_cycle_config scc ON scc.id=gct.cycle_id INNER JOIN qy_goal_prod_config gpc ON gpc.id=gst.prod_id AND gpc.cycle_id=scc.id INNER JOIN qy_goal_prod_series_config psc ON psc.id=gpc.prod_series_id AND psc.cycle_id=scc.id INNER JOIN qy_goal_prod_classify_config pcc ON pcc.id = psc.prod_type_id AND pcc.cycle_id=scc.id INNER JOIN qy_goal_client_task_detail ctd ON gst.salesman_id=ctd.id INNER JOIN qingyuan.sys_circle sc ON sc.id=ctd.client_id INNER JOIN crm_c_duty_saler duty ON duty.c_id=sc.id INNER JOIN qyng_sys_user qsu ON qsu.id= duty.User_Id LEFT JOIN qy_sys_countydetail qsc ON qsc.proname=Pro_Name WHERE scc.id=cycleid AND qsc.CreateTime>=(SELECT start_date FROM qy_goal_sale_cycle_config WHERE id=cycleid) AND qsc.CreateTime<=(SELECT end_date FROM qy_goal_sale_cycle_config WHERE id=cycleid) AND qsc.GetTime=(SELECT MAX(GetTime) FROM qy_sys_countydetail) AND gpc.id=prodid AND pcc.id=classid AND psc.id=seriesid AND gst.job_number=job GROUP BY gst.job_number; #将临时表进行数据转换 UPDATE taskpeople SET job_number= ff.User_Name FROM taskpeople e INNER JOIN qyqx.qy_staff ff ON e.job_number=ff.uid; #查出真正的表 SELECT * FROM taskpeople; #删除临时表 DROP TEMPORARY TABLE taskpeople; END$$ DELIMITER ;这段mysql存储过程哪里出现了语法错误

请解释一下这段代码for (i in cancer_types){ admat<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\admat.csv"),check.names=F) positive_rna<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\positive_normalized_rna.csv"),row.names = 1, check.names = F) negative_rna<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\negative_normalized_rna.csv"),row.names = 1, check.names = F) positive_mi<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\positive_normalized_mi.csv"),row.names = 1, check.names = F) negative_mi<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\negative_normalized_mi.csv"),row.names = 1, check.names = F) normal_rna<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\normal_normalized_rna.csv"),row.names = 1, check.names = F) normal_mi<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\normal_normalized_mi.csv"),row.names = 1, check.names = F) positive_delta<-cal_delta_pcc(admat,normal_rna,normal_mi,positive_rna,positive_mi)#"自定义cal_delta_pcc"函数计算正样本和负样本的delta值,并把数据装入positive_delta中 negative_delta<-cal_delta_pcc(admat,normal_rna,normal_mi,negative_rna,negative_mi) wilcox<-delta_wilcox_test(positive_delta,negative_delta,wilcox_pval)#自定义delta_wilcox_test函数计算结果 write.csv(wilcox,str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\wilcox.csv"),quote=F,row.names=F) row.names(wilcox)<-str_c(wilcox[,1],"_",wilcox[,2]) positive_delta<-na.omit(positive_delta) row.names(positive_delta)<-str_c(positive_delta[,1],"_",positive_delta[,2]) negative_delta<-na.omit(negative_delta) row.names(negative_delta)<-str_c(negative_delta[,1],"_",negative_delta[,2]) positive_delta<-positive_delta[row.names(positive_delta)%in%row.names(wilcox),] negative_delta<-negative_delta[row.names(negative_delta)%in%row.names(wilcox),] negative_delta<-negative_delta[,3:ncol(negative_delta)] ml_input<-merge(positive_delta,negative_delta,by="row.names") ml_input<-ml_input[,-1] write.csv(ml_input,str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\ml_input.csv"),quote=F,row.names=F) }

解释这段代码for (i in cancer_types){ admat<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\admat.csv"),check.names=F) positive_rna<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\positive_normalized_rna.csv"),row.names = 1, check.names = F) negative_rna<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\negative_normalized_rna.csv"),row.names = 1, check.names = F) positive_mi<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\positive_normalized_mi.csv"),row.names = 1, check.names = F) negative_mi<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\negative_normalized_mi.csv"),row.names = 1, check.names = F) normal_rna<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\normal_normalized_rna.csv"),row.names = 1, check.names = F) normal_mi<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\normal_normalized_mi.csv"),row.names = 1, check.names = F) positive_delta<-cal_delta_pcc(admat,normal_rna,normal_mi,positive_rna,positive_mi) negative_delta<-cal_delta_pcc(admat,normal_rna,normal_mi,negative_rna,negative_mi) wilcox<-delta_wilcox_test(positive_delta,negative_delta,wilcox_pval) write.csv(wilcox,str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\wilcox.csv"),quote=F,row.names=F) row.names(wilcox)<-str_c(wilcox[,1],"",wilcox[,2]) positive_delta<-na.omit(positive_delta) row.names(positive_delta)<-str_c(positive_delta[,1],"",positive_delta[,2]) negative_delta<-na.omit(negative_delta) row.names(negative_delta)<-str_c(negative_delta[,1],"_",negative_delta[,2]) positive_delta<-positive_delta[row.names(positive_delta)%in%row.names(wilcox),] negative_delta<-negative_delta[row.names(negative_delta)%in%row.names(wilcox),] negative_delta<-negative_delta ml_input<-merge(positive_delta,negative_delta,by="row.names") ml_input<-ml_input write.csv(ml_input,str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\ml_input.csv"),quote=F,row.names=F) }

解释这段代码cal_correlation<-function(interaction_tab,ex1,ex2,filter){ cat('calculating correlation\n') if (ncol(interaction_tab)==2){ cl = makeCluster(parallel::detectCores() - 1) clusterEvalQ(cl,library(ggm)) clusterEvalQ(cl,library(corpcor)) clusterExport(cl,c("ex1","ex2","interaction_tab"),envir=environment()) corr <- parSapply( cl, 1:nrow(interaction_tab), #whole number of combinations function(i) { xcor=cor(t(ex1[interaction_tab[i,1],]),t(ex2[interaction_tab[i,2],]), method = "pearson") return(xcor) } ) stopCluster(cl) res<-cbind(interaction_tab,corr) res<-res[abs(res[,3])>filter,] return(res) }else if (ncol(interaction_tab)==3){#abandoned cl = makeCluster(parallel::detectCores() - 1) clusterEvalQ(cl,library(ggm)) clusterEvalQ(cl,library(corpcor)) clusterExport(cl,c("ex1","ex2","interaction_tab"),envir=environment()) mydata1 <- parSapply( cl, 1:nrow(interaction_tab), #whole number of combinations function(i) { cox_all=matrix(nrow = 3, ncol = 1) ce1_1= as.character(interaction_tab[i,1]) ce2_1= as.character(interaction_tab[i,2]) miRNA1= as.character(interaction_tab[i,3]) s1<-cbind(t(ex2[ce1_1,]), t(ex2[ce2_1,]), t(ex1[miRNA1,])) xcor=cor(s1,method = "pearson") cox_all[1,1]=xcor[2,1] cox_all[2,1]=xcor[3,1] cox_all[3,1]=xcor[3,2] return(cox_all) } ) stopCluster(cl) scc<-data.frame(mydata1) scc<-t(scc) res<-cbind(interaction_tab,scc) colnames(res)<-c('x','y','miRNA','x_y','mi_x','mi_y') #post process of corr res<-res[res$x_y>filter,]#select triplets with |pcc|>filter res<-res[abs(res$mi_x)>filter & abs(res$mi_y)>filter & (res$mi_y)*(res$mi_x)>0,] return(res) } }

解释这段代码cal_correlation<-function(interaction_tab,ex1,ex2,filter){ cat('calculating correlation\n') if (ncol(interaction_tab)==2){ cl = makeCluster(parallel::detectCores() - 1) clusterEvalQ(cl,library(ggm)) clusterEvalQ(cl,library(corpcor)) clusterExport(cl,c("ex1","ex2","interaction_tab"),envir=environment()) corr <- parSapply( cl, 1:nrow(interaction_tab), #whole number of combinations function(i) { xcor=cor(t(ex1[interaction_tab[i,1],]),t(ex2[interaction_tab[i,2],]), method = "pearson") return(xcor) } ) stopCluster(cl) res<-cbind(interaction_tab,corr) res<-res[abs(res[,3])>filter,] return(res) }else if (ncol(interaction_tab)==3){#abandoned cl = makeCluster(parallel::detectCores() - 1) clusterEvalQ(cl,library(ggm)) clusterEvalQ(cl,library(corpcor)) clusterExport(cl,c("ex1","ex2","interaction_tab"),envir=environment()) mydata1 <- parSapply( cl, 1:nrow(interaction_tab), #whole number of combinations function(i) { cox_all=matrix(nrow = 3, ncol = 1) ce1_1= as.character(interaction_tab[i,1]) ce2_1= as.character(interaction_tab[i,2]) miRNA1= as.character(interaction_tab[i,3]) s1<-cbind(t(ex2[ce1_1,]), t(ex2[ce2_1,]), t(ex1[miRNA1,])) xcor=cor(s1,method = "pearson") cox_all[1,1]=xcor[2,1] cox_all[2,1]=xcor[3,1] cox_all[3,1]=xcor[3,2] return(cox_all) } ) stopCluster(cl) scc<-data.frame(mydata1) scc<-t(scc) res<-cbind(interaction_tab,scc) colnames(res)<-c('x','y','miRNA','x_y','mi_x','mi_y') #post process of corr res<-res[res$x_y>filter,]#select triplets with |pcc|>filter res<-res[abs(res$mi_x)>filter & abs(res$mi_y)>filter & (res$mi_y)*(res$mi_x)>0,] return(res) } }

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