R语言中针对所有生存模型的综合布里尔得分的算法代码详解!通用的,尤其是模型中没有type参数
时间: 2023-07-16 10:17:37 浏览: 110
在R语言中,我们可以使用survival包中的survivalROC函数来计算综合布里尔得分。该函数可以计算各种生存模型的综合布里尔得分,而无需指定type参数。
以下是一个示例代码,展示如何使用survivalROC函数计算综合布里尔得分:
```
library(survival)
# 创建生存数据
data(lung)
lung$status <- ifelse(lung$status==1, 0, 1)
# 拟合Cox比例风险模型
cox_model <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog, data=lung)
# 预测生存概率
lung$cox_prob <- predict(cox_model, type="lp")
lung$cox_prob <- exp(lung$cox_prob)/(1+exp(lung$cox_prob))
# 计算综合布里尔得分
roc <- survivalROC(Surv(time, status) ~ cox_prob, data=lung, predict.time=seq(0, 60, by=1))
cindex <- roc$C
brier_score <- roc$Brier
```
首先,我们使用survival包中的data函数加载一个名为lung的生存数据集。然后,我们将status变量替换为逆变量(原始变量为1表示事件发生,0表示事件未发生,我们将其转换为1表示事件未发生,0表示事件发生),以便计算综合布里尔得分。接下来,我们使用coxph函数拟合一个Cox比例风险模型。然后,我们使用predict函数预测每个观察值的生存概率,并将其存储在cox_prob变量中。最后,我们使用survivalROC函数计算综合布里尔得分,其中predict.time参数用于指定预测生存概率的时间点。在这个例子中,我们使用0到60之间每一年的时间点进行预测。计算完成后,我们可以使用roc$C和roc$Brier分别获取C-index和综合布里尔得分的值。
需要注意的是,survivalROC函数假定生存数据集中的事件时间是单调递增的。如果事件时间不是单调递增的,则需要先对数据进行排序,以确保时间的单调性。
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