优化这段代码import os dir_path = "C:/Users/1028/Desktop/r" dir_py = os.listdir(dir_path) cancer='HNSC'#设置变量 train=pd.read_csv(dir_py+"\\tcga_data\\"+cancer+"\\ml_input.csv") target=pd.read_csv(dir_py+"\\tcga_data\\"+cancer+"\\tab_label.csv",index_col=0).values.ravel()#index_col=0表示将第一列作为索引列 indices = train.columns[2:]#提取索引,从第三列开始(索引2) train=train.iloc[:,2:].T.values#选择所有行和从第三列开始的所有列。然后通过.T进行转置操作,将数据框转换为NumPy数组
时间: 2024-04-14 12:29:51 浏览: 19
你可以稍微优化一下代码,将文件路径的拼接部分提取出来,避免重复写入。另外,还可以使用`numpy`库的`genfromtxt`函数来读取CSV文件,以简化读取和转置操作。以下是优化后的代码:
```python
import os
import pandas as pd
import numpy as np
dir_path = "C:/Users/1028/Desktop/r"
cancer = 'HNSC'
data_dir = os.path.join(dir_path, "tcga_data", cancer)
train_path = os.path.join(data_dir, "ml_input.csv")
label_path = os.path.join(data_dir, "tab_label.csv")
train = np.genfromtxt(train_path, delimiter=',', skip_header=1)
target = pd.read_csv(label_path, index_col=0).values.ravel()
indices = train[:, 2:].T
train = train[:, 2:].T
```
在这个例子中,我们使用`os.path.join`函数来拼接文件路径,然后使用`np.genfromtxt`函数来读取CSV文件并跳过标题行。最后,我们使用`.T`转置操作来得到索引和训练数据。请确保文件路径正确,并且你已经安装了所需的库(如pandas和numpy)。
相关问题
import os file_path = 'C:/table' file_list = os.listdir(file_path) for i in file_list: print(i)给这个代码做完整注释
# 导入os模块
import os
# 定义文件路径
file_path = 'C:/table'
# 获取文件列表
file_list = os.listdir(file_path)
# 遍历文件列表并输出文件名
for i in file_list:
print(i)
# 完成代码
import os folder_list = ['/path/to/folder1', '/path/to/folder2', '/path/to/folder3'] for folder_path in folder_list: for sub_folder in os.listdir(folder_path): sub_folder_path = os.path.join(folder_path, sub_folder) if os.path.isdir(sub_folder_path): for file_name in os.listdir(sub_folder_path): file_path = os.path.join(sub_folder_path, file_name) if os.path.isfile(file_path): print('{}\t{}'.format(os.path.basename(os.path.dirname(folder_path)), file_name))将这个代码修改,只读取txt格式的文件
好的,以下是修改后的 Python 代码:
```python
import os
folder_list = ['/path/to/folder1', '/path/to/folder2', '/path/to/folder3']
for folder_path in folder_list:
for sub_folder in os.listdir(folder_path):
sub_folder_path = os.path.join(folder_path, sub_folder)
if os.path.isdir(sub_folder_path):
for file_name in os.listdir(sub_folder_path):
file_path = os.path.join(sub_folder_path, file_name)
if os.path.isfile(file_path) and file_name.endswith('.txt'):
print('{}\t{}'.format(os.path.basename(os.path.dirname(folder_path)), file_name))
```
你需要将代码中的 `/path/to/folder1`、`/path/to/folder2` 和 `/path/to/folder3` 替换成你想要遍历的文件夹路径列表,然后运行即可。代码会遍历所有子文件夹,只读取其中的 txt 格式文件,并输出一列来显示文件属于哪个一级文件夹,只显示出一级文件夹。