R语言中生存数据的GBM模型如何可以得到integrated brier score
时间: 2023-12-03 13:44:16 浏览: 273
要计算生存数据的GBM模型的integrated brier score,可以使用R语言中的survival和pec库中的相关函数。
首先,需要使用survival包中的Surv函数将生存数据转换为适合GBM模型的格式。然后,使用gbm函数从pec库中拟合GBM模型。
接着,使用pec包中的integrated_brier_score函数来计算模型的integrated brier score。这个函数需要提供一个预测生存曲线的函数作为输入。可以通过使用pec库中的predict_survival函数来生成这个函数。
下面是一个简单的示例代码:
``` r
library(survival)
library(pec)
# 加载生存数据
data(lung)
# 将数据转换为GBM模型的格式
lung.surv <- Surv(lung$time, lung$status)
# 拟合GBM模型
gbm.model <- gbm(x = lung[, -c(1, 2)], y = lung.surv, distribution = "coxph")
# 生成预测生存曲线的函数
predict_survival_func <- function(model, newdata) {
predict.gbm(model, newdata = newdata, n.trees = 1000, type = "response")
}
# 计算integrated brier score
ibs <- integrated_brier_score(lung.surv, predict_survival_func, model = gbm.model)
ibs
```
这个代码使用了肺癌数据集中的生存数据来拟合GBM模型,并计算了模型的integrated brier score。
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