R语言的GBM模型,survivalSVM模型,COXBOOST模型的IBS(综合布里尔得分)的代码详解
时间: 2023-06-27 15:08:16 浏览: 285
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首先,IBS(综合布里尔得分)是评估生存分析模型预测准确性的一种常用指标。以下是R语言中GBM模型、survivalSVM模型和COXBOOST模型计算IBS的代码详解。
1. GBM模型计算IBS
```R
library(survival)
library(gbm)
library(ipred)
# 加载数据集
data(veteran)
veteran$status <- as.numeric(veteran$status == 1)
# 划分训练集和测试集
set.seed(1234)
train <- sample(nrow(veteran), nrow(veteran) * 2 / 3)
test <- -train
# 训练GBM模型
fit.gbm <- gbm(Surv(time, status) ~ ., data = veteran[train,], distribution = "coxph", n.trees = 2000, interaction.depth = 3, shrinkage = 0.01, bag.fraction = 0.5, train.fraction = 0.5, cv.folds = 5)
# 预测测试集
pred.gbm <- predict(fit.gbm, newdata = veteran[test,], n.trees = 2000)
# 计算IBS
ibs.gbm <- ipred::ibs(pred.gbm, veteran[test,]$time, veteran[test,]$status)
```
2. survivalSVM模型计算IBS
```R
library(e1071)
library(survival)
# 加载数据集
data(veteran)
veteran$status <- as.numeric(veteran$status == 1)
# 划分训练集和测试集
set.seed(1234)
train <- sample(nrow(veteran), nrow(veteran) * 2 / 3)
test <- -train
# 训练survivalSVM模型
fit.svm <- svm(Surv(time, status) ~ ., data = veteran[train,], type = "C-bsvc", kernel = "radial")
# 预测测试集
pred.svm <- predict(fit.svm, newdata = veteran[test,])
# 计算IBS
ibs.svm <- survival:::integrated_brier_score(veteran[test,]$time, veteran[test,]$status, pred.svm)
```
3. COXBOOST模型计算IBS
```R
library(coxboost)
library(survival)
# 加载数据集
data(veteran)
veteran$status <- as.numeric(veteran$status == 1)
# 划分训练集和测试集
set.seed(1234)
train <- sample(nrow(veteran), nrow(veteran) * 2 / 3)
test <- -train
# 训练COXBOOST模型
fit.coxboost <- coxboost(Surv(time, status) ~ ., data = veteran[train,], family = "coxph")
# 预测测试集
pred.coxboost <- predict(fit.coxboost, newdata = veteran[test,], type = "risk")
# 计算IBS
ibs.coxboost <- survival:::integrated_brier_score(veteran[test,]$time, veteran[test,]$status, pred.coxboost)
```
以上是三种生存分析模型计算IBS的R代码详解。其中,GBM模型使用了`ipred::ibs()`函数,survivalSVM模型和COXBOOST模型使用了`survival:::integrated_brier_score()`函数计算IBS。需要注意的是,survivalSVM模型需要使用三个冒号的形式调用`integrated_brier_score()`函数,因为该函数不在survival包的导出列表中。
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