foldChange=1 > padj=0.05 > rt=as.matrix(rt) > rownames(rt)=rt[,1] > exp=rt[,2:ncol(rt)] Error in rt[, 2:ncol(rt)] : 下标出界怎么解决

时间: 2024-12-15 07:18:06 浏览: 17
在这个R代码片段中,`rt`是一个矩阵,`rownames(rt) = rt[,1]` 设置了行名为矩阵的第一列。然后尝试获取第二列到最后一列的内容赋值给`exp`。如果出现“下标出界”的错误,通常是由于以下原因: 1. `rt` 的实际行数少于2,导致访问 `rt[,2]` 时数组越界。确认 `rt` 是否有足够的行。 2. 如果 `rt` 的第一列不是连续的数字,设置行名后可能会出现找不到对应索引的情况。需要确保行名对应的是一系列连续的整数。 3. 可能是你试图访问的列索引超过了矩阵的实际列数。确认 `ncol(rt)` 是否返回了正确的列数。 要解决问题,你需要检查以下几个步骤: - 检查`rt`的维度,特别是行数和列数。 - 确保 `rt[,1]` 中的行名没有超出范围。 - 如果有缺失值或非连续的行名,可以先对行名进行排序或清理再设置。 修复后的代码可能像这样: ```R # 检查rt的尺寸和内容 dim(rt) # 查看rt的行数和列数 # 修正行名或处理异常行 rownames(rt)[!is.na(rownames(rt))] <- as.integer(rownames(rt)[!is.na(rownames(rt))]) # 再次尝试获取exp exp = rt[, ifelse(is.numeric(rownames(rt)), rownames(rt), ncol(rt))] ``` 如果你还是不确定如何处理,提供完整的`rt`数据结构会更有帮助。
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> genes <- read.table("genes.tsv", header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE) > barcodes <- read.table("barcodes.tsv", header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE) > matrix <- readMM("matrix.mtx") > exp_matrix <- Matrix::t(as.data.frame(as.matrix(matrix))) > rownames(exp_matrix) <- genes$V2 > colnames(exp_matrix) <- barcodes$V1 > pbmc <- CreateSeuratObject(counts = exp_matrix, project = "pbmc", assay = "RNA") Error in CreateAssayObject(counts = counts, min.cells = min.cells, min.features = min.features, : No cell names (colnames) names present in the input matrix,是什么错误,怎么解决

这个错误提示表明,在从文件中读取数据后,没有在读取的数据中找到任何列名,也就是没有细胞名称。这通常是由于读取的数据文件格式不正确导致的。 你可以尝试检查以下几个问题: 1. 检查`genes.tsv`和`barcodes.tsv`文件是否存在,并且文件路径是否正确。 2. 检查`matrix.mtx`文件是否存在,并且文件路径是否正确。 3. 检查`genes.tsv`和`barcodes.tsv`文件中是否有正确的列名。 4. 检查`matrix.mtx`文件是否以正确的格式存储了数据。 如果以上步骤都没有解决问题,你可以尝试打印读取的数据,以便进一步调试。

library(limma) expFile="tcga.FRGexp.txt" cliFile="time.txt" rt=read.table(expFile,sep="\t",header=T,check.names=F) rt=as.matrix(rt) rownames(rt)=rt[,1] exp=rt[,2:ncol(rt)] dimnames=list(rownames(exp),colnames(exp)) data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames=dimnames) data=avereps(data) data=data[rowMeans(data)>0,] setwd("D:\\TCGA\\Fer\\10.tcgaMergeTime") data = read.table("tcga.FRGexp.txt",sep="\t",header=TRUE,row.names=1) group=sapply(strsplit(colnames(data),"\\-"),"[",4) group=sapply(strsplit(group,""),"[",1) group=gsub("2","1",group) data=data[,group==0] colnames(data)=gsub("(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-.*","\\1\\-\\2\\-\\3",colnames(data)) data=t(data) data=avereps(data)

根据您提供的代码,我可以看出您正在进行一些数据处理和分析的操作。以下是我对代码的理解和解释: 1. `library(limma)`: 这是加载"limma"包,该包提供了用于微阵列和RNA-seq数据分析的函数和方法。 2. `expFile="tcga.FRGexp.txt"`:这行代码指定了表达数据文件的路径和文件名。 3. `cliFile="time.txt"`:这行代码指定了时间数据文件的路径和文件名。 4. `rt=read.table(expFile,sep="\t",header=T,check.names=F)`: 这行代码使用`read.table`函数从表达数据文件中读取数据到一个数据框`rt`中。`sep="\t"`表示使用制表符作为分隔符,`header=T`表示第一行是列名,`check.names=F`表示不检查列名的合法性。 5. `rt=as.matrix(rt)`: 这行代码将数据框`rt`转换为矩阵。 6. `rownames(rt)=rt[,1]`: 这行代码将矩阵`rt`的第一列作为行名。 7. `exp=rt[,2:ncol(rt)]`: 这行代码从矩阵`rt`中抽取第2列到最后一列的数据,存储在一个新的矩阵`exp`中。 8. `dimnames=list(rownames(exp),colnames(exp))`: 这行代码为矩阵`exp`设置行名和列名。 9. `data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames=dimnames)`: 这行代码将矩阵`exp`转换为数值矩阵,并设置行名和列名。 10. `data=avereps(data)`: 这行代码调用了自定义的函数`avereps`,根据函数名推测,可能是用来计算数据的平均值。 11. `data=data[rowMeans(data)>0,]`: 这行代码根据行的平均值筛选数据,只保留平均值大于0的行。 12. `setwd("D:\\TCGA\\Fer\\10.tcgaMergeTime")`: 这行代码将当前工作目录设置为"D:\\TCGA\\Fer\\10.tcgaMergeTime",即将工作目录切换到指定目录。 13. `data = read.table("tcga.FRGexp.txt",sep="\t",header=TRUE,row.names=1)`: 这行代码再次从"tcga.FRGexp.txt"文件中读取数据,并存储在一个新的数据框`data`中。 14. `group=sapply(strsplit(colnames(data),"\\-"),"[",4)`: 这行代码使用`strsplit`函数将列名按照"-"进行分割,然后选择分割后的第四个元素。`sapply`函数将这个操作应用到每个列名上,并返回一个向量。 15. `group=sapply(strsplit(group,""),"[",1)`: 这行代码将`group`向量中每个元素按照空字符串进行分割,然后选择分割后的第一个元素。同样地,`sapply`函数将这个操作应用到每个元素上,并返回一个向量。 16. `group=gsub("2","1",group)`: 这行代码使用`gsub`函数将`group`向量中的所有"2"替换为"1"。 17. `data=data[,group==0]`: 这行代码根据条件筛选数据,只保留`group`向量中值为0的列。 18. `colnames(data)=gsub("(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-.*","\\1\\-\\2\\-\\3",colnames(data))`: 这行代码使用正则表达式对列名进行替换。它将匹配到的内容替换为第1、2、3个括号中的内容,并将结果赋值给列名。 19. `data=t(data)`: 这行代码将数据矩阵进行转置,使得行变为列,列变为行。 20. `data=avereps(data)`: 这行代码再次调用自定义的函数`avereps`,可能是用来计算数据的平均值。 请确认以上理解是否正确,并告诉我接下来有什么其他问题或需求。
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library("pheatmap") library("jsonlite") setwd(dir = "D:/Diyang/1") temp = list.files(pattern="*.csv") myfiles = lapply(temp, read.csv) myfiles = lapply(myfiles, na.omit) file_nums = length(temp) filename = sapply(strsplit(temp,"\\."),"[[",1) for(i in filename) { df = read.csv(paste0(i,'.csv'),header=T,row.names=1) df = replace(df,is.na(df),1) df_temp = df for (name in c("ACC","BLCA")) { print(df[which(colnames(df) == name)]) } df = -log10(abs(df)) df[df_temp<0] = -df[df_temp<0] pdf(paste0(i,'.pdf'),length(colnames(df))/2,length(rownames(df))/2) paletteLength = 1000 #immune #myColor <- colorRampPalette(c("white", "#FF7C00"))(paletteLength) #exp #myColor <- colorRampPalette(c("white", "red"))(paletteLength) #cell #myColor <- colorRampPalette(c("white", "blue"))(paletteLength) #drug #myColor <- colorRampPalette(c("white", "#660BAB"))(paletteLength) #yzx_gx #myColor <- colorRampPalette(c("white", "#C7007D"))(paletteLength) #exp宸紓 # myColor <- colorRampPalette(c("green", "white", "red"))(paletteLength) # myBreaks <- c(seq(min(df), 0, length.out=ceiling(paletteLength/2) + 1), # seq(max(df)/paletteLength, max(df), length.out=floor(paletteLength/2))) #myBreaks <- c(seq(0, max(df), length.out=floor(paletteLength/2))) ####################################### getSig <- function(dc) { sc <- ' ' if (dc < 0.0001) {sc <- '****'} else if (dc < 0.001){sc <- '***'} else if (dc < 0.01){sc <- '**'} else if (dc < 0.05) {sc <- '*'} else{sc <- ''} return(sc) } sig.mat <- matrix(sapply(as.matrix(df_temp), getSig), nrow=nrow(as.matrix(df_temp))) str(sig.mat) ######################################## xx <- pheatmap(df, color=myColor, breaks=myBreaks, clustering_method="average", cluster_rows=F,cluster_cols=F, cellwidth = 20,cellheight = 20,main="-log10(p)",display_numbers=sig.mat) print(xx) dev.off() }为什么最后没有出土

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