优化这段代码import os dir_path = "C:/Users/1028/Desktop/r" dir_py = os.listdir(dir_path) cancer='HNSC'#设置变量 train=pd.read_csv(dir_py+"\\tcga_data\\"+cancer+"\\ml_input.csv") target=pd.read_csv(dir_py+"\\tcga_data\\"+cancer+"\\tab_label.csv",index_col=0).values.ravel()#index_col=0表示将第一列作为索引列 indices = train.columns[2:]#提取索引,从第三列开始(索引2) train=train.iloc[:,2:].T.values#选择所有行和从第三列开始的所有列。然后通过.T进行转置操作,将数据框转换为NumPy数组
时间: 2024-04-14 15:29:51 浏览: 142
Python对文件和目录进行操作的方法(file对象/os/os.path/shutil 模块)
你可以稍微优化一下代码,将文件路径的拼接部分提取出来,避免重复写入。另外,还可以使用`numpy`库的`genfromtxt`函数来读取CSV文件,以简化读取和转置操作。以下是优化后的代码:
```python
import os
import pandas as pd
import numpy as np
dir_path = "C:/Users/1028/Desktop/r"
cancer = 'HNSC'
data_dir = os.path.join(dir_path, "tcga_data", cancer)
train_path = os.path.join(data_dir, "ml_input.csv")
label_path = os.path.join(data_dir, "tab_label.csv")
train = np.genfromtxt(train_path, delimiter=',', skip_header=1)
target = pd.read_csv(label_path, index_col=0).values.ravel()
indices = train[:, 2:].T
train = train[:, 2:].T
```
在这个例子中,我们使用`os.path.join`函数来拼接文件路径,然后使用`np.genfromtxt`函数来读取CSV文件并跳过标题行。最后,我们使用`.T`转置操作来得到索引和训练数据。请确保文件路径正确,并且你已经安装了所需的库(如pandas和numpy)。
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