写一段代码遍历/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17下以.report结尾的文件,将其第一行作为前两列,然后将第5到41行内容完成行转列

时间: 2023-08-18 22:08:48 浏览: 83
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dos下遍历目录和文件的代码

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好的,以下是 Python 代码实现: ```python import os dir_path = "/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17" for root, dirs, files in os.walk(dir_path): for file in files: if file.endswith(".report"): file_path = os.path.join(root, file) with open(file_path, "r") as f: lines = f.readlines() # 取第一行作为前两列 first_line = lines[0].strip().split() col1, col2 = first_line[0], first_line[1] # 取第5到41行内容并完成行转列 rows = lines[4:41] matrix = [] for row in rows: values = row.strip().split() matrix.append(values) matrix_T = list(map(list, zip(*matrix))) # 输出结果 print(col1, col2, *matrix_T, sep="\t") ``` 其中,`os.walk()` 函数可以遍历指定目录下的所有文件和文件夹;`file.endswith(".report")` 可以筛选以 `.report` 结尾的文件;`open()` 函数用于打开指定路径的文件,`readlines()` 函数可以读取文件的所有行;`strip()` 函数可以去除字符串首尾的空白字符,`split()` 函数可以将字符串按照空格分割成列表;`map()` 函数可以对列表中的每个元素进行相同的操作,`zip()` 函数可以将多个列表中的元素按照相同位置进行配对,`list()` 函数可以将配对后的结果转化为列表;`sep="\t"` 表示每个元素之间用制表符隔开输出。
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data_dir='/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17' for file1 in ${data_dir}/*.fasta; do for file2 in ${data_dir}/*.fasta; do if [ "$file1" != "$file2" ]; then touch snp_indel.end.sh && cat snp_indel.end.sh && \ export PATH=/public/work/Personal/pangshuai/software/conda/miniconda3/bin/:${PATH} && \ nucmer --mum -t 8 -g 1000 -p ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer $file1 $file2 && \ delta-filter -1 -l 200 ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter && \ dnadiff -d ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter -p ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer && \ show-coords -rcloT ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.coords && \ show-coords -THrd ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.syri.coords && \ show-snps -ClrTH ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp && \ show-diff ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter > ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.inv && \ perl /public/work/Pipline/Structural_Variation/pipeline/2.1.1/bin/filter_the_MUmmer_SNP_file.pl ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp.SNPs ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp.Insertions ${file1##*/}.${file2##*/}.ref_based.nucmer.delta.filter.snp.Deletions 10000000 && \ touch snp_indel.end.tmp && \ mv snp_indel.end.tmp snp_indel.end && \ sleep 10 fi done done ,增加一个判断,使/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17路径下以.fasta结尾的文件两两一组不分前后只组合一次,然后再执行touch 后面的代码

import os header = ["[REF]", "[QRY]", "[Sequences]", "TotalSeqs", "AlignedSeqs", "UnalignedSeqs", "[Bases]", "TotalBases","AlignedBases", "UnalignedBases", "[Alignments]", "1-to-1", "TotalLength", "AvgLength", "AvgIdentity","M-to-M", "TotalLength", "AvgLength", "AvgIdentity", "[Feature Estimates]", "Breakpoints", "Relocations", "Translocations", "Inversions", "Insertions", "InsertionSum", "InsertionAvg", "TandemIns", "TandemInsSum","TandemInsAvg", "[SNPs]", "TotalSNPs"] data = {} for file_name in os.listdir("/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17"): if file_name.endswith(".report"): # print(file_name, end="\n") with open(os.path.join("/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17", file_name), "r") as f: for line in f: split_line = line.strip().split() if len(split_line) < 2: # 检查是否有足够的元素 continue # 没有则忽略该行 key, value = split_line[:2] if key not in data: # 创建一个包含标题行的列表,以避免在处理某些键时出现“Index out of range”错误 data[key] = header if key == "[REF]" else [value] else: data[key].append(value) # 输出表头 #print(*header, sep="\t") print("file_name", *header, sep="\t") # 输出数据 for file_name in os.listdir("/public/work/Personal/wuxu/qiantao_17"): if file_name.endswith(".report"): print(file_name, end="\n") for i in range(len(data.get("[REF]", []))): row = [data.get(key, [""] * len(data.get("[REF]", [])))[i] for key in header] print(*row, sep="\t")修改此脚本,将file_name作为每行的第一列,其余每行每列为与其对应的row

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