更改代码,去掉结构拼凑部分,保留将POSCAR结构mol_ini转换为ASE Atoms对象p1,然后定义一个ElasticModel计算器,并将其设置为p1的计算器。 将p1放入一个Mushybox对象中,这个对象可以处理不规则的晶胞,然后定义一个FIRE优化器dyn,并使用它进行结构优化,最终得到优化后的结构。
时间: 2024-03-08 10:46:25 浏览: 126
ase.rar_A*算法_ASE_NodeView.cpp_very_simple. ase
好的,如果只需要将POSCAR结构转换为ASE Atoms对象,并使用ASE进行晶胞优化,可以将代码中的结构拼凑和微结构训练部分去掉,只保留ASE的优化部分。修改后的代码如下:
```python
from ase.io import read, write
from ase.optimize import FIRE
from ase.calculators.elastic.elastic import ElasticModel
from spdkit.core import Molecule, Mushybox
from spdkit.refine import refine
# 读取初始结构文件
mol_ini = Molecule.from_file('POSCAR')
# 将初始结构转换为ASE Atoms对象
p1 = mol_ini.to_ase_atoms()
# 定义ElasticModel计算器
calc_elastic = ElasticModel(mol_ini)
# 将计算器设置为p1的计算器
p1.set_calculator(calc_elastic)
# 将p1放入Mushybox对象中
box = Mushybox(p1)
# 定义FIRE优化器
dyn = FIRE(box, maxstep=0.1)
# 进行晶胞优化
dyn.run(fmax=0.001, steps=100)
# 将优化后的结构写回到POSCAR文件中
mol_opt = Molecule.from_ase_atoms(p1)
mol_opt.to('POSCAR_optimized', fmt='vasp')
```
这段代码的修改相对较多,去掉了结构拼凑和微结构训练部分,保留了将POSCAR结构转换为ASE Atoms对象的部分,并对其进行了进一步的优化。首先将初始结构文件读入一个Molecule对象中,然后将其转换为ASE Atoms对象,并定义一个ElasticModel计算器。将计算器设置为p1的计算器后,将p1放入Mushybox对象中,再定义一个FIRE优化器进行晶胞优化。最后将优化后的结构转换回Molecule对象,并将其写回到POSCAR文件中。
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