python 根据文件“Molecular_Descriptor.xlsx”和“ERα_activity.xlsx”提供的数据,针对1974个化合物的729个分子描述符进行变量选择,根据变量对生物活性影响的重要性进行排序,并给出前20个对生物活性最具有显著影响的分子描述符(即变量),并请详细说明分子描述符筛选过程及其合理性。 问题2. 请结合问题1,选择不超过20个分子描述符变量,构建化合物对ERα生物活性的定量预测模型,请叙述建模过程。然后使用构建的预测模型,对文件“ERα_activity.xlsx”的test表中的50个化合物进行IC50值和对应的pIC50值预测,并将结果分别填入“ERα_activity.xlsx”的test表中的IC50_nM列及对应的pIC50列。 问题3. 请利用文件“Molecular_Descriptor.xlsx”提供的729个分子描述符,针对文件“ADMET.xlsx”中提供的1974个化合物的ADMET数据,从五个指标(Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN)中任选2个,分别构建其分类预测模型,并简要叙述建模过程。然后使用所构建的2个分类预测模型,对文件“ADMET.xlsx”的test表中的50个化合物进行相应的预测,并将结果填入“ADMET.xlsx”的test表中对应的Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN列。 问题4(选做). 寻找并阐述化合物的哪些分子描述符,以及这些分子描述符在什么取值或者处于什么取值范围时,能够使化合物对抑制ERα具有更好的生物活性,同时具有更好的ADMET性质(给定的五个ADMET性质中,至少三个性质较好)。

时间: 2024-03-20 12:40:41 浏览: 24
问题2:根据前20个对生物活性最具有显著影响的分子描述符,构建化合物对ERα生物活性的定量预测模型 根据问题1中的结果,我们选取前20个对生物活性最具有显著影响的分子描述符作为特征,使用线性回归算法构建化合物对ERα生物活性的定量预测模型。具体的建模过程如下: ```python from sklearn.linear_model import LinearRegression from sklearn.metrics import mean_squared_error, r2_score # 读取数据文件 df_mol = pd.read_excel('Molecular_Descriptor.xlsx', sheet_name='training') df_er = pd.read_excel('ERα_activity.xlsx', sheet_name='training') df_test = pd.read_excel('ERα_activity.xlsx', sheet_name='test') # 合并数据 df = pd.merge(df_mol, df_er, on='Molecule') # 数据预处理 df = df.drop(columns=['Molecule']) df = df.dropna() # 特征工程 X_train = df.iloc[:, indices[:20]] y_train = df.iloc[:, -1] X_test = df_test.iloc[:, indices[:20]] # 训练模型 reg = LinearRegression() reg.fit(X_train, y_train) # 预测结果 y_pred = reg.predict(X_test) # 将预测结果写入文件 df_test['IC50_nM'] = y_pred df_test['pIC50'] = -np.log10(y_pred / 1e9) df_test.to_excel('ERα_activity.xlsx', sheet_name='test', index=False) ``` 代码执行过程中,首先使用pandas库读取数据文件,并将分子描述符和生物活性数据进行合并。然后进行数据预处理,删除无效数据。接着进行特征工程,选取前20个对生物活性最具有显著影响的分子描述符作为特征。然后使用线性回归算法对模型进行训练,并使用训练好的模型对测试集中的化合物进行预测。最后将预测结果写入文件中。 问题3:利用分子描述符构建ADMET分类预测模型 在Python中,可以使用机器学习算法对分子描述符进行分类预测。这里我们选择决策树算法和支持向量机算法,分别对Caco-2和CYP3A4两个指标进行分类预测。 以下是具体的代码实现步骤: ```python from sklearn.tree import DecisionTreeClassifier from sklearn.svm import SVC from sklearn.metrics import accuracy_score # 读取数据文件 df_mol = pd.read_excel('Molecular_Descriptor.xlsx', sheet_name='training') df_admet = pd.read_excel('ADMET.xlsx', sheet_name='training') df_test = pd.read_excel('ADMET.xlsx', sheet_name='test') # 合并数据 df = pd.merge(df_mol, df_admet, on='Molecule') # 数据预处理 df = df.drop(columns=['Molecule']) df = df.dropna() # 特征工程 X_train = df.iloc[:, :-5] y_caco2_train = df.iloc[:, -5] y_cyp3a4_train = df.iloc[:, -4] # 分类预测模型 # Caco-2预测模型 clf_caco2 = DecisionTreeClassifier(random_state=42) clf_caco2.fit(X_train, y_caco2_train) # CYP3A4预测模型 clf_cyp3a4 = SVC(random_state=42) clf_cyp3a4.fit(X_train, y_cyp3a4_train) # 预测结果 X_test = df_test.iloc[:, :-5] y_caco2_pred = clf_caco2.predict(X_test) y_cyp3a4_pred = clf_cyp3a4.predict(X_test) # 将预测结果写入文件 df_test['Caco-2'] = y_caco2_pred df_test['CYP3A4'] = y_cyp3a4_pred df_test.to_excel('ADMET.xlsx', sheet_name='test', index=False) ``` 代码执行过程中,首先使用pandas库读取数据文件,并将分子描述符和ADMET数据进行合并。然后进行数据预处理,删除无效数据。接着进行特征工程,将分子描述符作为特征,将Caco-2和CYP3A4指标作为标签。然后选择决策树算法和支持向量机算法,分别对Caco-2和CYP3A4两个指标进行分类预测。最后将预测结果写入文件中。 问题4:寻找具有更好生物活性和ADMET性质的分子描述符 为了寻找具有更好生物活性和ADMET性质的分子描述符,可以使用统计方法和机器学习算法对数据进行分析和建模。具体的方法包括但不限于:相关性分析、主成分分析、逻辑回归等。 在具体分析过程中,需要先确定具体的分析目标和指标,然后根据数据特征和分析方法进行数据预处理和特征工程。最后选取合适的算法进行建模和分析,得出具有更好生物活性和ADMET性质的分子描述符。

相关推荐

python问题1. 根据文件“Molecular_Descriptor.xlsx”和“ERα_activity.xlsx”提供的数据,针对1974个化合物的729个分子描述符进行变量选择,根据变量对生物活性影响的重要性进行排序,并给出前20个对生物活性最具有显著影响的分子描述符(即变量),并请详细说明分子描述符筛选过程及其合理性。 问题2. 请结合问题1,选择不超过20个分子描述符变量,构建化合物对ERα生物活性的定量预测模型,请叙述建模过程。然后使用构建的预测模型,对文件“ERα_activity.xlsx”的test表中的50个化合物进行IC50值和对应的pIC50值预测,并将结果分别填入“ERα_activity.xlsx”的test表中的IC50_nM列及对应的pIC50列。 问题3. 请利用文件“Molecular_Descriptor.xlsx”提供的729个分子描述符,针对文件“ADMET.xlsx”中提供的1974个化合物的ADMET数据,从五个指标(Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN)中任选2个,分别构建其分类预测模型,并简要叙述建模过程。然后使用所构建的2个分类预测模型,对文件“ADMET.xlsx”的test表中的50个化合物进行相应的预测,并将结果填入“ADMET.xlsx”的test表中对应的Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN列。 问题4(选做). 寻找并阐述化合物的哪些分子描述符,以及这些分子描述符在什么取值或者处于什么取值范围时,能够使化合物对抑制ERα具有更好的生物活性,同时具有更好的ADMET性质(给定的五个ADMET性质中,至少三个性质较好)。

最新推荐

recommend-type

mmw Demo Data Structure_8_16.pdf

- 数据包结构:每个数据包由一个头部和所有启用的数据字段组成,可以通过CLI接口配置。 - 数据包发送:每个雷达帧只发送一个数据包,且长度为32字节的倍数。 2. mmW Demo 数据结构 - 统计信息:包括范围信息、...
recommend-type

详解Java中的File文件类以及FileDescriptor文件描述类

在Java中File类可以用来新建文件和目录对象,而FileDescriptor类则被用来表示文件或目录的可操作性,接下来我们就来详解Java中的File文件类以及FileDescriptor文件描述类
recommend-type

基于改进YOLO的玉米病害识别系统(部署教程&源码)

毕业设计:基于改进YOLO的玉米病害识别系统项目源码.zip(部署教程+源代码+附上详细代码说明)。一款高含金量的项目,项目为个人大学期间所做毕业设计,经过导师严格验证通过,可直接运行 项目代码齐全,教程详尽,有具体的使用说明,是个不错的有趣项目。 项目(高含金量项目)适用于在学的学生,踏入社会的新新工作者、相对自己知识查缺补漏或者想在该等领域有所突破的技术爱好者学习,资料详尽,内容丰富,附上源码和教程方便大家学习参考,
recommend-type

非系统Android图片裁剪工具

这是Android平台上一个独立的图片裁剪功能,无需依赖系统内置工具。。内容来源于网络分享,如有侵权请联系我删除。另外如果没有积分的同学需要下载,请私信我。
recommend-type

基于单片机的瓦斯监控系统硬件设计.doc

"基于单片机的瓦斯监控系统硬件设计" 在煤矿安全生产中,瓦斯监控系统扮演着至关重要的角色,因为瓦斯是煤矿井下常见的有害气体,高浓度的瓦斯不仅会降低氧气含量,还可能引发爆炸事故。基于单片机的瓦斯监控系统是一种现代化的监测手段,它能够实时监测瓦斯浓度并及时发出预警,保障井下作业人员的生命安全。 本设计主要围绕以下几个关键知识点展开: 1. **单片机技术**:单片机(Microcontroller Unit,MCU)是系统的核心,它集成了CPU、内存、定时器/计数器、I/O接口等多种功能,通过编程实现对整个系统的控制。在瓦斯监控器中,单片机用于采集数据、处理信息、控制报警系统以及与其他模块通信。 2. **瓦斯气体检测**:系统采用了气敏传感器来检测瓦斯气体的浓度。气敏传感器是一种对特定气体敏感的元件,它可以将气体浓度转换为电信号,供单片机处理。在本设计中,选择合适的气敏传感器至关重要,因为它直接影响到检测的精度和响应速度。 3. **模块化设计**:为了便于系统维护和升级,单片机被设计成模块化结构。每个功能模块(如传感器接口、报警系统、电源管理等)都独立运行,通过单片机进行协调。这种设计使得系统更具有灵活性和扩展性。 4. **报警系统**:当瓦斯浓度达到预设的危险值时,系统会自动触发报警装置,通常包括声音和灯光信号,以提醒井下工作人员迅速撤离。报警阈值可根据实际需求进行设置,并且系统应具有一定的防误报能力。 5. **便携性和安全性**:考虑到井下环境,系统设计需要注重便携性,体积小巧,易于携带。同时,系统的外壳和内部电路设计必须符合矿井的安全标准,能抵抗井下潮湿、高温和电磁干扰。 6. **用户交互**:系统提供了灵敏度调节和检测强度调节功能,使得操作员可以根据井下环境变化进行参数调整,确保监控的准确性和可靠性。 7. **电源管理**:由于井下电源条件有限,瓦斯监控系统需具备高效的电源管理,可能包括电池供电和节能模式,确保系统长时间稳定工作。 通过以上设计,基于单片机的瓦斯监控系统实现了对井下瓦斯浓度的实时监测和智能报警,提升了煤矿安全生产的自动化水平。在实际应用中,还需要结合软件部分,例如数据采集、存储和传输,以实现远程监控和数据分析,进一步提高系统的综合性能。
recommend-type

管理建模和仿真的文件

管理Boualem Benatallah引用此版本:布阿利姆·贝纳塔拉。管理建模和仿真。约瑟夫-傅立叶大学-格勒诺布尔第一大学,1996年。法语。NNT:电话:00345357HAL ID:电话:00345357https://theses.hal.science/tel-003453572008年12月9日提交HAL是一个多学科的开放存取档案馆,用于存放和传播科学研究论文,无论它们是否被公开。论文可以来自法国或国外的教学和研究机构,也可以来自公共或私人研究中心。L’archive ouverte pluridisciplinaire
recommend-type

:Python环境变量配置从入门到精通:Win10系统下Python环境变量配置完全手册

![:Python环境变量配置从入门到精通:Win10系统下Python环境变量配置完全手册](https://img-blog.csdnimg.cn/20190105170857127.png?x-oss-process=image/watermark,type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk,shadow_10,text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L3FxXzI3Mjc2OTUx,size_16,color_FFFFFF,t_70) # 1. Python环境变量简介** Python环境变量是存储在操作系统中的特殊变量,用于配置Python解释器和
recommend-type

electron桌面壁纸功能

Electron是一个开源框架,用于构建跨平台的桌面应用程序,它基于Chromium浏览器引擎和Node.js运行时。在Electron中,你可以很容易地处理桌面环境的各个方面,包括设置壁纸。为了实现桌面壁纸的功能,你可以利用Electron提供的API,如`BrowserWindow` API,它允许你在窗口上设置背景图片。 以下是一个简单的步骤概述: 1. 导入必要的模块: ```javascript const { app, BrowserWindow } = require('electron'); ``` 2. 在窗口初始化时设置壁纸: ```javas
recommend-type

基于单片机的流量检测系统的设计_机电一体化毕业设计.doc

"基于单片机的流量检测系统设计文档主要涵盖了从系统设计背景、硬件电路设计、软件设计到实际的焊接与调试等全过程。该系统利用单片机技术,结合流量传感器,实现对流体流量的精确测量,尤其适用于工业过程控制中的气体流量检测。" 1. **流量检测系统背景** 流量是指单位时间内流过某一截面的流体体积或质量,分为瞬时流量(体积流量或质量流量)和累积流量。流量测量在热电、石化、食品等多个领域至关重要,是过程控制四大参数之一,对确保生产效率和安全性起到关键作用。自托里拆利的差压式流量计以来,流量测量技术不断发展,18、19世纪出现了多种流量测量仪表的初步形态。 2. **硬件电路设计** - **总体方案设计**:系统以单片机为核心,配合流量传感器,设计显示单元和报警单元,构建一个完整的流量检测与监控系统。 - **工作原理**:单片机接收来自流量传感器的脉冲信号,处理后转化为流体流量数据,同时监测气体的压力和温度等参数。 - **单元电路设计** - **单片机最小系统**:提供系统运行所需的电源、时钟和复位电路。 - **显示单元**:负责将处理后的数据以可视化方式展示,可能采用液晶显示屏或七段数码管等。 - **流量传感器**:如涡街流量传感器或电磁流量传感器,用于捕捉流量变化并转换为电信号。 - **总体电路**:整合所有单元电路,形成完整的硬件设计方案。 3. **软件设计** - **软件端口定义**:分配单片机的输入/输出端口,用于与硬件交互。 - **程序流程**:包括主程序、显示程序和报警程序,通过流程图详细描述了每个程序的执行逻辑。 - **软件调试**:通过调试工具和方法确保程序的正确性和稳定性。 4. **硬件电路焊接与调试** - **焊接方法与注意事项**:强调焊接技巧和安全事项,确保电路连接的可靠性。 - **电路焊接与装配**:详细步骤指导如何组装电路板和连接各个部件。 - **电路调试**:使用仪器设备检查电路性能,排除故障,验证系统功能。 5. **系统应用与意义** 随着技术进步,单片机技术、传感器技术和微电子技术的结合使得流量检测系统具备更高的精度和可靠性,对于优化工业生产过程、节约资源和提升经济效益有着显著作用。 6. **结论与致谢** 文档结尾部分总结了设计成果,对参与项目的人表示感谢,并可能列出参考文献以供进一步研究。 7. **附录** 包含程序清单和电路总图,提供了具体实现细节和设计蓝图。 此设计文档为一个完整的机电一体化毕业设计项目,详细介绍了基于单片机的流量检测系统从概念到实施的全过程,对于学习单片机应用和流量测量技术的读者具有很高的参考价值。
recommend-type

"互动学习:行动中的多样性与论文攻读经历"

多样性她- 事实上SCI NCES你的时间表ECOLEDO C Tora SC和NCESPOUR l’Ingén学习互动,互动学习以行动为中心的强化学习学会互动,互动学习,以行动为中心的强化学习计算机科学博士论文于2021年9月28日在Villeneuve d'Asq公开支持马修·瑟林评审团主席法布里斯·勒菲弗尔阿维尼翁大学教授论文指导奥利维尔·皮耶昆谷歌研究教授:智囊团论文联合主任菲利普·普雷教授,大学。里尔/CRISTAL/因里亚报告员奥利维耶·西格德索邦大学报告员卢多维奇·德诺耶教授,Facebook /索邦大学审查员越南圣迈IMT Atlantic高级讲师邀请弗洛里安·斯特鲁布博士,Deepmind对于那些及时看到自己错误的人...3谢谢你首先,我要感谢我的两位博士生导师Olivier和Philippe。奥利维尔,"站在巨人的肩膀上"这句话对你来说完全有意义了。从科学上讲,你知道在这篇论文的(许多)错误中,你是我可以依