R语言中对于生存模型(Surv(times,status)),GBM模型的布里尔得分或者综合布里尔得分的代码和全部详解,需要可求出的,不能不可应用
时间: 2023-09-20 08:10:00 浏览: 179
布里尔分数(Brier score)是衡量预测模型精度的常用指标之一,它可以用来评价生存模型的预测能力。在R语言中,我们可以通过survival包中的函数来计算生存模型的布里尔得分或综合布里尔得分。
首先我们需要加载survival包:
```R
library(survival)
```
然后我们可以使用`survfit()`函数来拟合生存曲线模型。这个函数的第一个参数是一个生存对象,它由Surv()函数生成。在Surv()函数中,我们需要传入两个参数:时间和状态,也就是生存时间和是否发生事件(比如死亡或治愈)。例如:
```R
surv_obj <- Surv(times, status)
```
其中`times`是一个向量,表示生存时间;`status`是一个向量,表示是否发生事件,1表示发生,0表示未发生。
接下来,我们可以使用`gbm()`函数来拟合GBM模型。`gbm()`函数可以设置很多参数,包括学习率、树的数量、树的深度等等。例如:
```R
library(gbm)
gbm_model <- gbm(
formula = surv_obj ~ .,
distribution = "coxph",
data = data,
n.trees = 100,
interaction.depth = 3,
shrinkage = 0.01,
cv.folds = 5,
verbose = TRUE
)
```
其中,`formula`参数指定了模型公式,这里使用了`surv_obj`作为因变量,其他变量作为自变量;`distribution`参数指定了分布类型,这里使用了Cox比例风险模型;`data`参数指定了数据集;`n.trees`参数指定了树的数量;`interaction.depth`参数指定了树的深度;`shrinkage`参数指定了学习率;`cv.folds`参数指定了交叉验证折数;`verbose`参数指定了是否输出详细信息。
接下来,我们可以使用`predict()`函数来进行生存时间的预测。例如:
```R
pred <- predict(gbm_model, newdata = data, type = "response")
```
其中,`newdata`参数指定了新数据集,这里使用了原始数据集;`type`参数指定了预测类型,这里使用了“response”。
最后,我们可以使用`survivalROC()`函数来计算综合布里尔得分。例如:
```R
bs <- survivalROC(pred, data$times, data$status, plotit = FALSE, method = "average")
bs
```
其中,`survivalROC()`函数的第一个参数是预测值,第二个参数是生存时间,第三个参数是状态;`plotit`参数指定了是否绘制ROC曲线;`method`参数指定了计算方法,这里使用了平均方法。
注意,以上代码中的`data`是一个数据框,包含了所有的自变量和因变量。在实际应用中,需要根据具体的数据情况进行修改。
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