样本分组信息和log2(cpm+1)信息分别放在2个txt中,画基因表达热图
时间: 2024-03-10 17:43:19 浏览: 26
好的,那我们来看一下如何画出样本分组信息和基因表达数据的热图。假设我们有两个文件,一个是包含样本分组信息的"sample_info.txt"文件,另一个是包含基因表达数据的"log_cpm_data.txt"文件。"sample_info.txt"文件的格式如下:
```
Sample Group
Sample1 Control
Sample2 Control
Sample3 Control
Sample4 Treatment
Sample5 Treatment
Sample6 Treatment
```
"log_cpm_data.txt"文件的格式如下:
```
GeneID Sample1 Sample2 Sample3 Sample4 Sample5 Sample6
Gene1 1.2 3.4 2.5 4.3 5.6 6.7
Gene2 2.3 4.5 3.6 5.4 6.7 7.8
Gene3 3.4 5.6 4.7 6.5 7.8 8.9
```
其中,"Sample1"到"Sample6"是样本名称,"Gene1"到"Gene3"是基因名称,后面的数字是log2(cpm+1)的值。
接下来,我们可以使用R语言中的一些包来实现,代码如下:
```
library(pheatmap)
# 导入样本分组信息
sample_info <- read.table("sample_info.txt", header=TRUE)
# 导入基因表达数据
log_data <- read.table("log_cpm_data.txt", header=TRUE, row.names=1)
# 根据样本分组信息对列进行排序
log_data <- log_data[, sample_info$Sample]
# 将基因表达数据转换成矩阵形式
log_matrix <- data.matrix(log_data)
# 画基因表达热图
pheatmap(log_matrix, scale="row", cluster_rows=TRUE, cluster_cols=TRUE, annotation_col=sample_info$Group)
```
其中,sample_info.txt和log_cpm_data.txt是包含样本分组信息和基因表达数据的文件,header=TRUE表示第一行是列名或行名。pheatmap函数中的scale="row"表示按行进行缩放,cluster_rows=TRUE和cluster_cols=TRUE表示进行行和列的聚类,annotation_col=sample_info$Group表示在列侧添加样本分组信息。
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