MATLAB读取txt文档的AGCT碱基序列，通过直接法转换成四组0-1序列

在MATLAB中，你可以使用`textscan`函数来读取.txt文档中的AGCT碱基序列，然后将其转换为0-1序列。首先，假设.txt文件中的每行都是一个碱基序列，可以按照以下步骤操作：

1. **打开并读取txt文件**:

filename = 'yourfile.txt'; % 替换为实际的文件名
fid = fopen(filename, 'r'); % 打开文件

2. **使用textscan读取内容**:

% 定义模式匹配字符，这里对应A、T、C、G
pattern = {'[ATCG]'};
% 初始化变量存储结果
bases = cell( Inf, 1 ); % 创建一个足够大的cell数组存放每个行的碱基序列
rowIndex = 1; % 记录当前处理到哪一行

while ~feof(fid)
    line = fgetl(fid); % 读取一行
    if ~isempty(line) % 检查是否为空行
        [matches, ~] = textscan(line, pattern, 'Delimiter', ''); % 提取匹配的碱基
        bases{(rowIndex)} = matches'; % 存储提取的碱基，转置以便后续处理
        rowIndex = rowIndex + 1;
    end
end
fclose(fid);

3. **将碱基转换为二进制0-1序列**:

binarySequences = zeros(numel(bases), 4); % 初始化一个矩阵，用于存储四个碱基对应的0-1序列
for i = 1:numel(bases)
    binarySequences(i, find('A', bases{i})) = 1; % A对应1，其他对应0
    binarySequences(i, find('T', bases{i}) + 1) = 1; % T对应2，C对应3
end

现在，`binarySequences`矩阵包含了所有碱基序列转换后的0-1形式。