双链DNA分子中,G、C碱基对所占比例越高,其稳定性越强。编写一个lex描述文件,计算指定碱基序列里G、C碱基的比例。
时间: 2024-02-27 07:54:57 浏览: 28
好的,这是一个常见的DNA序列分析问题。下面是一个简单的lex描述文件,可以计算指定碱基序列中G、C碱基的比例:
```
%{
#include <stdio.h>
int gc_count = 0;
int total_count = 0;
%}
%%
[GCgc] { gc_count++; }
[AaTtGCgc] { total_count++; }
\n { /* do nothing */ }
%%
int main(int argc, char** argv) {
if (argc < 2) {
printf("Usage: %s filename\n", argv[0]);
return 1;
}
FILE* f = fopen(argv[1], "r");
if (!f) {
printf("Error: could not open file '%s'\n", argv[1]);
return 1;
}
yyin = f;
yylex();
printf("GC content: %.2f%%\n", (float)gc_count / total_count * 100);
fclose(f);
return 0;
}
```
使用方法如下:
1. 将上述代码保存为 `gc.l` 文件;
2. 在命令行中运行 `lex gc.l` 生成 `lex.yy.c` 文件;
3. 编译 `lex.yy.c` 文件并链接生成可执行文件: `gcc lex.yy.c -o gc -ll`;
4. 运行可执行文件并指定要计算GC含量的文件名: `./gc input.txt`。
其中 `input.txt` 是包含碱基序列的文件。执行结果会输出GC含量的百分比。
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