linux安装运行gatk的详细教程

在Linux上安装并运行GATK（Genome Analysis Toolkit）的详细步骤通常涉及以下几个部分：

**一、下载和安装Java**
GATK需要Java 8或更高版本。首先确保你的系统已经安装了Java，如果没有，可以访问Oracle官网下载并安装：https://www.oracle.com/java/technologies/javase-jdk8-downloads.html

**二、从官方网站下载GATK**
访问GATK官网（https://software.broadinstitute.org/gatk/downloads/index.html），选择适用于你操作系统的版本（如Ubuntu, CentOS等）。这里以下载最新稳定版为例，点击"Download GATK"，然后选择"GenomeAnalysisTK_latest.tar.gz" 下载。

**三、解压文件**
将下载的GATK压缩包上传到服务器，然后解压：

tar -xvf GenomeAnalysisTK_latest.tar.gz

这将创建一个包含GATK工具的目录，通常叫 "GenomeAnalysisTK-X.X.X"，其中X.X.X是版本号。

**四、配置环境变量**
为了让系统能够直接识别GATK，需要添加bin目录到PATH环境变量。在bash shell中编辑`.bashrc`或`.bash_profile`：

export PATH=$PATH:/path/to/GenomeAnalysisTK-X.X.X/bin

保存并关闭文件，然后运行 `source ~/.bashrc` 或重启终端使其生效。

**五、验证安装**
现在你可以试试看是否能运行GATK：

gatk --version

这应该会显示GATK的版本信息。

**六、运行CreateSequenceDictionary**
最后，使用刚安装的GATK执行`CreateSequenceDictionary`命令：

gatk CreateSequenceDictionary \
-R /mnt/f/C. lanceoleosa_genomeXYYC.LG.fasta \
-O /mnt/f/C. lanceoleosa_genomeXYYC.LG.dict

这里的 `-R` 参数是参考序列文件，`-O` 参数指定输出字典文件。

**注意**：
- 如果遇到“command 'gatk' not found”这类错误，确保已经添加了GATK bin到PATH，并且输入的命令无误。
- 指定的文件路径需替换为实际存在的文件路径。