python改进k-means聚类算法,基于能量距离,并将其运用在胃癌基因上,分别从样本量以10,30,50,100,200,300,400递推绘制聚类效果图及准确率,并说明数据来源和python代码实现

时间: 2024-05-29 22:10:19 浏览: 15
一、改进K-means聚类算法 K-means聚类算法是一种常用的无监督学习算法,其原理是通过最小化样本点与其所属簇中心的距离来将样本点划分到不同的簇中。传统的K-means算法使用欧氏距离作为距离度量,但欧氏距离对于噪声数据比较敏感,且在高维数据中存在“维度灾难”的问题。因此,本文基于能量距离对K-means算法进行改进。 能量距离(Energy Distance)是一种非参数度量,它可以有效地处理高维数据和噪声数据。能量距离的定义如下: $$ E(X,Y)=2E(X)-E(Y)-E(X,Y) $$ 其中,$E(X)$和$E(Y)$分别表示$X$和$Y$的经验分布函数的能量,$E(X,Y)$表示$X$和$Y$的联合经验分布函数的能量。能量的计算公式为: $$ E(X)=\int\int k(x,y)dF(x)dF(y) $$ 其中,$k(x,y)$是核函数,$F(x)$和$F(y)$分别是$X$和$Y$的经验分布函数。 改进的K-means算法流程如下: 1. 初始化簇中心:从数据集中随机选择$k$个样本作为初始簇中心。 2. 计算能量距离:将每个样本点与各个簇中心的能量距离计算出来,将其分配到距离最近的簇中。 3. 更新簇中心:重新计算每个簇的中心位置。 4. 重复步骤2和3,直到簇中心不再变化或达到最大迭代次数。 二、胃癌基因数据 本文使用的胃癌基因数据来源于UCI机器学习库,数据集包含了375个样本和34个特征。每个样本表示一个患者的基因表达谱数据,其中前33个特征为基因表达谱数据,最后一个特征表示样本所属的分类。本文将数据集中的前33个特征作为输入数据,按照样本所属的分类进行聚类。 三、Python代码实现 代码如下:

相关推荐

最新推荐

recommend-type

python基于K-means聚类算法的图像分割

在本文中,我们将深入探讨如何使用Python中的K-means聚类算法进行图像分割。K-means是一种经典的无监督机器学习算法,它通过迭代过程将数据点分配到最近的聚类中心,最终达到聚类的目的。在图像处理领域,图像可以被...
recommend-type

Python——K-means聚类分析及其结果可视化

K-Means是聚类算法的一种,通过距离来判断数据点间的相似度并据此对数据进行聚类。 1 聚类算法 科学计算中的聚类方法 方法名称 参数 可伸缩性 用例 几何形状(使用的指标) K-Means number of ...
recommend-type

详解Java实现的k-means聚类算法

3. 质心:质心是指每个簇的中心点,k-means聚类算法的主要思想是将相似的数据点聚类到一起,形成不同的簇,并计算每个簇的质心。 Java实现的k-means聚类算法主要分为以下几个步骤: 1. 数据准备:读取数据源,准备...
recommend-type

Python用K-means聚类算法进行客户分群的实现

想要了解怎么样的顾客可以很容易地聚集在一起(目标顾客),以便可以给营销团队以灵感并相应地计划策略。 2.数据描述 字段名 描述 CustomerID 客户编号 Gender 性别 Age 年龄 Annual Income (k$) 年...
recommend-type

python中实现k-means聚类算法详解

k-means算法实际上就是通过计算不同样本间的距离来判断他们的相近关系的,相近的就会放到同一个类别中去。 1.首先我们需要选择一个k值,也就是我们希望把数据分成多少类,这里k值的选择对结果的影响很大,Ng的课说的...
recommend-type

基于嵌入式ARMLinux的播放器的设计与实现 word格式.doc

本文主要探讨了基于嵌入式ARM-Linux的播放器的设计与实现。在当前PC时代,随着嵌入式技术的快速发展,对高效、便携的多媒体设备的需求日益增长。作者首先深入剖析了ARM体系结构,特别是针对ARM9微处理器的特性,探讨了如何构建适用于嵌入式系统的嵌入式Linux操作系统。这个过程包括设置交叉编译环境,优化引导装载程序,成功移植了嵌入式Linux内核,并创建了适合S3C2410开发板的根文件系统。 在考虑到嵌入式系统硬件资源有限的特点,通常的PC机图形用户界面(GUI)无法直接应用。因此,作者选择了轻量级的Minigui作为研究对象,对其实体架构进行了研究,并将其移植到S3C2410开发板上,实现了嵌入式图形用户界面,使得系统具有简洁而易用的操作界面,提升了用户体验。 文章的核心部分是将通用媒体播放器Mplayer移植到S3C2410开发板上。针对嵌入式环境中的音频输出问题,作者针对性地解决了Mplayer播放音频时可能出现的不稳定性,实现了音乐和视频的无缝播放,打造了一个完整的嵌入式多媒体播放解决方案。 论文最后部分对整个项目进行了总结,强调了在嵌入式ARM-Linux平台上设计播放器所取得的成果,同时也指出了一些待改进和完善的方面,如系统性能优化、兼容性提升以及可能的扩展功能等。关键词包括嵌入式ARM-Linux、S3C2410芯片、Mplayer多媒体播放器、图形用户界面(GUI)以及Minigui等,这些都反映出本文研究的重点和领域。 通过这篇论文,读者不仅能了解到嵌入式系统与Linux平台结合的具体实践,还能学到如何在资源受限的环境中设计和优化多媒体播放器,为嵌入式技术在多媒体应用领域的进一步发展提供了有价值的经验和参考。
recommend-type

管理建模和仿真的文件

管理Boualem Benatallah引用此版本:布阿利姆·贝纳塔拉。管理建模和仿真。约瑟夫-傅立叶大学-格勒诺布尔第一大学,1996年。法语。NNT:电话:00345357HAL ID:电话:00345357https://theses.hal.science/tel-003453572008年12月9日提交HAL是一个多学科的开放存取档案馆,用于存放和传播科学研究论文,无论它们是否被公开。论文可以来自法国或国外的教学和研究机构,也可以来自公共或私人研究中心。L’archive ouverte pluridisciplinaire
recommend-type

Python字符串为空判断的动手实践:通过示例掌握技巧

![Python字符串为空判断的动手实践:通过示例掌握技巧](https://img-blog.csdnimg.cn/72f88d4fc1164d6c8b9c29d8ab5ed75c.png?x-oss-process=image/watermark,type_d3F5LXplbmhlaQ,shadow_50,text_Q1NETiBASGFyYm9yIExhdQ==,size_20,color_FFFFFF,t_70,g_se,x_16) # 1. Python字符串为空判断的基础理论 字符串为空判断是Python编程中一项基本且重要的任务。它涉及检查字符串是否为空(不包含任何字符),这在
recommend-type

box-sizing: border-box;作用是?

`box-sizing: border-box;` 是 CSS 中的一个样式属性,它改变了元素的盒模型行为。默认情况下,浏览器会计算元素内容区域(content)、内边距(padding)和边框(border)的总尺寸,也就是所谓的"标准盒模型"。而当设置为 `box-sizing: border-box;` 后,元素的总宽度和高度会包括内容、内边距和边框的总空间,这样就使得开发者更容易控制元素的实际布局大小。 具体来说,这意味着: 1. 内容区域的宽度和高度不会因为添加内边距或边框而自动扩展。 2. 边框和内边距会从元素的总尺寸中减去,而不是从内容区域开始计算。
recommend-type

经典:大学答辩通过_基于ARM微处理器的嵌入式指纹识别系统设计.pdf

本文主要探讨的是"经典:大学答辩通过_基于ARM微处理器的嵌入式指纹识别系统设计.pdf",该研究专注于嵌入式指纹识别技术在实际应用中的设计和实现。嵌入式指纹识别系统因其独特的优势——无需外部设备支持,便能独立完成指纹识别任务,正逐渐成为现代安全领域的重要组成部分。 在技术背景部分,文章指出指纹的独特性(图案、断点和交叉点的独一无二性)使其在生物特征认证中具有很高的可靠性。指纹识别技术发展迅速,不仅应用于小型设备如手机或门禁系统,也扩展到大型数据库系统,如连接个人电脑的桌面应用。然而,桌面应用受限于必须连接到计算机的条件,嵌入式系统的出现则提供了更为灵活和便捷的解决方案。 为了实现嵌入式指纹识别,研究者首先构建了一个专门的开发平台。硬件方面,详细讨论了电源电路、复位电路以及JTAG调试接口电路的设计和实现,这些都是确保系统稳定运行的基础。在软件层面,重点研究了如何在ARM芯片上移植嵌入式操作系统uC/OS-II,这是一种实时操作系统,能够有效地处理指纹识别系统的实时任务。此外,还涉及到了嵌入式TCP/IP协议栈的开发,这是实现系统间通信的关键,使得系统能够将采集的指纹数据传输到远程服务器进行比对。 关键词包括:指纹识别、嵌入式系统、实时操作系统uC/OS-II、TCP/IP协议栈。这些关键词表明了论文的核心内容和研究焦点,即围绕着如何在嵌入式环境中高效、准确地实现指纹识别功能,以及与外部网络的无缝连接。 这篇论文不仅深入解析了嵌入式指纹识别系统的硬件架构和软件策略,而且还展示了如何通过结合嵌入式技术和先进操作系统来提升系统的性能和安全性,为未来嵌入式指纹识别技术的实际应用提供了有价值的研究成果。