np.argsort(positions[i]

时间: 2023-12-25 08:27:29 浏览: 33
根据提供的引用[1],`np.argsort(positions[i])`将返回一个数组,该数组包含按升序排列的位置[i]中元素的索引。具体来说,它将返回一个数组,该数组包含与位置[i]中的元素对应的索引,这些元素按升序排列。 举个例子,如果我们有一个名为`arr`的数组,它包含以下元素:`[40, 10, 20, 30]`。那么,`np.argsort(arr)`将返回一个数组,该数组包含按升序排列的`arr`中元素的索引。在这种情况下,返回的数组将是`[1, 2, 3, 0]`,因为`arr`是最小的元素,`arr`是第二小的元素,以此类推。
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def positional_encoding(length, depth): depth = depth / 2 positions = np.arange(length)[:, np.newaxis] # (seq, 1) depths = np.arange(depth)[np.newaxis, :] / depth # (1, depth) angle_rates = 1 / (10000 ** depths) # (1, depth) angle_rads = positions * angle_rates # (pos, depth) pos_encoding = np.concatenate( [np.sin(angle_rads), np.cos(angle_rads)], axis=-1) return tf.cast(pos_encoding, dtype=tf.float32)

这段代码实现了一种常用的位置嵌入方法。它使用了正弦和余弦函数来对位置进行编码,生成一个位置嵌入矩阵。 输入参数为 `length` 和 `depth`,其中 `length` 表示序列的长度,`depth` 表示嵌入向量的维度。代码中,`depth` 被除以2,是因为后续会使用正弦和余弦函数分别生成两个维度的编码。 首先,通过 `np.arange(length)[:, np.newaxis]` 创建一个形状为 `(length, 1)` 的矩阵 `positions`,其中每个元素表示序列中的位置。 然后,通过 `np.arange(depth)[np.newaxis, :] / depth` 创建一个形状为 `(1, depth)` 的矩阵 `depths`,其中每个元素表示一个缩放因子。 接下来,通过计算 `1 / (10000 ** depths)` 得到一个形状为 `(1, depth)` 的矩阵 `angle_rates`,其中每个元素表示一个角度缩放因子。 最后,通过 `positions * angle_rates` 计算得到一个形状为 `(length, depth)` 的矩阵 `angle_rads`,其中每个元素表示一个角度值。 最后一步,通过将 `np.sin(angle_rads)` 和 `np.cos(angle_rads)` 沿着最后一个维度拼接起来,生成一个形状为 `(length, 2*depth)` 的位置嵌入矩阵 `pos_encoding`。 最后,通过 `tf.cast(pos_encoding, dtype=tf.float32)` 将位置嵌入矩阵转换为 `tf.float32` 类型,并返回结果。 请注意,代码中使用了 `tf.cast()` 函数来将位置嵌入矩阵转换为 `tf.float32` 类型。这可能是因为该代码片段是基于 TensorFlow 框架编写的,所以如果你想在其他框架中使用,可能需要进行相应的修改。

import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt # 设置模拟参数 num_boids = 50 # 粒子数 max_speed = 0.03 # 最大速度 max_force = 0.05 # 最大受力 neighborhood_radius = 0.2 # 邻域半径 separation_distance = 0.05 # 分离距离 alignment_distance = 0.1 # 对齐距离 cohesion_distance = 0.2 # 凝聚距离 # 初始化粒子位置和速度 positions = np.random.rand(num_boids, 2) velocities = np.random.rand(num_boids, 2) * max_speed # 模拟循环 for i in range(1000): # 计算邻域距离 distances = np.sqrt(np.sum(np.square(positions[:, np.newaxis, :] - positions), axis=-1)) neighbors = np.logical_and(distances > 0, distances < neighborhood_radius) # 计算三个力 separation = np.zeros_like(positions) alignment = np.zeros_like(positions) cohesion = np.zeros_like(positions) for j in range(num_boids): # 计算分离力 separation_vector = positions[j] - positions[neighbors[j]] separation_distance_mask = np.linalg.norm(separation_vector, axis=-1) < separation_distance separation_vector = separation_vector[separation_distance_mask] separation[j] = np.sum(separation_vector, axis=0) # 计算对齐力 alignment_vectors = velocities[neighbors[j]] alignment_distance_mask = np.linalg.norm(separation_vector, axis=-1) < alignment_distance alignment_vectors = alignment_vectors[alignment_distance_mask] alignment[j] = np.sum(alignment_vectors, axis=0) # 计算凝聚力 cohesion_vectors = positions[neighbors[j]] cohesion_distance_mask = np.linalg.norm(separation_vector, axis=-1) < cohesion_distance cohesion_vectors = cohesion_vectors[cohesion_distance_mask] cohesion[j] = np.sum(cohesion_vectors, axis=0) # 计算总受力 total_force = separation + alignment + cohesion total_force = np.clip(total_force, -max_force, max_force) # 更新速度和位置 velocities += total_force velocities = np.clip(velocities, -max_speed, max_speed) positions += velocities # 绘制粒子 plt.clf() plt.scatter(positions[:, 0], positions[:, 1], s=5) plt.xlim(0, 1) plt.ylim(0, 1) plt.pause(0.01)

这段代码是一个基于群体智能的仿真模型,用于模拟粒子的运动行为。该模型使用numpy和matplotlib库来实现。主要步骤包括: 1. 设置模拟参数:定义粒子数、最大速度、最大受力、邻域半径、分离距离、对齐距离、凝聚距离等参数。 2. 初始化粒子位置和速度:使用numpy的rand()函数生成随机位置和速度。 3. 模拟循环:在每个时间步长内,计算粒子的邻域距离,并根据邻域距离计算分离力、对齐力、凝聚力等三个力。最后,根据总受力更新粒子的速度和位置,并将粒子的位置绘制出来。 该模型可以用于研究粒子运动的行为和规律,也可以用于模拟群体智能算法的效果。

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修改代码,错误如下:File "structure_analysis4.py", line 33, in <module> indices1, indices2, distances = neighbor_list('ijD', pos1, cutoff, self_interaction=False, bothways=True) TypeError: neighbor_list() got an unexpected keyword argument 'bothways'。。from ase import io from ase.build import sort from ase.visualize import view from ase.neighborlist import neighbor_list import numpy as np from ase import Atoms # 加载两个POSCAR文件 pos1 = io.read('POSCAR1') pos2 = io.read('POSCAR2') # 指定原子种类 atom_type = 'C' # 获得第一个POSCAR中指定原子的位置列表 #indices1 = [i for i, atom in enumerate(pos1) if atom.symbol == atom_type] #positions1 = sort(pos1.get_positions()[indices1]) indices1 = [i for i, atom in enumerate(pos1) if atom.symbol == atom_type] positions1 = pos1.get_positions()[indices1] atoms1 = Atoms(symbols=[atom_type]*len(positions1), positions=positions1) sorted_atoms1 = sort(atoms1) # 获得第二个POSCAR中指定原子的位置列表 #indices2 = [i for i, atom in enumerate(pos2) if atom.symbol == atom_type] #positions2 = sort(pos2.get_positions()[indices2]) indices2 = [i for i, atom in enumerate(pos2) if atom.symbol == atom_type] positions2 = pos2.get_positions()[indices2] atoms2 = Atoms(symbols=[atom_type]*len(positions2), positions=positions2) sorted_atoms2 = sort(atoms2) # 计算两个位置列表之间的距离矩阵 cutoff = 5.0 # 距离截断半径 indices1, indices2, distances = neighbor_list('ijD', pos1, cutoff, self_interaction=False, bothways=True) dist_matrix1 = np.zeros((len(positions1), len(positions1))) for i, j, d in zip(indices1, indices2, distances): if i in indices1 and j in indices1: dist_matrix1[indices1.index(i), indices1.index(j)] = d indices1, indices2, distances = neighbor_list('ijD', pos2, cutoff, self_interaction=False, bothways=True) dist_matrix2 = np.zeros((len(positions2), len(positions2))) for i, j, d in zip(indices1, indices2, distances): if i in indices2 and j in indices2: dist_matrix2[indices2.index(i), indices2.index(j)] = d # 计算两个距离矩阵之间的相似性 similarity = 1.0 - np.abs(dist_matrix1 - dist_matrix2).sum() / dist_matrix1.size print('Structure similarity: ', similarity)

switch (Form) { case 1: p1 = CPoint(PositionS.x, PositionS.y); p2 = CPoint(PositionS.x + 48, PositionS.y); p3 = CPoint(PositionS.x + 61, PositionS.y); p4 = CPoint(PositionS.x + 100, PositionS.y); //p5 = CPoint(PositionS.x + 53, PositionS.y + 15); //p6 = CPoint(PositionS.x + 68, PositionS.y + 41); if (Status == 0) { p7 = CPoint(PositionS.x + 40, PositionS.y); p8 = CPoint(PositionS.x + 60, PositionS.y); } else if (Status == 1) { p7 = CPoint(PositionS.x + 49, PositionS.y + 5); p8 = CPoint(PositionS.x + 58, PositionS.y + 21); } break; case 2: p1 = CPoint(PositionS.x + 100, PositionS.y); p2 = CPoint(PositionS.x + 52, PositionS.y); p3 = CPoint(PositionS.x + 39, PositionS.y); p4 = CPoint(PositionS.x, PositionS.y); //p5 = CPoint(PositionS.x + 47, PositionS.y + 15); //p6 = CPoint(PositionS.x + 32, PositionS.y + 41); if (Status == 0) { p7 = CPoint(PositionS.x + 40, PositionS.y); p8 = CPoint(PositionS.x + 60, PositionS.y); } else if (Status == 1) { p7 = CPoint(PositionS.x + 51, PositionS.y + 5); p8 = CPoint(PositionS.x + 42, PositionS.y + 21); } break; case 3://11道岔 p1 = CPoint(PositionS.x, PositionS.y); p2 = CPoint(PositionS.x + 48, PositionS.y); p3 = CPoint(PositionS.x + 61, PositionS.y); p4 = CPoint(PositionS.x + 100, PositionS.y); p5 = CPoint(PositionS.x + 53, PositionS.y - 15); p6 = CPoint(PositionS.x + 68, PositionS.y - 41); if (Status == 0) { p7 = CPoint(PositionS.x + 40, PositionS.y); p8 = CPoint(PositionS.x + 60, PositionS.y); } else if (Status == 1) { p7 = CPoint(PositionS.x + 49, PositionS.y - 5); p8 = CPoint(PositionS.x + 58, PositionS.y - 21); } break; case 4://12道岔 p1 = CPoint(PositionS.x + 100, PositionS.y); p2 = CPoint(PositionS.x + 52, PositionS.y); p3 = CPoint(PositionS.x + 39, PositionS.y); p4 = CPoint(PositionS.x, PositionS.y); p5 = CPoint(PositionS.x + 47, PositionS.y - 15); p6 = CPoint(PositionS.x + 32, PositionS.y - 41); if (Status == 0) { p7 = CPoint(PositionS.x + 40, PositionS.y); p8 = CPoint(PositionS.x + 60, PositionS.y); } else if (Status == 1) { p7 = CPoint(PositionS.x + 51, PositionS.y - 5); p8 = CPoint(PositionS.x + 42, PositionS.y - 21); } break; }

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