在R语言中,REF重复交叉验证训练时长非常长,如何通过并行运算加快,请写出详细的R语言代码
时间: 2023-07-24 13:10:08 浏览: 89
在R语言中,可以使用parallel包来实现并行计算,从而加快REF重复交叉验证训练的速度。具体步骤如下:
1. 加载必要的R包和数据集:
```r
library(caret)
library(mlbench)
data(Sonar)
```
2. 对数据集进行预处理:
```r
sonar <- Sonar[, -ncol(Sonar)] # 去除最后一列标签
sonar$Class <- as.numeric(sonar$Class) - 1 # 将标签转换为0/1
```
3. 定义REF重复交叉验证函数,其中使用mclapply函数实现并行计算:
```r
library(parallel) # 加载并行计算包
ref_cv_parallel <- function(x, y, ...) {
cl <- makeCluster(detectCores()) # 创建CPU核心数个工作进程
registerDoParallel(cl) # 注册并行计算
on.exit(stopCluster(cl)) # 结束计算后关闭工作进程
ctrl <- rfeControl(functions = rfFuncs,
method = "repeatedcv",
repeats = 5,
verbose = FALSE)
rfe(x, y, sizes = 5:10, rfeControl = ctrl, ...) # 执行REF重复交叉验证
}
```
4. 调用REF重复交叉验证函数并输出结果:
```r
x <- sonar[, -ncol(sonar)]
y <- sonar$Class
ref_result <- ref_cv_parallel(x, y) # 执行REF重复交叉验证
print(ref_result) # 输出结果
```
在这个例子中,我们使用了makeCluster函数创建了和CPU核心数相同的工作进程,并使用registerDoParallel函数将这些工作进程注册到并行计算中。然后,我们使用了mclapply函数来并行执行REF重复交叉验证,其中,函数rfFuncs表示使用随机森林算法进行特征选择。最后,我们使用stopCluster函数关闭工作进程,并输出REF重复交叉验证的结果。
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