写一个python脚本，利用sys、pysam，输入txt文件和snoRNA的bed位置文件，提取txt文件中第一列的snoRNA_name，按照bed文件的位置在人类基因组文件hg38.fa中，提取这些RNA的上游50bp序列，考虑正负链，输出fasta文件，格式为>snoRNA_name:

好的，以下是一个简单的Python脚本，可以根据输入的txt文件和bed文件提取snoRNA上游50bp序列，并输出fasta格式的结果：

import sys
import pysam

# 读取txt文件中的snoRNA_name
def read_snoRNA_names(file_path):
    with open(file_path, 'r') as f:
        snoRNA_names = [line.strip().split()[0] for line in f]
    return snoRNA_names

# 根据bed文件中的位置提取snoRNA上游50bp序列
def get_upstream_sequence(bed_file, fa_file, snoRNA_names):
    # 打开fasta文件
    fasta = pysam.FastaFile(fa_file)

    # 遍历bed文件中的每个记录
    with open(bed_file, 'r') as f:
        for line in f:
            fields = line.strip().split()
            chrom = fields[0]
            start = int(fields[1])
            end = int(fields[2])
            strand = fields[5]

            # 如果记录中的snoRNA_name在指定的列表中
            if fields[3] in snoRNA_names:
                # 提取上游50bp序列
                if strand == '+':
                    upstream_start = max(start - 50, 0)
                    upstream_seq = fasta.fetch(chrom, upstream_start, start).upper()
                else:
                    upstream_end = end + 50
                    upstream_seq = fasta.fetch(chrom, end, upstream_end).upper()
                    upstream_seq = reverse_complement(upstream_seq)

                # 输出fasta格式的结果
                print(f">{fields[3]}:{chrom}:{start}-{end}:{strand}")
                print(upstream_seq)

    # 关闭fasta文件
    fasta.close()

# 反向互补序列
def reverse_complement(seq):
    complement = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A'}
    return ''.join(complement.get(base, base) for base in reversed(seq))

# 主函数
if __name__ == '__main__':
    if len(sys.argv) != 3:
        print(f"Usage: {sys.argv[0]} txt_file bed_file")
        sys.exit(1)

    txt_file = sys.argv[1]
    bed_file = sys.argv[2]
    fa_file = 'hg38.fa'

    # 读取snoRNA_name列表
    snoRNA_names = read_snoRNA_names(txt_file)

    # 提取上游50bp序列并输出fasta格式的结果
    get_upstream_sequence(bed_file, fa_file, snoRNA_names)

在上面的脚本中，我们首先通过 `read_snoRNA_names()` 函数读取了输入的txt文件中的snoRNA_name列表。然后，我们使用 `pysam` 库打开了人类基因组文件hg38.fa，并利用 `get_upstream_sequence()` 函数遍历了bed文件中的每个记录，提取了指定snoRNA的上游50bp序列，并按照fasta格式输出了结果。最后，我们使用 `reverse_complement()` 函数将负链的序列反向互补。