estimate = model.estimate_effect(identified_estimand, method_name=“backdoor.linear_regression”),因变量是整数,method_name怎样选合适

时间: 2024-10-21 21:18:22 浏览: 23
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estimate_noise.rar_NOISE_Noise estimate_estimate_noise

在CausalML库中,`model.estimate_effect`方法用于估计因果效应。你提到的`method_name="backdoor.linear_regression"`表示使用后门线性回归方法进行估计。如果因变量是整数(即计数数据),这种方法可能不是最佳选择,因为它是为连续因变量设计的。 对于整数因变量,可以考虑以下几种方法: 1. **Poisson Regression (`poisson_regression`)**: 泊松回归适用于计数数据,特别是当数据较为稀疏时。如果你的因变量是计数且均值较低,泊松回归可能是一个不错的选择。 ```python estimate = model.estimate_effect(identified_estimand, method_name="backdoor.poisson_regression") ``` 2. **Negative Binomial Regression (`negative_binomial_regression`)**: 如果因变量的方差大于均值(即数据过分散),负二项回归可能比泊松回归更合适。 ```python estimate = model.estimate_effect(identified_estimand, method_name="backdoor.negative_binomial_regression") ``` 3. **Zero-Inflated Models (`zero_inflated_poisson_regression`, `zero_inflated_negative_binomial_regression`)**: 如果数据中有过多的零值,可以考虑使用零膨胀模型。这些模型允许更好地处理额外的零值。 ```python estimate = model.estimate_effect(identified_estimand, method_name="backdoor.zero_inflated_poisson_regression") ``` 具体选择哪种方法取决于你的数据特性和分布情况。建议先对数据进行可视化和统计分析,以确定最适合的模型。
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这段代码是什么意思 def run_posmap_300W_LP(bfm, image_path, mat_path, save_folder, uv_h = 256, uv_w = 256, image_h = 256, image_w = 256): # 1. load image and fitted parameters image_name = image_path.strip().split('/')[-1] image = io.imread(image_path)/255. [h, w, c] = image.shape info = sio.loadmat(mat_path) pose_para = info['Pose_Para'].T.astype(np.float32) shape_para = info['Shape_Para'].astype(np.float32) exp_para = info['Exp_Para'].astype(np.float32) # 2. generate mesh # generate shape vertices = bfm.generate_vertices(shape_para, exp_para) # transform mesh s = pose_para[-1, 0] angles = pose_para[:3, 0] t = pose_para[3:6, 0] transformed_vertices = bfm.transform_3ddfa(vertices, s, angles, t) projected_vertices = transformed_vertices.copy() # using stantard camera & orth projection as in 3DDFA image_vertices = projected_vertices.copy() image_vertices[:,1] = h - image_vertices[:,1] - 1 # 3. crop image with key points kpt = image_vertices[bfm.kpt_ind, :].astype(np.int32) left = np.min(kpt[:, 0]) right = np.max(kpt[:, 0]) top = np.min(kpt[:, 1]) bottom = np.max(kpt[:, 1]) center = np.array([right - (right - left) / 2.0, bottom - (bottom - top) / 2.0]) old_size = (right - left + bottom - top)/2 size = int(old_size*1.5) # random pertube. you can change the numbers marg = old_size*0.1 t_x = np.random.rand()*marg*2 - marg t_y = np.random.rand()*marg*2 - marg center[0] = center[0]+t_x; center[1] = center[1]+t_y size = size*(np.random.rand()*0.2 + 0.9) # crop and record the transform parameters src_pts = np.array([[center[0]-size/2, center[1]-size/2], [center[0] - size/2, center[1]+size/2], [center[0]+size/2, center[1]-size/2]]) DST_PTS = np.array([[0, 0], [0, image_h - 1], [image_w - 1, 0]]) tform = skimage.transform.estimate_transform('similarity', src_pts, DST_PTS) cropped_image = skimage.transform.warp(image, tform.inverse, output_shape=(image_h, image_w)) # transform face position(image vertices) along with 2d facial image position = image_vertices.copy() position[:, 2] = 1 position = np.dot(position, tform.params.T) position[:, 2] = image_vertices[:, 2]*tform.params[0, 0] # scale z position[:, 2] = position[:, 2] - np.min(position[:, 2]) # translate z # 4. uv position map: render position in uv space uv_position_map = mesh.render.render_colors(uv_coords, bfm.full_triangles, position, uv_h, uv_w, c = 3) # 5. save files io.imsave('{}/{}'.format(save_folder, image_name), np.squeeze(cropped_image)) np.save('{}/{}'.format(save_folder, image_name.replace('jpg', 'npy')), uv_position_map) io.imsave('{}/{}'.format(save_folder, image_name.replace('.jpg', '_posmap.jpg')), (uv_position_map)/max(image_h, image_w)) # only for show # --verify # import cv2 # uv_texture_map_rec = cv2.remap(cropped_image, uv_position_map[:,:,:2].astype(np.float32), None, interpolation=cv2.INTER_LINEAR, borderMode=cv2.BORDER_CONSTANT,borderValue=(0)) # io.imsave('{}/{}'.format(save_folder, image_name.replace('.jpg', '_tex.jpg')), np.squeeze(uv_texture_map_rec))

这段代码什么意思def run_posmap_300W_LP(bfm, image_path, mat_path, save_folder, uv_h = 256, uv_w = 256, image_h = 256, image_w = 256): # 1. load image and fitted parameters image_name = image_path.strip().split('/')[-1] image = io.imread(image_path)/255. [h, w, c] = image.shape info = sio.loadmat(mat_path) pose_para = info['Pose_Para'].T.astype(np.float32) shape_para = info['Shape_Para'].astype(np.float32) exp_para = info['Exp_Para'].astype(np.float32) # 2. generate mesh # generate shape vertices = bfm.generate_vertices(shape_para, exp_para) # transform mesh s = pose_para[-1, 0] angles = pose_para[:3, 0] t = pose_para[3:6, 0] transformed_vertices = bfm.transform_3ddfa(vertices, s, angles, t) projected_vertices = transformed_vertices.copy() # using stantard camera & orth projection as in 3DDFA image_vertices = projected_vertices.copy() image_vertices[:,1] = h - image_vertices[:,1] - 1 # 3. crop image with key points kpt = image_vertices[bfm.kpt_ind, :].astype(np.int32) left = np.min(kpt[:, 0]) right = np.max(kpt[:, 0]) top = np.min(kpt[:, 1]) bottom = np.max(kpt[:, 1]) center = np.array([right - (right - left) / 2.0, bottom - (bottom - top) / 2.0]) old_size = (right - left + bottom - top)/2 size = int(old_size*1.5) # random pertube. you can change the numbers marg = old_size*0.1 t_x = np.random.rand()*marg*2 - marg t_y = np.random.rand()*marg*2 - marg center[0] = center[0]+t_x; center[1] = center[1]+t_y size = size*(np.random.rand()*0.2 + 0.9) # crop and record the transform parameters src_pts = np.array([[center[0]-size/2, center[1]-size/2], [center[0] - size/2, center[1]+size/2], [center[0]+size/2, center[1]-size/2]]) DST_PTS = np.array([[0, 0], [0, image_h - 1], [image_w - 1, 0]]) tform = skimage.transform.estimate_transform('similarity', src_pts, DST_PTS) cropped_image = skimage.transform.warp(image, tform.inverse, output_shape=(image_h, image_w)) # transform face position(image vertices) along with 2d facial image position = image_vertices.copy() position[:, 2] = 1 position = np.dot(position, tform.params.T) position[:, 2] = image_vertices[:, 2]*tform.params[0, 0] # scale z position[:, 2] = position[:, 2] - np.min(position[:, 2]) # translate z # 4. uv position map: render position in uv space uv_position_map = mesh.render.render_colors(uv_coords, bfm.full_triangles, position, uv_h, uv_w, c = 3) # 5. save files io.imsave('{}/{}'.format(save_folder, image_name), np.squeeze(cropped_image)) np.save('{}/{}'.format(save_folder, image_name.replace('jpg', 'npy')), uv_position_map) io.imsave('{}/{}'.format(save_folder, image_name.replace('.jpg', '_posmap.jpg')), (uv_position_map)/max(image_h, image_w)) # only for show # --verify # import cv2 # uv_texture_map_rec = cv2.remap(cropped_image, uv_position_map[:,:,:2].astype(np.float32), None, interpolation=cv2.INTER_LINEAR, borderMode=cv2.BORDER_CONSTANT,borderValue=(0)) # io.imsave('{}/{}'.format(save_folder, image_name.replace('.jpg', '_tex.jpg')), np.squeeze(uv_texture_map_rec))

修改代码使其能够正确运行。import pandas as pd import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D from sklearn.preprocessing import MinMaxScaler import cv2 import open3d as o3d from skimage import color import colour from scipy.spatial import ConvexHull def convert_data(data): res=[] data=data.tolist() for d in data: res.append(tuple(d)) # print(res) return res def load_data_and_plot_scatter(path1="1号屏srgb+rgb16预热10分钟切换0.5s.csv"): df1 = pd.read_csv(path1)[["X", "Y", "Z", "R", "G", "B"]] X1 = df1["X"].values Y1 = df1["Y"].values Z1 = df1["Z"].values df1_c = df1[["R", "G", "B"]].values / 255.0 XYZT = np.array([X1,Y1,Z1]) XYZ = np.transpose(XYZT) ABL = colour.XYZ_to_Lab(XYZ) LABT = np.array([ABL[:,1], ABL[:,2], ABL[:,0]]) LAB = np.transpose(LABT) # 将 numpy 数组转换为 open3d 中的 PointCloud 类型 pcd = o3d.geometry.PointCloud() pcd.points = o3d.utility.Vector3dVector(LAB) # 估计点云法向量 pcd.estimate_normals() # 计算点云的凸包表面 mesh = o3d.geometry.TriangleMesh.create_from_point_cloud_alpha_shape(pcd, alpha=0.1) mesh.compute_vertex_normals() # 获取凸包表面上的点的坐标 surface_points = np.asarray(mesh.vertices) # 显示点云的凸包表面 o3d.visualization.draw_geometries([mesh]) # 创建一个 3D 坐标 fig = plt.figure() # ax = Axes3D(fig) ax = plt.axes(projection='3d') ax.scatter(LAB[:,0], LAB[:,1], LAB[:,2], c=df1_c) # # 设置坐标轴标签 ax.set_xlabel('a* Label') ax.set_ylabel('b* Label') ax.set_zlabel('L Label') # 显示图形 plt.show() if __name__ == "__main__": load_data_and_plot_scatter()

# registration fixed_image = sitk.VectorIndexSelectionCast(fixed_rgb, 1) moving_image = sitk.VectorIndexSelectionCast(moving_rgb, 1) fixed_image = sitk.Cast(fixed_image, sitk.sitkFloat32) moving_image = sitk.Cast(moving_image, sitk.sitkFloat32) def command_iteration(method): if (method.GetOptimizerIteration() == 0): print("Estimated Scales: ", method.GetOptimizerScales()) print(f"{method.GetOptimizerIteration():3} = {method.GetMetricValue():7.5f} : {method.GetOptimizerPosition()}") pixelType = sitk.sitkFloat32 R = sitk.ImageRegistrationMethod() R.SetMetricAsCorrelation()#Use negative normalized cross correlation image metric. R.SetOptimizerAsRegularStepGradientDescent(learningRate=4.0, minStep=0.1, numberOfIterations=5000, gradientMagnitudeTolerance=1e-8)#Regular Step Gradient descent optimizer. R.SetOptimizerScalesFromIndexShift()#Estimate scales from maximum voxel shift in index space cause by parameter change. tx = sitk.CenteredTransformInitializer(fixed_image, moving_image, sitk.Similarity2DTransform()) R.SetInitialTransform(tx) R.SetInterpolator(sitk.sitkLinear) R.AddCommand(sitk.sitkIterationEvent, lambda: command_iteration(R)) outTx = R.Execute(fixed_image, moving_image) print("-------") print(outTx) print(f"Optimizer stop condition: {R.GetOptimizerStopConditionDescription()}") print(f" Iteration: {R.GetOptimizerIteration()}") print(f" Metric value: {R.GetMetricValue()}") resampler = sitk.ResampleImageFilter() resampler.SetReferenceImage(fixed_image) resampler.SetInterpolator(sitk.sitkLinear) resampler.SetDefaultPixelValue(1) resampler.SetTransform(outTx) out = resampler.Execute(moving_image) simg1 = sitk.Cast(sitk.RescaleIntensity(fixed_image), sitk.sitkUInt8) simg2 = sitk.Cast(sitk.RescaleIntensity(out), sitk.sitkUInt8) cimg = sitk.Compose(simg1, simg2, simg1 // 2. + simg2 // 2.) myshow(cimg)在这段代码中找到调整步长的地方

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