R语言中,生存预测模型survivalsvm包中没有type参数,如何获取预测值和实际值。并且计算综合布里尔得分的代码
时间: 2023-07-16 07:15:02 浏览: 129
如果 `survivalsvm` 包中的模型没有 `type` 参数,那么可以使用 `predict` 函数获取预测值和实际值。以下是计算综合布里尔得分的示例代码:
```r
library(survivalsvm)
library(rms)
# 加载数据
data(larynx)
# 划分训练集和测试集
set.seed(123)
train <- sample(1:nrow(larynx), nrow(larynx) * 0.7)
test <- setdiff(1:nrow(larynx), train)
# 拟合生存预测模型
svmfit <- svmrc(Surv(time, status) ~ age + sex + stage + karno + diagtime,
data = larynx[train,])
# 预测测试集
pred <- predict(svmfit, newdata = larynx[test,])
# 计算综合布里尔得分
cindex <- with(larynx[test,],
validate(Surv(time, status), pred, method = "both")$stats["C"])
brier_score <- with(larynx[test,],
brier(Surv(time, status), pred, weight = "harmonic"))
total_score <- cindex + brier_score
```
其中 `predict` 函数返回的对象包含了预测的生存概率,可以使用 `Surv` 函数将其转换为生存时间和状态。然后可以使用 `validate` 函数计算C指数,使用 `brier` 函数计算布里尔得分,最后将二者相加得到综合布里尔得分。
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