import os root_dir = '/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17' for parent, _, files in os.walk(root_dir): for file in files: if file.endswith('.report'): file_path = os.path.join(parent, file) with open(file_path, 'r') as f: lines = f.readlines() headers = lines[4].split()[4:41] data = [] for line in lines[5:]: row = line.split() data.append([float(row[1]), float(row[2])]) print(headers) for i in range(len(headers)): print(data[i]),运行代码后报错Traceback (most recent call last): File "/public/work/Personal/wuxu/test/shaixuan.py.new", line 15, in <module> data.append([float(row[1]), float(row[2])]) ValueError: could not convert string to float: '19(100.0000%)',修改上述代码

时间: 2024-02-14 07:07:55 浏览: 19
根据报错信息,发现无法将字符串转换为浮点数,具体是在将 row[1] 和 row[2] 转换为浮点数时发生了错误。根据代码逻辑,这两个位置分别应该是数字类型,因此可以猜测这里的字符串可能包含了一些非数字的字符。 经过观察发现,这个字符串是 '19(100.0000%)',其中包含了括号和百分号,因此无法直接转换为浮点数。解决这个问题的方法,可以使用正则表达式去掉括号和百分号,再进行转换。修改代码如下: ``` import os import re root_dir = '/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17' for parent, _, files in os.walk(root_dir): for file in files: if file.endswith('.report'): file_path = os.path.join(parent, file) with open(file_path, 'r') as f: lines = f.readlines() headers = lines[4].split()[4:41] data = [] for line in lines[5:]: row = line.split() row[1] = re.sub(r'[()%]', '', row[1]) # 去掉括号和百分号 row[2] = re.sub(r'[()%]', '', row[2]) data.append([float(row[1]), float(row[2])]) print(headers) for i in range(len(headers)): print(data[i]) ``` 修改后的代码中,使用了 re.sub() 函数去掉了括号和百分号。其中,参数 r'[()%]' 表示要去掉的字符是括号和百分号。

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data_dir='/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17' for file1 in ${data_dir}/*.fasta; do for file2 in ${data_dir}/*.fasta; do if [ "$file1" != "$file2" ]; then touch snp_indel.end.sh && cat snp_indel.end.sh && \ export PATH=/public/work/Personal/pangshuai/software/conda/miniconda3/bin/:${PATH} && \ nucmer --mum -t 8 -g 1000 -p ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer $file1 $file2 && \ delta-filter -1 -l 200 ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter && \ dnadiff -d ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter -p ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer && \ show-coords -rcloT ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.coords && \ show-coords -THrd ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.syri.coords && \ show-snps -ClrTH ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp && \ show-diff ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.inv && \ perl /public/work/Pipline/Structural_Variation/pipeline/2.1.1/bin/filter_the_MUmmer_SNP_file.pl ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp.SNPs ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp.Insertions ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp.Deletions 10000000 && \ touch snp_indel.end.tmp && \ mv snp_indel.end.tmp snp_indel.end && \ sleep 10 fi done done ,增加一个判断,使/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17路径下以.fasta结尾的文件两两一组不分前后只组合一次,然后再执行touch 后面的代码

import os header = ["[REF]", "[QRY]", "[Sequences]", "TotalSeqs", "AlignedSeqs", "UnalignedSeqs", "[Bases]", "TotalBases","AlignedBases", "UnalignedBases", "[Alignments]", "1-to-1", "TotalLength", "AvgLength", "AvgIdentity","M-to-M", "TotalLength", "AvgLength", "AvgIdentity", "[Feature Estimates]", "Breakpoints", "Relocations", "Translocations", "Inversions", "Insertions", "InsertionSum", "InsertionAvg", "TandemIns", "TandemInsSum","TandemInsAvg", "[SNPs]", "TotalSNPs"] data = {} for file_name in os.listdir("/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17"): if file_name.endswith(".report"): # print(file_name, end="\n") with open(os.path.join("/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17", file_name), "r") as f: for line in f: split_line = line.strip().split() if len(split_line) < 2: # 检查是否有足够的元素 continue # 没有则忽略该行 key, value = split_line[:2] if key not in data: # 创建一个包含标题行的列表,以避免在处理某些键时出现“Index out of range”错误 data[key] = header if key == "[REF]" else [value] else: data[key].append(value) # 输出表头 #print(*header, sep="\t") print("file_name", *header, sep="\t") # 输出数据 for file_name in os.listdir("/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17"): if file_name.endswith(".report"): print(file_name, end="\n") for i in range(len(data.get("[REF]", []))): row = [data.get(key, [""] * len(data.get("[REF]", [])))[i] for key in header] print(*row, sep="\t")修改此脚本,将file_name作为每行的第一列,其余每行每列为与其对应的row

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