clinical=read.table("TCGA-COAD.GDC_phenotype.tsv",header=T,sep='\t') Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 25 did not have 120 elements

这个错误信息表明你使用了read.table()函数来读取名为"TCGA-COAD.GDC_phenotype.tsv"的文件，但是在第25行中，读取的数据只有119个元素，而不是规定的120个元素。这可能是文件中某一行的数据格式不正确或缺失了某些元素。你可以检查一下文件中第25行的数据，或者尝试使用其他函数来读取数据，比如read.delim()或read.csv()。

相关问题

data <- read.table("TCGA-COAD.GDC_phenotype.tsv", header=TRUE, sep="\t") Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 25 did not have 120 elements

这个错误提示意味着在读取TSV文件时，第25行的数据列数和之前读取的数据列数不一致。这可能是由于该行数据中某些列的值缺失或格式错误导致的。你可以尝试以下方法解决这个问题：

1. 打开该文件，检查第25行数据，确保该行数据格式正确且没有缺失值。

2. 如果第25行数据确实存在问题，你可以尝试删除该行或手动修复该行数据的格式错误。

3. 如果你确定该文件中有多个数据行存在数据格式或缺失值问题，你可以使用readr包中的read_tsv()函数来读取文件并跳过出错的行，示例代码如下：

library(readr)
data <- read_tsv("TCGA-COAD.GDC_phenotype.tsv", skip = 24, na = c("", "NA"))

这里的skip参数指定要跳过的行数，na参数指定要识别为缺失值的字符。这将读取文件中从第25行开始的数据，并将空字符串和"NA"识别为缺失值。

错误于`[[<-.data.frame`(`*tmp*`, g, value = list(`TCGA-3L-AA1B` = 5.129171719, : 替换数据里有1行，但数据有431

这个错误消息是在R语言中发生的，它涉及到对"data.frame"数据结构的修改操作。`[[<-.data.frame`是一个用于向数据框（data frame）添加、替换或修改元素的函数，但是在这个例子中出现了问题：

1. `*tmp*`可能是一个临时变量名，代表了一个现有的data frame对象。
2. `g`可能是列名或者是索引位置，试图将值插入到data frame中对应的位置。
3. 调用`value = list(...)`表示你想要插入一个新的列表，其中包含了键值对，如`"TCGA-3L-AA1B"`对应`5.129171719`。
4. 问题在于你尝试替换的数据只有1行，然而data frame `*tmp*`的实际大小有431行。这意味着你指定的键（例如`"TCGA-3L-AA1B"`）对应的值应该只存在于最后一行，而你现在试图把它放到其他位置。

解决此问题的方法通常是要检查列名是否正确，以及确认你想要插入新值的位置是否正确。如果确实只需要插入一行，你需要确保`g`指向的是正确的行号，而不是列名。如果`g`是列名，可能需要先检查该列是否存在，或者是否已满，然后再进行插入。