R语言中,用metrics包中的brier_score函数算生存数据surv(time,status),survivalsvm模型的BS和IBS
时间: 2024-02-01 16:15:40 浏览: 286
Crisp_Metrics_Task_1_Supervised_ML:使用监督型ML预测和比较不同模型的精度
在R语言中,可以使用metrics包中的brier_score函数来计算生存数据的Brier Score(BS)和Integrated Brier Score(IBS)。下面是一个示例代码:
首先,我们需要使用某个生存数据集,例如survival包中的lung数据集。我们可以使用以下代码加载该数据集:
```R
library(survival)
data(lung)
```
然后,我们可以使用survfit函数来拟合Kaplan-Meier生存曲线,并使用predict函数来预测每个观测值的生存概率。
```R
# 拟合Kaplan-Meier生存曲线
fit <- survfit(Surv(time, status) ~ 1, data = lung)
# 预测每个观测值的生存概率
probs <- predict(fit, type = "response")
```
接下来,我们可以使用metrics包中的brier_score函数来计算BS和IBS。
```R
library(metrics)
# 计算BS
bs <- brier_score(lung$status, probs)
cat("Brier Score:", bs, "\n")
# 计算IBS
ibs <- integrated_brier_score(lung$time, lung$status, probs)
cat("Integrated Brier Score:", ibs, "\n")
```
注意,在计算IBS时,我们需要提供时间(lung$time)和状态(lung$status)向量,以便计算每个时间点的BS,并将其整合成IBS。
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