对于急性髓系白血病(Acute Myeloid Leukemia, AML)样本的RNAseq数据,如何进行差异表达基因的筛选以及功能富集分析?请提供详细的步骤和分析工具推荐。
时间: 2024-10-26 22:13:31 浏览: 39
针对急性髓系白血病(AML)样本进行RNAseq数据分析,通常会从数据质量检查开始,然后进行转录本重建、定量表达和差异表达分析,最后进行功能富集分析。在这一系列操作中,每一步都需要精确的技术操作和合理的工具选择。
参考资源链接:[RNAseq生信分析入门:工具、策略与案例解析](https://wenku.csdn.net/doc/5abhatrtcz?spm=1055.2569.3001.10343)
首先,使用FastQC工具对原始测序数据进行质量控制,检查读段(reads)的质量,识别和过滤掉低质量的序列。然后,根据是否有参考基因组,选择合适的转录本重建策略。若存在参考基因组,使用STAR或HISAT2进行读段到参考基因组的比对;若没有参考基因组,则可以采用de novo转录本组装工具如Trinity。
读段比对完成后,使用工具如Cufflinks或StringTie进行转录本定量,得到表达矩阵,即各个样本中各基因的表达量。接着,利用DESeq2或edgeR等差异表达分析软件,根据表达矩阵进行统计分析,找出在AML样本与正常对照之间显著差异表达的基因。
对于差异表达基因,进一步使用如DAVID或GSEA等工具进行功能富集分析,以探究这些基因在哪些生物过程、分子功能和信号通路中富集,从而为AML的分子机制提供线索。
为了深入学习和实践上述流程,推荐《RNAseq生信分析入门:工具、策略与案例解析》这份学习笔记。笔记不仅详细介绍了RNAseq数据分析的各步骤方法和工具,还提供了丰富的案例解析,帮助理解实际应用中的问题和解决策略。通过系统学习这份资料,读者可以更好地掌握RNAseq数据分析的关键技术和分析策略,有效地进行AML等疾病样本的生信分析。
参考资源链接:[RNAseq生信分析入门:工具、策略与案例解析](https://wenku.csdn.net/doc/5abhatrtcz?spm=1055.2569.3001.10343)
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