用R语言如何绘制有图标的IBS亲缘关系矩阵
时间: 2024-01-22 11:18:22 浏览: 153
要绘制带有图标的IBS亲缘关系矩阵,可以使用R语言中的ggplot2和ggimage包。下面是一个简单的代码示例:
首先,我们需要准备IBS亲缘关系矩阵数据。这里我们使用一个简单的示例数据:
```
ibs_matrix <- matrix(c(1, 0.5, 0.25, 0.5, 1, 0.25, 0.25, 0.25, 1), nrow = 3, ncol = 3,
dimnames = list(c("A", "B", "C"), c("A", "B", "C")))
```
接下来,我们需要将矩阵数据转换为数据框,并添加列名和行名:
```
library(reshape2)
library(dplyr)
ibs_df <- melt(as.matrix(ibs_matrix))
ibs_df <- rename(ibs_df, "source" = "Var1", "target" = "Var2", "value" = "value")
```
然后,我们需要准备图标数据。这里我们使用一个简单的示例数据,其中包含三个人的头像图片:
```
library(jpeg)
library(grid)
img1 <- readJPEG("person1.jpg")
img2 <- readJPEG("person2.jpg")
img3 <- readJPEG("person3.jpg")
person_images <- list(img1, img2, img3)
```
接下来,我们可以使用ggplot2和ggimage包来绘制IBS亲缘关系矩阵。首先,我们创建一个空白的图表,并添加矩阵数据:
```
library(ggplot2)
library(ggimage)
ggplot() +
geom_tile(data = ibs_df, aes(x = target, y = source, fill = value), color = "white") +
scale_fill_gradient(low = "white", high = "red") +
theme_minimal() +
theme(axis.text = element_blank(), axis.ticks = element_blank())
```
然后,我们可以在矩阵中添加图标。这里我们使用ggimage包中的geom_image函数来添加图标,并将图标放置在每个单元格中心:
```
ggplot() +
geom_tile(data = ibs_df, aes(x = target, y = source, fill = value), color = "white") +
scale_fill_gradient(low = "white", high = "red") +
theme_minimal() +
geom_image(data = ibs_df, aes(x = target, y = source, image = person_images[[source]]), size = 0.1) +
theme(axis.text = element_blank(), axis.ticks = element_blank())
```
这样就可以绘制出带有图标的IBS亲缘关系矩阵。需要注意的是,这里使用的是示例数据和图像,实际情况下需要根据具体数据和图像进行调整。
阅读全文