用Python实现iris数据集使用遗传算法的KMeans聚类,并可视化
时间: 2024-02-12 15:07:49 浏览: 94
好的,我会尽力回答你的问题。首先,我们需要安装一些必要的库,如下所示:
```python
pip install pandas
pip install numpy
pip install sklearn
pip install matplotlib
pip install geneticalgorithm
```
然后,我们需要加载iris数据集,代码如下所示:
```python
import pandas as pd
from sklearn.datasets import load_iris
iris = load_iris()
data = pd.DataFrame(iris.data, columns=iris.feature_names)
```
接下来,我们可以使用遗传算法的KMeans聚类来对数据进行聚类。我们将使用Python的`geneticalgorithm`库实现此目的。代码如下所示:
```python
from geneticalgorithm import geneticalgorithm as ga
from sklearn.cluster import KMeans
def fitness(X, k):
kmeans = KMeans(n_clusters=k, random_state=42)
kmeans.fit(X)
return -kmeans.inertia_
varbound = np.array([[2, 10]]*len(data.columns))
model = ga(function=fitness, dimension=len(data.columns), variable_type='int', variable_boundaries=varbound)
```
在上面的代码中,我们定义了一个适应度函数`fitness`,它使用KMeans聚类算法对数据集进行聚类,并返回负惯性。我们使用负惯性作为适应度函数的原因是因为在遗传算法中,我们尝试最小化适应度函数,而在KMeans聚类中,我们尝试最小化惯性。因此,我们返回负惯性以将其转换为最小化问题。
然后,我们使用`geneticalgorithm`库的`geneticalgorithm`类来定义遗传算法模型。我们将适应度函数`fitness`作为参数传递,并指定决策变量的数量,类型和界限。
接下来,我们可以在遗传算法模型上运行`run`方法,以便找到最优解。代码如下所示:
```python
model.run()
```
最后,我们可以使用最优解来运行KMeans聚类算法,并将聚类结果可视化。代码如下所示:
```python
k = int(model.output_dict['variable'][0])
kmeans = KMeans(n_clusters=k, random_state=42)
kmeans.fit(data)
data['cluster'] = kmeans.labels_
fig, ax = plt.subplots(figsize=(12, 8))
sns.scatterplot(x='sepal length (cm)', y='sepal width (cm)', hue='cluster', data=data, ax=ax)
plt.show()
```
在上面的代码中,我们从遗传算法模型中提取最优解并将其转换为整数。然后,我们使用这个整数来运行KMeans聚类算法,并将聚类结果可视化。
完整的代码如下所示:
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