pdf(file="barplot.pdf", width=9, height=6) outTab$t=as.numeric(outTab$t) outTab$Sig=factor(outTab$Sig, levels=c("Down", "Up")) gg1=ggbarplot(outTab, x="Pathway", y="t", fill = "Sig", color = "white", palette=c("blue3", "red3"), sort.val = "asc", sort.by.groups = T, rotate=TRUE, legend="right", title="", xlab="Term", ylab="t value of GSVA score, C2 vs C1", legend.title="Group", x.text.angle=60) print(gg1)帮我解释一下
时间: 2023-07-06 16:16:08 浏览: 250
rprogcoursenotes:我在 CourseraJHU R 编程课程(R. Peng,讲师)的讲座中做的笔记
这段代码使用了ggplot2图形库来生成一个条形图。下面是代码的具体解释:
- `pdf(file = "barplot.pdf", width = 9, height = 6)`:这行代码创建了一个空白的PDF文件,用于保存生成的条形图。其中 `width` 和 `height` 参数分别指定了PDF文件的宽度和高度。
- `outTab$t = as.numeric(outTab$t)`:这行代码将 `outTab` 数据框中的 `t` 列转换为数值型数据。
- `outTab$Sig = factor(outTab$Sig, levels = c("Down", "Up"))`:这行代码将 `outTab` 数据框中的 `Sig` 列转换为因子型数据,并将水平变量的顺序设置为 `"Down"` 和 `"Up"`。
- `gg1 = ggbarplot(outTab, x = "Pathway", y = "t", fill = "Sig", color = "white", palette = c("blue3", "red3"), sort.val = "asc", sort.by.groups = T, rotate = TRUE, legend = "right", title = "", xlab = "Term", ylab = "t value of GSVA score, C2 vs C1", legend.title = "Group", x.text.angle = 60)`:这行代码使用 `ggbarplot()` 函数生成条形图。其中 `outTab` 是数据框,`x = "Pathway"` 表示使用 `Pathway` 列作为X轴的变量,`y = "t"` 表示使用 `t` 列作为Y轴的变量,`fill = "Sig"` 表示使用 `Sig` 列作为颜色变量,`color = "white"` 表示将条形图的边框颜色设置为白色。
- `palette = c("blue3", "red3")` 表示将 `"Down"` 和 `"Up"` 两种颜色分别设置为蓝色和红色。
- `sort.val = "asc"` 表示按照 `t` 列的值进行升序排序。
- `sort.by.groups = T` 表示在排序时按照 `Sig` 列的值分组排序。
- `rotate = TRUE` 表示将X轴标签旋转90度。
- `legend = "right"` 表示将图例放在右边。
- `title = ""` 表示将标题设置为空。
- `xlab = "Term"` 表示将X轴标签设置为 `"Term"`。
- `ylab = "t value of GSVA score, C2 vs C1"` 表示将Y轴标签设置为 `"t value of GSVA score, C2 vs C1"`。
- `legend.title = "Group"` 表示将图例标题设置为 `"Group"`。
- `x.text.angle = 60` 表示将X轴标签旋转60度。
- `print(gg1)`:这行代码将生成的条形图打印出来,并保存到之前创建的PDF文件中。
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